计算化学公社

标题: 弱相互作用位点的预测方法求助 [打印本页]

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-7-15 18:34
标题: 弱相互作用位点的预测方法求助
以前搭配二聚体，都是根据静电势互补原则做的。有时候分析可能的结合位点，用到ESP和原子电荷。看过博文http://sobereva.com/159，了解到ALIE，但似乎并不适合用来研究弱相互作用结合位点？请问，1）还有那些方法来研究弱相互作用的结合位点？2）静电势互补原则的可靠性有多大？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 18:45
关键看是什么类型的弱相互作用。静电主导的就是看静电势，没有其它比这个更适合参考的。色散主导的那没办法简单预测，因为取向性不显著。
也不是说静电主导的情况静电势就能说明一切问题，因为单体表面静电势并没有体现形成弱相互作用的时候出现的电子密度极化的效果。因此有些情况下，甚至两个位点静电势都为正（但至少其中一个为比较小的正值），也有可能最终由于显著的电荷极化效应，导致最终它们实际上还是靠静电作用结合到一起，只不过这样的例子比较罕见罢了。

总之，预计是静电作用主导的情况就分析表面静电势就完了。其它情况，那就得靠molclus等程序做构型搜索了，看实际在哪里结合能量低。

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-16 09:13

sobereva 发表于 2019-7-15 18:45
关键看是什么类型的弱相互作用。静电主导的就是看静电势，没有其它比这个更适合参考的。色散主导的那没办法 ...

卢老师您好，采用分子表面静电势研究两个片段的结合，其中一个恰好在静电势极小点位置，另一个在两个极小点的中间位置接触，是不是第一种接触更稳定些呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-16 17:38

409407227 发表于 2019-7-16 09:13
卢老师您好，采用分子表面静电势研究两个片段的结合，其中一个恰好在静电势极小点位置，另一个在两个极小 ...

没法这么说

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-16 20:42

sobereva 发表于 2019-7-16 17:38
没法这么说

那卢老师，分别在相同级别下计算了这两个结合体的吉布斯自由能，确实是在极小点接触的那个能量更低一些，这样是不是可以通过能量佐证了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-17 02:17

409407227 发表于 2019-7-16 20:42
那卢老师，分别在相同级别下计算了这两个结合体的吉布斯自由能，确实是在极小点接触的那个能量更低一些， ...

是

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-17 08:43

sobereva 发表于 2019-7-17 02:17
是

谢谢卢老师的解答

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