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标题: 已获得了丙酮分子在水和十六烷中的密度，如何计算自由能？ [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-7-16 08:32
标题: 已获得了丙酮分子在水和十六烷中的密度，如何计算自由能？
本帖最后由万年流星于 2019-7-16 09:54 编辑

使用如下命令计算了丙酮（Bead）在水（W）和十六烷（HD）中的密度
gmx density -f md.xtc -s md.tpr -center -symm -ng 3
得到了density.xvg，想知道接下来该怎么计算两相分配自由能，谢谢

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-7-16 11:07
绘制的曲线图如下
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作者
Author: fhh2626 时间: 2019-7-16 12:30
提问时要对你的体系和问题做出清晰的描述

假设你是做了一个包含水-十六烷两相，溶质是丙酮的平衡模拟，你可以从你现在的数据中得到延反应坐标d的自由能曲线
ΔG = -RT ln(p(d2)/p(d1))，p是概率，可以直接换算成你的密度

两相分配自由能可以认为是d=0和d=±4两点自由能的差值

作者
Author: 万年流星 时间: 2019-7-16 15:56

fhh2626 发表于 2019-7-16 12:30
提问时要对你的体系和问题做出清晰的描述

假设你是做了一个包含水-十六烷两相，溶质是丙酮的平衡模拟， ...

谢谢您的提醒，下次发帖注意
实际情况正如您假设的那样，这样ΔG = -RT ln(p(d2)/p(d1))=-RT ln(1052.8/0.127586)-0，不知这样输入有问题吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
还有logln(1052.8/0.127586)是否就是油水分配系数logP，期待您的回答。

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