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标题: mdrun -rerun计算钠离子间的静电势，得到负值 [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2019-7-16 15:49
标题: mdrun -rerun计算钠离子间的静电势，得到负值
跑完MD后，通过rerun来计算钠离子之间的库伦势，计算结果是负值，可是按照静电势的计算公式，同号离子间的静电势不应该是正值吗？GROMACS计算静电势是默认在无穷远处为0吗？这个问题没有想明白，请各位了解的能指点指点！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-16 16:32
注意rerun的时候应当用cutoff方式计算静电作用

作者
Author: jimulation 时间: 2019-7-16 17:37

sobereva 发表于 2019-7-16 16:32
注意rerun的时候应当用cutoff方式计算静电作用

谢谢社长回复！我设置rcoulomb=cut-off，并测试了不同cut-off值对离子间静电势的影响，发现cut-off > 2 nm以后，钠离子之间的静电势从负值变为正值。有一点很疑惑，就是按照1楼图中的计算公式，同号电荷之间的静电势应该始终为正值才对，但是实际上为何与cut-off值有关呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-17 02:21

jimulation 发表于 2019-7-16 17:37
谢谢社长回复！我设置rcoulomb=cut-off，并测试了不同cut-off值对离子间静电势的影响，发现cut-off > 2 n ...

我不是说rcoulomb设多少，而是说的是静电作用计算本身的算法（coulombtype）要用cut-off（简单截断）而不能是PME之类

作者
Author: jimulation 时间: 2019-7-17 08:42

sobereva 发表于 2019-7-17 02:21
我不是说rcoulomb设多少，而是说的是静电作用计算本身的算法（coulombtype）要用cut-off（简单截断）而不 ...

是的...我笔误了。我是设置了coulombtype=cut-off，发现在不同rcoulomb值下，Na+—Na+之间的静电势有正有负，和公式表现的不同，这是为什么呢？谢谢社长

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-18 22:11

jimulation 发表于 2019-7-17 08:42
是的...我笔误了。我是设置了coulombtype=cut-off，发现在不同rcoulomb值下，Na+—Na+之间的静电势有正有 ...

这不好说。你可以弄个简单的模型体系，里面比如就是两个钠和两个氯，通过反复测试来搞明白。你也可以到gmx邮件列表看看开发者有什么看法
注意那个不叫静电势，而叫静电作用能

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