计算化学公社
标题: OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 [打印本页]
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-17 19:38
标题: OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
OfakeG: A tool that enables GaussView to visualize ORCA output files
文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jul-17 Last update: 2024-Oct-30
1 前言
量子化学程序ORCA用的人越来越多，功能很强大而且免费，用户数在所有量化程序中已经是第二高（虽然跟Gaussian比还遥不可及）。但至少在笔者撰写此文时，相对于用户数占绝对主导地位的Gaussian程序而言，仍有一个不足之处是没有像GaussView那样的很理想的图形界面。虽然也有Avogadro、Chemcraft、Gabedit等程序能支持ORCA，但都没GaussView用着舒服。
在产生输入文件方面，Multiwfn已经提供了产生ORCA常见任务的输入文件的功能，见《详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能》（http://sobereva.com/490），用户只需要用GaussView画好结构，保存为gjf/mol/mol2/pdb格式，就可以用Multiwfn很方便地得到ORCA输入文件，所以在建模、产生输入文件方面，对ORCA用户没什么困难的。在观看ORCA产生的轨道、做波函数分析方面，Multiwfn也都提供了极其丰富的功能，相关信息见《使用Multiwfn观看分子轨道》（http://sobereva.com/269）、《Multiwfn FAQ》（http://sobereva.com/452）等文章，因此ORCA用户在后处理分析方面也没任何压力。另外，Multiwfn可以基于ORCA的输出文件绘制各类光谱图，所以ORCA用户在光谱研究方面也已经很方便了，相关信息见《Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn》（http://sobereva.com/485）、《Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn》（http://sobereva.com/485）。笔者在北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KAQC_content.html）里还对ORCA的各方面使用做了相当全面系统的讲解，可以很快上手并用得游刃有余。
虽然Multiwfn已经解决了ORCA用户在使用方面的大量障碍，但几何优化轨迹/收敛情况的考察以及振动模式的观看不属于Multiwfn的范畴，而目前却没有理想的解决办法。虽然Chemcraft也能观看ORCA的优化轨迹，但终究没有常用的GaussView用着舒服，而且还是收费程序；Avogadro虽然也观看ORCA的振动分析对应的振动动画，但显示效果不理想，在Windows下容易崩溃、出现异常（至少在笔者的Win7-64bit机子上是如此）。尽管也可以让Gaussian与ORCA挂接，这样可以使ORCA做计算但是输出的是Gaussian格式的信息，从而等效实现让GaussView观看ORCA计算的结果的目的，见《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/422），但这样做稍显麻烦、在Windows下也没法用。
显然，如果能开发个程序把ORCA的优化、振动分析、优化+振动分析的输出文件“伪造”成Gaussian的，这样就可以令GaussView直接支持读取ORCA的输出文件了，使得ORCA对于常见问题的研究用起来方便得多，也明显便于Gaussian用户同时掌握ORCA程序。笔者开发的OfakeG程序就是实现这个目的，下面介绍一下。如果你想一睹为快这个程序的实际效果，可以看这个视频：《基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示》（https://www.bilibili.com/video/av59599938），其中用到了此程序。
OfakeG的学术合理性声明：本程序的开发灵感来自于Grimme的xtb程序。xtb程序做振动分析的时候会自动输出一个伪造Gaussian的振动分析输出文件，目的是为了让用户看振动模式方便；xtb程序为了兼容GSM也官方支持伪造ORCA的输出文件。大牛Grimme直接用的就是fake这个词。显然令A程序输出B程序的格式在学术界是非常正常的事情。Gaussian的输出格式是公开的而非加密的，GaussView能读入的格式也相当于是公开的，本文的OfakeG程序亦没有对GaussView本身做任何篡改，明显从各个角度上本程序的开发是完全学术正当的。本程序所做的事仅仅是将ORCA的输出信息转化成Gaussian的格式而已，文中所谓“伪造”只不过是常规的文件格式转换而已，和数据层面的“造假”有天壤之别，转换出的文件里也根本没有任何文字体现这文件是靠Gaussian程序算出来的。此程序的开发目的是给广大科研工作者提供个便利，开发/使用此程序不涉及任何侵权和学术不端（除非你利用OfakeG之后，把ORCA算的结果说成是Gaussian算的）。此程序愿意用就用，不爱用的、缺乏对计算化学领域程序状况基本认识的、怀有恶意的、有特殊利益驱动的人以及杠精，不要强词夺理在学术合理性上乱喷此程序。
2 OfakeG程序
2.1 介绍+使用方法
OfakeG程序可以在官方页面下载：http://sobereva.com/soft/OfakeG
其中带.exe后缀的是Windows版，不带后缀的是Linux版。
此程序目前支持处理ORCA的opt、freq和opt freq任务的输出文件（不支持单点任务文件，因为根本没有任何转换的意义！）。此程序对ORCA 4.x、5.x、6.x版经测试可用，对于其它版本可能兼容也可能不兼容，请读者自行尝试。等ORCA以后出新版本，并且笔者发现和OfakeG不兼容时，预计笔者会更新此程序并更新本文。
OfakeG使用非常简单。启动此程序后，把上述任务的ORCA输出文件路径输入进去（对于Windows也可以直接把文件拖进去，路径会直接显示出来），一按回车，就会在当前目录下产生伪造的Gaussian输出文件。如果输入文件名字是yuri.out，则输出文件将是yuri_fake.out。这个输出文件可以直接载入GaussView，对opt或opt freq任务可以播放优化过程的动画、用results - Optimization观看优化过程的收敛情况，对freq或opt freq任务可以用results - Vibrations观看振动模式。
在Windows下还有更省事的运行方式，即可以直接将ORCA输出文件拖到OfakeG.exe图标上，此时在ORCA输出文件的目录下会出现文件名带_fake的伪造的Gaussian输出文件。
OfakeG也可以通过命令行方式使用，比如在Linux下可以在OfakeG所在目录下运行./OfakeG Aika.out，将在当前目录下得到Aika_fake.out。显然，你也可以自写shell脚本用这个程序大批量转换ORCA输出文件。
OfakeG文件包里的.out文件是一些ORCA的示例输出文件。如果你的输出文件转换不成功，请尝试通过对照这些示例文件搞清楚是怎么回事。目前OfakeG名义上只支持HF/DFT的输出文件，其它理论方法不一定能支持。对于加了乱七八糟复杂关键词的情况，OfakeG也不一定能处理。
如果OfakeG处理你的文件时崩溃，且得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，很有可能是因为你的ORCA输出文件的编码是UTF16造成的，OfakeG是处理不了前者的情况的，是什么编码和你用的终端有关系。比如Windows的cmd终端重定向输出的文件是ASCII编码的，而PowerShell是UTF16编码的。对于UTF16编码的输出文件，你可以用比如Ultraedit打开，选另存为，把编码改成Unicode或UTF8，之后再用OFakeG处理。如果你平时习惯用PowerShell且希望重定向出的文件直接就ASCII编码，可以用诸如这样的命令运行test.inp得到test.out：D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii
如果是Win10，还可以直接指定默认的重定向的编码，详见https://stackoverflow.com/questions/40098771/changing-powershells-default-output-encoding-to-utf-8。
如果你怎么也搞不清楚为什么你的ORCA输出文件无法转化成功，或者可判定OfakeG程序有bug，请在http://bbs.keinsci.com/thread-13952-1-1.html贴子里发回帖，把文件压缩后上传。
2.2 OfakeG的几个细节
以下内容建议留意一下，以更好地理解OfakeG的细节，但初学者不看也可以。
OfakeG给出的是简化到不能再简化的能令GaussView正常读取的伪造的Gaussian输出文件，因此如果你写类似工具把其它程序的输出文件也伪造成类似格式，就也可以令GaussView读取。
GaussView要求输出文件里必须有basis functions、alpha electrons、beta electrons信息，但ORCA输出文件里不直接体现，而且这仨对于观看优化和振动分析没有意义，因此在伪造的输出文件开头有这仨信息，但数值都为0。
OfakeG从ORCA输出文件里读能量的时候读的是FINAL SINGLE POINT ENERGY，即当前计算级别下的最终能量。而产生伪造的Gaussian输出文件时，为了省事和统一，是以SCF Done标签来输出的。
Gaussian做优化任务的时候，对每一步，输出次序是[结构i]-[结构i的能量]-[结构i的受力]-[结构i的收敛情况]，所以结构、能量、收敛信息都是一一对应的。而对于ORCA，输出也是这样的顺序，但最后在第i步时发现已经满足收敛限了，之后还会根据第i步的信息再预测出第i+1步的结构，并且计算这个结构下的能量（也顺带得到波函数），而这个i+1结构就不再计算受力了，也因此对这个结构也不再输出收敛判断信息。所以OfakeG产生的伪造的Gaussian输出文件中，第1步到第i+1步的结构、能量、收敛情况都会给出，但最后一次输出的收敛情况信息里当前值全都被设成0来占位。
优化过程中除了像Gaussian一样用受力/位移的最大/RMS值作为判断标准外，ORCA还用能量变化作为判断标准。为了体现这点，在伪造的Gaussian输出文件中也在收敛判断部分添加了这项，但这项不会被GaussView所读取，大家可以自行考察。
对于振动分析，由于ORCA不会给出约化质量和振动模式的力常数，所以伪造的Gaussian输出文件里也没这项，这不影响一般的分析。由于ORCA不给出振动模式的不可约表示，所以OfakeG把不可约表示都一律输出为A。
OfakeG把ORCA振动分析输出的热力学数据也都转化为了Gaussian的输出形式，对于用惯了Gaussian的人来说读起来方便不少，并且还顺带多显示了一项Electronic energy=，后面是振动分析对应的结构的电子能量。
OfakeG以后版本也有可能支持处理ORCA的IRC任务的输出文件，但目前没有打算支持。因为笔者撰文时最新的ORCA 4.1.2版的IRC功能非常弱、速度慢，甚至就连反应坐标都不给出来，原理上没法转换成Gaussian的格式。另外OfakeG也不会去支持转换ORCA的TDDFT等电子激发任务的输出文件，因为做这个转换没有任何实际意义。Multiwfn直接就能基于ORCA的TDDFT输出信息绘制各种电子光谱和做电子激发分析（后者我都有现成的例子，见http://sobereva.com/485。Multiwfn绘制光谱的更详细介绍见http://sobereva.com/224），而且ORCA目前版本给出的是TDDFT组态函数的贡献而不是系数，原理上也不可能转换为Gaussian形式的输出。
OfakeG是100%纯Fortran写的，没有利用任何库和其它任何编程语言（或许有的人能猜到我为什么刻意彰显这点）。
作者Author: granvia 时间: 2019-7-17 20:31
支持！
作者Author: alwens 时间: 2019-7-17 20:31
大善，好东西啊
作者Author: captain 时间: 2019-7-17 20:48
Fortran语言好
作者Author: Novice 时间: 2019-7-17 21:03
会不会被搞死知道了说侵权啊
作者Author: Accelerator 时间: 2019-7-17 21:51
以前用progdyn跑分子动力学时写过将orca xtb等的输出文件中的坐标和梯度信息转成Gaussian输出文件格式的python脚本 一度想把它扩充成能伪造完整的Gaussian输出文件的程序但是搁置了
如果能陆续出现MOPACfakeG，XTBfakeG等一系列工具 对计算化学工作者也是一大好事
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-17 21:59
他们或许会不高兴，但没有侵犯他们任何权利
acpype之类的东西不也是类似么，借着amber的东西服务gmx用户
作者Author: wangyj 时间: 2019-7-17 22:42
emmm最后一句懂了。
善用工具的人比工具本身更重要。
作者Author: hzfish 时间: 2019-7-17 22:46
社长真是全能型选手。
作者Author: 量化小菜鸡 时间: 2019-7-18 04:58
好东西，谢谢
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-18 08:54
要是能够开源就好了。然后根据源代码，自己做做修改，支持更多的XXXfakeG.
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-20 10:25
利用软件压缩包中自带的opt_H2CO.out所产生的opt_H2CO_fake.out，载入到GView6.0.16中，result中的optimization是灰色的。
作者Author: plus 时间: 2019-7-20 16:11
习惯用Chemcraft看ORCA的结果
作者Author: zsu007 时间: 2019-7-20 16:55
很好地解决了使用ORCA结果分析难题！
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-21 00:20
我倒没发现有这问题
(, 下载次数 Times of downloads: 750)
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-21 00:40
有人在论坛里接二连三非理性乱喷此程序，已删帖+暂时性禁言处理。下面文字对OfakeG的学术合理性上已经交代很清楚了（已加入此文第一节末尾），没有可补充的。如果我再发现在本论坛有脑残非理性发言攻击OfakeG程序的，将直接删帖，没完没了胡乱找茬的将直接封号，某些人自重！
OfakeG的学术合理性声明：本程序的开发灵感来自于Grimme的xtb程序。xtb程序做振动分析的时候会自动输出一个伪造Gaussian的振动分析输出文件，目的是为了让用户看振动模式方便；xtb程序为了兼容GSM也官方支持伪造ORCA的输出文件。大牛Grimme直接用的就是fake这个词。显然令A程序输出B程序的格式在学术界是非常正常的事情。Gaussian的输出格式是公开的而非加密的，GaussView能读入的格式也相当于是公开的，本文的OfakeG程序亦没有对GaussView本身做任何篡改，明显从各个角度上本程序的开发是完全学术正当的。本程序所做的事仅仅是将ORCA的输出信息转化成Gaussian的格式而已，文中所谓“伪造”只不过是常规的文件格式转换而已，和数据层面的“造假”有天壤之别，转换出的文件里也根本没有任何文字体现这文件是靠Gaussian程序算出来的。此程序的开发目的是给广大科研工作者提供个便利，开发/使用此程序不涉及任何侵权和学术不端（除非你利用OfakeG之后，把ORCA算的结果说成是Gaussian算的）。此程序愿意用就用，不爱用的、缺乏对计算化学领域程序状况基本认识的、怀有恶意的、有特殊利益驱动的人以及杠精，不要强词夺理在学术合理性上乱喷此程序。
作者Author: exity 时间: 2019-7-24 08:33
社长，我的OfakeG转化失败，麻烦请社长看一下是否是因为ORCA版本的问题，我用的4.1.0版本ORCA.
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-24 08:36
社长，您写的大部分程序都是开源的。但是OfakeG不开源，是出于上述考虑吗？
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-24 18:31
不是我不想开源，是现在小人太多，代码暴露出来，指不定有些人会干出不好的事，或者不尊重原开发者劳动的事。如果需要源代码，可以免费直接向我索取。
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-24 18:33
群里已经回了，是你的文件编码问题
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-28 19:09
关于文本编码是unicode导致OfakeG无法处理的问题，我专门在此文中新加了以下文字
如果OfakeG处理你的文件时崩溃，且得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，很有可能是因为你的ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，OfakeG是处理不了前者的情况的，是什么编码和你用的终端有关系。比如Windows的cmd终端重定向输出的文件是ASCII编码的，而Powershell是Unicode编码的。对于Unicode编码的输出文件，你可以用比如Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，之后再用OFakeG处理。如果你平时习惯用Powershell且希望输出的文件直接就是ascii编码，可以用诸如这样的命令运行test.inp得到test.out：D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii
如果是Win10，还可以直接指定默认的重定向的编码，详见https://stackoverflow.com/questi ... t-encoding-to-utf-8。
作者Author: 欢乐多 时间: 2019-8-8 10:00
老师，啥时候能支持TDDFT.out格式的转换啊？
作者Author: sobereva 时间: 2019-8-9 03:51
做这个转换没有任何实际意义。Multiwfn直接就能基于ORCA的TDDFT输出信息绘制各种电子光谱和做电子激发分析
另外，原理上也不可能转换，因为ORCA目前的版本不给出组态系数，而给出的是组态贡献
作者Author: lonemen 时间: 2019-8-9 11:14
社长威武！
作者Author: ezez 时间: 2019-8-11 11:35
社长简直威武威武威武～
作者Author: sobereva 时间: 2019-8-13 07:45
OfakeG已发布1.0.2版，可在此下载http://sobereva.com/soft/OfakeG/。此版本完美支持了近期发布的ORCA 4.2版
作者Author: sobereva 时间: 2019-9-23 03:30
在OfakeG主页更新了1.0.3版，支持了NumFreq任务的输出文件（以前版本不兼容）
作者Author: Jasminer 时间: 2019-10-8 09:03
其实原来用来处理numfreq结果，倒没发现不兼容。
但目前还有个情况，就是对于calc_hess、recalc_hess的opt和freq连用的任务，最后输出的是第一次计算hess时输出的频率，而非最后的freq；而且此时opt步骤的读入输出也有问题，好像是会在第二次计算hess时结束，也就是calc_hess还可以用，recalc_hess就不能输出完整步骤了。
不知sob社长是否还有兴趣继续改进
作者Author: ghifi37 时间: 2019-12-6 16:46
请教一下，我用ORCA算了个有机分子加原子，14分钟算完了结构优化。
使用OfakeG转换时，竟然转换了超过1亿步还没完，我想应该是有点啥问题，杀了重试还是一样。
请社长麻烦帮看一下，谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2019-12-6 17:46
之前的有点bug，我已经在OfakeG主页上更新了1.0.5版解决了这个问题
作者Author: ghifi37 时间: 2019-12-6 19:03
本帖最后由 ghifi37 于 2019-12-6 19:08 编辑
牛，实在是牛，速度太快了！问题解决了，大赞一个！
作者Author: sobereva 时间: 2019-12-23 23:51
在OfakeG官网上更新了1.0.6版，解决了老版本不兼容recalc_hess关键词的问题
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-13 00:12
用OfakeG1.06转化ORCA优化结构的输出文件optimization是灰色没法点
作者Author: sobereva 时间: 2020-9-13 05:33
上传压缩后的输出文件
并且确保没用什么奇怪的关键词
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-13 08:09
本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-13 08:11 编辑
这是我的ORCA输出文件，SCF收敛结构不收敛，我想用OfakeG转成GV可视看一下是不是震荡导致的，但是optimization是灰色的点击不了
作者Author: sobereva 时间: 2020-9-14 07:02
我用OfakeG 1.0.6可以正常转换（输出文件见附件），gview 6也可以正常打开
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
(, 下载次数 Times of downloads: 164)
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-14 08:28
本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-14 08:38 编辑
sob老师我是想说转换完之后的文件没法在GV看能量的走势，就是那个optimization那个选项没法点。我的ORCA输入文件使用Multiwfn得到的，是不是那三个关键词的影响导致的哪？
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-14 13:17
不好意思sob老师，是我的原因，我用gv在载入文件的时候没有设置好，不好意思占用大家的资源了
作者Author: snljty 时间: 2020-12-12 10:38
本帖最后由 snljty 于 2020-12-14 00:04 编辑
卢老师，您好，我有两个opt freq的文件关键词完全一样，只是初始结构有小差别。一个转换成功，一个优化部分转化成功，频率部分读取失败直接退出。手动对比了两个文件，没有看出来格式上有什么区别。麻烦您有时间看一下可以么？谢谢。ORCA 4.2.1，OFakeG是刚下载的最后版本。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
作者Author: sobereva 时间: 2020-12-13 05:08
这是ORCA诡异的处理规则所致。
S4N4_opt_18.out里的振动从7号开始是实频，因此OfakeG把>=7号模式都考虑
0: 0.00 cm**-1
1: 0.00 cm**-1
2: 0.00 cm**-1
3: 0.00 cm**-1
4: 0.00 cm**-1
5: 0.00 cm**-1
6: -102.74 cm**-1 ***imaginary mode***
7: 0.93 cm**-1
8: 70.73 cm**-1
9: 139.60 cm**-1
10: 141.75 cm**-1
...
然而，在输出红外强度的地方，居然ORCA是从8号开始输出：
Mode freq (cm**-1) T**2 TX TY TZ
-------------------------------------------------------------------
8: 70.73 0.000000 ( 0.000355 -0.000001 0.000021)
9: 139.60 24.618388 ( 4.961692 -0.000001 0.000066)
10: 141.75 0.000000 ( -0.000013 -0.000158 -0.000008)
11: 176.29 0.000000 ( 0.000006 0.000000 0.000229)
12: 269.79 0.000000 ( -0.000011 -0.000008 -0.000008)
13: 402.61 91.797275 ( 0.000002 0.001008 9.581089)
14: 406.37 69.250871 ( -0.000000 8.321711 -0.001058)
...
估计ORCA是有什么内部规则，对于特别小频率的模式，就不输出红外强度了。这导致OfakeG在读红外强度的地方，读不到相应数目的行，于是内部出错。
解决办法就是自己在红外强度输出的地方人为添加7号模式的信息，比如把8号模式的那行在前面复制一次，具体数值随便填
作者Author: snljty 时间: 2020-12-13 09:13
原来如此，谢谢老师！
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-13 10:57
本帖最后由 dawnli 于 2021-1-13 11:03 编辑
sob老师您好，我用orca优化后得到了out文件（附件）但是利用ofakeg得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，怀疑是因为ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，我用Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，但是还是不行，不知道是什么原因，劳烦sob老师解答疑问，谢谢老师~
作者Author: snljty 时间: 2021-1-13 11:44
这里面奇怪的字符太多，提示是Non-ISO extended-ASCII text, with CR, NEL line terminators。能不能说一下你是在什么环境下算的？（Windows/Linux/Mac，系统语言是什么，LANG环境变量（如果有的话）是什么，在什么终端下算的？(Linux Terminal/cmd/Powershell/MinGW prompt/Windows Terminal/cmder...)）...你转完的这个编码我sublime和vim都无法正常打开。chardet也给不出实际有价值的信息。
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-13 12:31
你的a.out我用文本编辑器打开都没法正常看到内容，OFakeG自然也处理不了
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-13 12:41
您好，我是在Windows下用powershell算的，参考的这个https://www.bilibili.com/video/av59599938，这个视频中1：30的方法，得到的out文件，然后用ultraedit 转换的格式。
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-14 23:00
sob老师，您好，我把模型重新修改了一下，又算了一遍，发现还是出现上次的问题（得到的_fake后缀的文件里只有几行信息），您能帮我看下问题出在哪里吗？周围都没做dft计算的，实在是麻烦您了~
(ps:参照您这篇文章做的吸附能计算http://sobereva.com/540，附件中“巯基改性金属有机框（HKUST-1）架吸附汞模型”为构建的分子模型，附件“1”为orca计算完成后的文件，其中的1.out为对应文中complex_opt.out文件，之前怀疑是因为可能是文中提到的“Powershell是Unicode编码，需要改成ASCII”，我担心是我更改编码的问题，这次上传的附件还没有改成 ASCII，恳请sob老师帮忙解答一下，万分感谢~）
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-15 07:48
不要用Powershell。用cmd或cmder
作者Author: Freeman 时间: 2021-1-20 19:56
sobereva老师您好。OfakeG是不是不支持ORCA的NEB-TS+Freq任务？生成的高斯输出文件里没有优化过渡态的能量变化，只有频率。
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-22 12:22
不支持
作者Author: sobereva 时间: 2021-7-2 05:33
更新了1.0.7版，兼容了ORCA 5.0
作者Author: ljc050512 时间: 2021-8-2 18:42
社长威武~
作者Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-3 12:19
话说gau_orca接口应该也不兼容orca5了吧
作者Author: sobereva 时间: 2021-8-6 08:16
没测试。如果有人报告不兼容我到时候更新
作者Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-9 07:52
那么为啥不用windows terminal呢，杂合linux和win的习惯，不管是powershell还是wsl都很舒服
作者Author: sobereva 时间: 2021-8-9 18:34
有cmd和cmder就足够了
作者Author: ljc050512 时间: 2021-9-2 10:59
社长好，我在用OfakeG_1.0.7的时候有个很奇怪的现象：输入文件的关键词都一样，只是算的结构略有差别，但是No文件夹里的fake.out文件不能看到频率（GV频率地方显示灰色）而YES文件里面的就可以看到。我把这两个文件的原始.out文件和我转换后的fake.out文件都打包上传了，麻烦您给看看。两个文件的输入文件关键词都一样。
! r2SCAN-3c optTS freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 1000
%pal nprocs 4 end
%geom Calc_Hess true end
* xyz 0 1
作者Author: sobereva 时间: 2021-9-2 22:20
1.0.7版OfakeG对ORCA 5的振动分析数据提取存在问题，如果ORCA算了多次Hessian，OfakeG提取的红外强度是第一次的而不是最后一次的。今日更新了1.0.8版解决了这个问题，也同时解决了个别情况下没法正常转换的问题。
作者Author: sobereva 时间: 2021-9-2 22:20
已更新1.0.8版解决了这个问题
作者Author: ljc050512 时间: 2021-9-4 07:46
感谢社长，社长V5~
作者Author: yisui 时间: 2022-1-8 10:25
sob老师，使用OfakeG转换后Gview显示报错，请问是什么原因，multiwfn显示无虚频。
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-8 11:48
我更新了官网上的OfakeG，可以处理你的文件了
作者Author: yisui 时间: 2022-1-8 14:03
sob老师，现已能正常使用，十分感谢！！！
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-15 11:24
用ORCA计算的IRC，现在有软件能够图形呈现出来吗？
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-15 20:39
VMD
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-16 10:48
有教程吗，我的VMD都打不开ORCA输出文件
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-16 12:22
显然是打开xyz文件
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-16 12:35
好了，感谢Sob老师
作者Author: zongxupeng 时间: 2022-2-12 22:23
老师好，我的文件转化后optimization显示灰色。试了一下example里的out文件转化后也是显示灰色
作者Author: sobereva 时间: 2022-2-13 03:18
那是因为你没选择read intermediate geometries，最基本的gview使用常识
作者Author: 牧生 时间: 2022-2-15 14:38
ORCA 快要发布5.0.3了，文中所提及的“OfakeG以后版本也有可能支持处理ORCA的IRC任务的输出文件”会不会在近期的版本中实现呢。
作者Author: shuiningzhu 时间: 2023-4-4 20:49
建议你把“伪造”改为“转换”。格式转换比伪造用着舒服。
作者Author: sobereva 时间: 2023-4-5 06:42
不接受建议，词不达意
作者Author: 霜晨月 时间: 2023-9-1 10:09
本帖最后由 霜晨月 于 2023-9-1 11:18 编辑
跟社长报告一个问题：几何优化时如果使用了recalc_hess，OfakeG就会仅仅输出第一次recalc_hess之前的结果；比如，如果用recalc_hess 5，OfakeG就仅输出前6帧。
查看从前的帖子，有老师已经提出这个问题，社长说已经在1.0.6版本中解决了，但好像当时只有ORCA 4。我现在用的是ORCA 5.0.3，最新的OfakeG 1.0.9和稍早的1.0.8都有这个问题。是不是ORCA升级到5时这个bug又出现了？
更正：
我又仔细检查了我的任务文件，发现如果只写recalc_hess的话，OfakeG是可以正常转化的；但如果同时用了Hybrid_Hess关键词，就会出现上述bug。
作者Author: sobereva 时间: 2023-9-6 23:42
此程序不考虑Hybrid_Hess之类非常小众的情况
作者Author: Alizzard 时间: 2024-1-24 15:04
报告一个ORCA采用QM/MM计算频率时，无法生成频率信息的问题（1.0.9版本）。
详见附件
作者Author: sobereva 时间: 2024-1-25 03:57
此程序不考虑QM/MM这种少见的情况
作者Author: sobereva 时间: 2024-4-11 02:01
修正了一个bug，更新了1.1版。之前版本读取ORCA 5.0.x的振动分析的红外强度数据有误
作者Author: sobereva 时间: 2024-10-6 10:11
今日更新了OfakeG 1.2，兼容了ORCA 6用usesym关键词时振动分析的输出文件了
作者Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-29 22:19
社长，虽然我知道用powell挺不合适的，我用Ultraedit转换了一下试试，发现还是不行，也参照D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii运行了，运行成功了之后还是无法转成fakeout，实在搞不明白了，请大家帮我看一下是什么问题啊
作者Author: sobereva 时间: 2024-10-30 00:39
这都不是OfakeG支持的任务
转单点的输出文件毫无意义
作者Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-30 10:09
好的好的社长，我才发现我计算任务提交错了，真不好意思
作者Author: hzfish 时间: 2025-2-10 10:54
社长，计算设置一样，同一批其他都正常，其中一个转换后结果出现*号。
Temperature 298.150 Kelvin. Pressure 1.00000 Atm.
Zero-point correction= ******** Hartree
Thermal correction to Energy= ********
Thermal correction to Enthalpy= ********
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 86.570707
作者Author: sobereva 时间: 2025-2-10 23:10
当前计算本身就有问题，频率大得离谱
freq. 1002514.45 E(vib) ... 0.00
freq. 1034600.32 E(vib) ... 0.00
freq. 1176429.76 E(vib) ... 0.00
freq. 1609804.10 E(vib) ... 0.00
freq. 1636252.32 E(vib) ... 0.00
freq. 2982296.49 E(vib) ... 0.00
freq. 3273759.49 E(vib) ... 0.00
freq. 4493479.44 E(vib) ... 0.00
freq. 6236449.14 E(vib) ... 0.00
作者Author: sobereva 时间: 2025-2-17 15:21
发现了一个1.3版读取能量的bug，今日更新了1.3.1版修正了此问题
作者Author: sobereva 时间: 2025-3-21 12:14
今日更新了OfakeG 1.3.2版，修正了有极小频率（如0.68 cm-1）的情况下无法转换振动分析信息的问题
作者Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-5-13 21:43
本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-5-14 00:18 编辑
sob老师您好，我转化后输出文件底部显示的是Normal，但是用gview打开后opt和freq是灰色的，里面只有一个结构，终端的输出我也放在文件里了，麻烦sob老师看看是哪里有问题,谢谢sob老师
作者Author: sobereva 时间: 2025-5-13 23:43
gview打开时候没选择read intermediate geometries，选了的话会载入所有帧，如下所示
(, 下载次数 Times of downloads: 73)
作者Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-5-13 23:49
感谢sob老师！
作者Author: pikachuupup 时间: 2025-5-26 17:00
社长，最新版有的任务转换后会无法显示freq的数据，但是输出文件里的红外数据是正常的，希望社长看一下是什么情况
作者Author: sobereva 时间: 2025-5-27 07:20
我已在官网上更新了OfakeG 1.3.3，解决了此问题
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