计算化学公社
标题: OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 [打印本页]
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-17 19:38
标题: OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
OfakeG: A tool that enables GaussView to visualize ORCA output files
文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jul-17 Last update: 2024-Oct-30
1 前言
量子化学程序ORCA用的人越来越多，功能很强大而且免费，用户数在所有量化程序中已经是第二高（虽然跟Gaussian比还遥不可及）。但至少在笔者撰写此文时，相对于用户数占绝对主导地位的Gaussian程序而言，仍有一个不足之处是没有像GaussView那样的很理想的图形界面。虽然也有Avogadro、Chemcraft、Gabedit等程序能支持ORCA，但都没GaussView用着舒服。
在产生输入文件方面，Multiwfn已经提供了产生ORCA常见任务的输入文件的功能，见《详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能》（http://sobereva.com/490），用户只需要用GaussView画好结构，保存为gjf/mol/mol2/pdb格式，就可以用Multiwfn很方便地得到ORCA输入文件，所以在建模、产生输入文件方面，对ORCA用户没什么困难的。在观看ORCA产生的轨道、做波函数分析方面，Multiwfn也都提供了极其丰富的功能，相关信息见《使用Multiwfn观看分子轨道》（http://sobereva.com/269）、《Multiwfn FAQ》（http://sobereva.com/452）等文章，因此ORCA用户在后处理分析方面也没任何压力。另外，Multiwfn可以基于ORCA的输出文件绘制各类光谱图，所以ORCA用户在光谱研究方面也已经很方便了，相关信息见《Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn》（http://sobereva.com/485）、《Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn》（http://sobereva.com/485）。笔者在北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KAQC_content.html）里还对ORCA的各方面使用做了相当全面系统的讲解，可以很快上手并用得游刃有余。
虽然Multiwfn已经解决了ORCA用户在使用方面的大量障碍，但几何优化轨迹/收敛情况的考察以及振动模式的观看不属于Multiwfn的范畴，而目前却没有理想的解决办法。虽然Chemcraft也能观看ORCA的优化轨迹，但终究没有常用的GaussView用着舒服，而且还是收费程序；Avogadro虽然也观看ORCA的振动分析对应的振动动画，但显示效果不理想，在Windows下容易崩溃、出现异常（至少在笔者的Win7-64bit机子上是如此）。尽管也可以让Gaussian与ORCA挂接，这样可以使ORCA做计算但是输出的是Gaussian格式的信息，从而等效实现让GaussView观看ORCA计算的结果的目的，见《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/422），但这样做稍显麻烦、在Windows下也没法用。
显然，如果能开发个程序把ORCA的优化、振动分析、优化+振动分析的输出文件“伪造”成Gaussian的，这样就可以令GaussView直接支持读取ORCA的输出文件了，使得ORCA对于常见问题的研究用起来方便得多，也明显便于Gaussian用户同时掌握ORCA程序。笔者开发的OfakeG程序就是实现这个目的，下面介绍一下。如果你想一睹为快这个程序的实际效果，可以看这个视频：《基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示》（https://www.bilibili.com/video/av59599938），其中用到了此程序。
OfakeG的学术合理性声明：本程序的开发灵感来自于Grimme的xtb程序。xtb程序做振动分析的时候会自动输出一个伪造Gaussian的振动分析输出文件，目的是为了让用户看振动模式方便；xtb程序为了兼容GSM也官方支持伪造ORCA的输出文件。大牛Grimme直接用的就是fake这个词。显然令A程序输出B程序的格式在学术界是非常正常的事情。Gaussian的输出格式是公开的而非加密的，GaussView能读入的格式也相当于是公开的，本文的OfakeG程序亦没有对GaussView本身做任何篡改，明显从各个角度上本程序的开发是完全学术正当的。本程序所做的事仅仅是将ORCA的输出信息转化成Gaussian的格式而已，文中所谓“伪造”只不过是常规的文件格式转换而已，和数据层面的“造假”有天壤之别，转换出的文件里也根本没有任何文字体现这文件是靠Gaussian程序算出来的。此程序的开发目的是给广大科研工作者提供个便利，开发/使用此程序不涉及任何侵权和学术不端（除非你利用OfakeG之后，把ORCA算的结果说成是Gaussian算的）。此程序愿意用就用，不爱用的、缺乏对计算化学领域程序状况基本认识的、怀有恶意的、有特殊利益驱动的人以及杠精，不要强词夺理在学术合理性上乱喷此程序。
2 OfakeG程序
2.1 介绍+使用方法
OfakeG程序可以在官方页面下载：http://sobereva.com/soft/OfakeG
其中带.exe后缀的是Windows版，不带后缀的是Linux版。
此程序目前支持处理ORCA的opt、freq和opt freq任务的输出文件（不支持单点任务文件，因为根本没有任何转换的意义！）。此程序对ORCA 4.x、5.x、6.x版经测试可用，对于其它版本可能兼容也可能不兼容，请读者自行尝试。等ORCA以后出新版本，并且笔者发现和OfakeG不兼容时，预计笔者会更新此程序并更新本文。
OfakeG使用非常简单。启动此程序后，把上述任务的ORCA输出文件路径输入进去（对于Windows也可以直接把文件拖进去，路径会直接显示出来），一按回车，就会在当前目录下产生伪造的Gaussian输出文件。如果输入文件名字是yuri.out，则输出文件将是yuri_fake.out。这个输出文件可以直接载入GaussView，对opt或opt freq任务可以播放优化过程的动画、用results - Optimization观看优化过程的收敛情况，对freq或opt freq任务可以用results - Vibrations观看振动模式。
在Windows下还有更省事的运行方式，即可以直接将ORCA输出文件拖到OfakeG.exe图标上，此时在ORCA输出文件的目录下会出现文件名带_fake的伪造的Gaussian输出文件。
OfakeG也可以通过命令行方式使用，比如在Linux下可以在OfakeG所在目录下运行./OfakeG Aika.out，将在当前目录下得到Aika_fake.out。显然，你也可以自写shell脚本用这个程序大批量转换ORCA输出文件。
OfakeG文件包里的.out文件是一些ORCA的示例输出文件。如果你的输出文件转换不成功，请尝试通过对照这些示例文件搞清楚是怎么回事。目前OfakeG名义上只支持HF/DFT的输出文件，其它理论方法不一定能支持。对于加了乱七八糟复杂关键词的情况，OfakeG也不一定能处理。
如果OfakeG处理你的文件时崩溃，且得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，很有可能是因为你的ORCA输出文件的编码是UTF16造成的，OfakeG是处理不了前者的情况的，是什么编码和你用的终端有关系。比如Windows的cmd终端重定向输出的文件是ASCII编码的，而PowerShell是UTF16编码的。对于UTF16编码的输出文件，你可以用比如Ultraedit打开，选另存为，把编码改成Unicode或UTF8，之后再用OFakeG处理。如果你平时习惯用PowerShell且希望重定向出的文件直接就ASCII编码，可以用诸如这样的命令运行test.inp得到test.out：D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii
如果是Win10，还可以直接指定默认的重定向的编码，详见https://stackoverflow.com/questions/40098771/changing-powershells-default-output-encoding-to-utf-8。
如果你怎么也搞不清楚为什么你的ORCA输出文件无法转化成功，或者可判定OfakeG程序有bug，请在http://bbs.keinsci.com/thread-13952-1-1.html贴子里发回帖，把文件压缩后上传。
2.2 OfakeG的几个细节
以下内容建议留意一下，以更好地理解OfakeG的细节，但初学者不看也可以。
OfakeG给出的是简化到不能再简化的能令GaussView正常读取的伪造的Gaussian输出文件，因此如果你写类似工具把其它程序的输出文件也伪造成类似格式，就也可以令GaussView读取。
GaussView要求输出文件里必须有basis functions、alpha electrons、beta electrons信息，但ORCA输出文件里不直接体现，而且这仨对于观看优化和振动分析没有意义，因此在伪造的输出文件开头有这仨信息，但数值都为0。
OfakeG从ORCA输出文件里读能量的时候读的是FINAL SINGLE POINT ENERGY，即当前计算级别下的最终能量。而产生伪造的Gaussian输出文件时，为了省事和统一，是以SCF Done标签来输出的。
Gaussian做优化任务的时候，对每一步，输出次序是[结构i]-[结构i的能量]-[结构i的受力]-[结构i的收敛情况]，所以结构、能量、收敛信息都是一一对应的。而对于ORCA，输出也是这样的顺序，但最后在第i步时发现已经满足收敛限了，之后还会根据第i步的信息再预测出第i+1步的结构，并且计算这个结构下的能量（也顺带得到波函数），而这个i+1结构就不再计算受力了，也因此对这个结构也不再输出收敛判断信息。所以OfakeG产生的伪造的Gaussian输出文件中，第1步到第i+1步的结构、能量、收敛情况都会给出，但最后一次输出的收敛情况信息里当前值全都被设成0来占位。
优化过程中除了像Gaussian一样用受力/位移的最大/RMS值作为判断标准外，ORCA还用能量变化作为判断标准。为了体现这点，在伪造的Gaussian输出文件中也在收敛判断部分添加了这项，但这项不会被GaussView所读取，大家可以自行考察。
对于振动分析，由于ORCA不会给出约化质量和振动模式的力常数，所以伪造的Gaussian输出文件里也没这项，这不影响一般的分析。由于ORCA不给出振动模式的不可约表示，所以OfakeG把不可约表示都一律输出为A。
OfakeG把ORCA振动分析输出的热力学数据也都转化为了Gaussian的输出形式，对于用惯了Gaussian的人来说读起来方便不少，并且还顺带多显示了一项Electronic energy=，后面是振动分析对应的结构的电子能量。
OfakeG以后版本也有可能支持处理ORCA的IRC任务的输出文件，但目前没有打算支持。因为笔者撰文时最新的ORCA 4.1.2版的IRC功能非常弱、速度慢，甚至就连反应坐标都不给出来，原理上没法转换成Gaussian的格式。另外OfakeG也不会去支持转换ORCA的TDDFT等电子激发任务的输出文件，因为做这个转换没有任何实际意义。Multiwfn直接就能基于ORCA的TDDFT输出信息绘制各种电子光谱和做电子激发分析（后者我都有现成的例子，见http://sobereva.com/485。Multiwfn绘制光谱的更详细介绍见http://sobereva.com/224），而且ORCA目前版本给出的是TDDFT组态函数的贡献而不是系数，原理上也不可能转换为Gaussian形式的输出。
OfakeG是100%纯Fortran写的，没有利用任何库和其它任何编程语言（或许有的人能猜到我为什么刻意彰显这点）。
作者Author: granvia 时间: 2019-7-17 20:31
支持！
作者Author: alwens 时间: 2019-7-17 20:31
大善，好东西啊
作者Author: captain 时间: 2019-7-17 20:48
Fortran语言好
作者Author: Novice 时间: 2019-7-17 21:03
会不会被搞死知道了说侵权啊
作者Author: Accelerator 时间: 2019-7-17 21:51
以前用progdyn跑分子动力学时写过将orca xtb等的输出文件中的坐标和梯度信息转成Gaussian输出文件格式的python脚本 一度想把它扩充成能伪造完整的Gaussian输出文件的程序但是搁置了
如果能陆续出现MOPACfakeG，XTBfakeG等一系列工具 对计算化学工作者也是一大好事
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-17 21:59
他们或许会不高兴，但没有侵犯他们任何权利
acpype之类的东西不也是类似么，借着amber的东西服务gmx用户
作者Author: wangyj 时间: 2019-7-17 22:42
emmm最后一句懂了。
善用工具的人比工具本身更重要。
作者Author: hzfish 时间: 2019-7-17 22:46
社长真是全能型选手。
作者Author: 量化小菜鸡 时间: 2019-7-18 04:58
好东西，谢谢
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-18 08:54
要是能够开源就好了。然后根据源代码，自己做做修改，支持更多的XXXfakeG.
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-20 10:25
利用软件压缩包中自带的opt_H2CO.out所产生的opt_H2CO_fake.out，载入到GView6.0.16中，result中的optimization是灰色的。
作者Author: plus 时间: 2019-7-20 16:11
习惯用Chemcraft看ORCA的结果
作者Author: zsu007 时间: 2019-7-20 16:55
很好地解决了使用ORCA结果分析难题！
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-21 00:20
我倒没发现有这问题
(, 下载次数 Times of downloads: 685)
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-21 00:40
有人在论坛里接二连三非理性乱喷此程序，已删帖+暂时性禁言处理。下面文字对OfakeG的学术合理性上已经交代很清楚了（已加入此文第一节末尾），没有可补充的。如果我再发现在本论坛有脑残非理性发言攻击OfakeG程序的，将直接删帖，没完没了胡乱找茬的将直接封号，某些人自重！
OfakeG的学术合理性声明：本程序的开发灵感来自于Grimme的xtb程序。xtb程序做振动分析的时候会自动输出一个伪造Gaussian的振动分析输出文件，目的是为了让用户看振动模式方便；xtb程序为了兼容GSM也官方支持伪造ORCA的输出文件。大牛Grimme直接用的就是fake这个词。显然令A程序输出B程序的格式在学术界是非常正常的事情。Gaussian的输出格式是公开的而非加密的，GaussView能读入的格式也相当于是公开的，本文的OfakeG程序亦没有对GaussView本身做任何篡改，明显从各个角度上本程序的开发是完全学术正当的。本程序所做的事仅仅是将ORCA的输出信息转化成Gaussian的格式而已，文中所谓“伪造”只不过是常规的文件格式转换而已，和数据层面的“造假”有天壤之别，转换出的文件里也根本没有任何文字体现这文件是靠Gaussian程序算出来的。此程序的开发目的是给广大科研工作者提供个便利，开发/使用此程序不涉及任何侵权和学术不端（除非你利用OfakeG之后，把ORCA算的结果说成是Gaussian算的）。此程序愿意用就用，不爱用的、缺乏对计算化学领域程序状况基本认识的、怀有恶意的、有特殊利益驱动的人以及杠精，不要强词夺理在学术合理性上乱喷此程序。
作者Author: exity 时间: 2019-7-24 08:33
社长，我的OfakeG转化失败，麻烦请社长看一下是否是因为ORCA版本的问题，我用的4.1.0版本ORCA.
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-7-24 08:36
社长，您写的大部分程序都是开源的。但是OfakeG不开源，是出于上述考虑吗？
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-24 18:31
不是我不想开源，是现在小人太多，代码暴露出来，指不定有些人会干出不好的事，或者不尊重原开发者劳动的事。如果需要源代码，可以免费直接向我索取。
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-24 18:33
群里已经回了，是你的文件编码问题
作者Author: sobereva 时间: 2019-7-28 19:09
关于文本编码是unicode导致OfakeG无法处理的问题，我专门在此文中新加了以下文字
如果OfakeG处理你的文件时崩溃，且得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，很有可能是因为你的ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，OfakeG是处理不了前者的情况的，是什么编码和你用的终端有关系。比如Windows的cmd终端重定向输出的文件是ASCII编码的，而Powershell是Unicode编码的。对于Unicode编码的输出文件，你可以用比如Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，之后再用OFakeG处理。如果你平时习惯用Powershell且希望输出的文件直接就是ascii编码，可以用诸如这样的命令运行test.inp得到test.out：D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii
如果是Win10，还可以直接指定默认的重定向的编码，详见https://stackoverflow.com/questi ... t-encoding-to-utf-8。
作者Author: 欢乐多 时间: 2019-8-8 10:00
老师，啥时候能支持TDDFT.out格式的转换啊？
作者Author: sobereva 时间: 2019-8-9 03:51
做这个转换没有任何实际意义。Multiwfn直接就能基于ORCA的TDDFT输出信息绘制各种电子光谱和做电子激发分析
另外，原理上也不可能转换，因为ORCA目前的版本不给出组态系数，而给出的是组态贡献
作者Author: lonemen 时间: 2019-8-9 11:14
社长威武！
作者Author: ezez 时间: 2019-8-11 11:35
社长简直威武威武威武～
作者Author: sobereva 时间: 2019-8-13 07:45
OfakeG已发布1.0.2版，可在此下载http://sobereva.com/soft/OfakeG/。此版本完美支持了近期发布的ORCA 4.2版
作者Author: sobereva 时间: 2019-9-23 03:30
在OfakeG主页更新了1.0.3版，支持了NumFreq任务的输出文件（以前版本不兼容）
作者Author: Jasminer 时间: 2019-10-8 09:03
其实原来用来处理numfreq结果，倒没发现不兼容。
但目前还有个情况，就是对于calc_hess、recalc_hess的opt和freq连用的任务，最后输出的是第一次计算hess时输出的频率，而非最后的freq；而且此时opt步骤的读入输出也有问题，好像是会在第二次计算hess时结束，也就是calc_hess还可以用，recalc_hess就不能输出完整步骤了。
不知sob社长是否还有兴趣继续改进
作者Author: ghifi37 时间: 2019-12-6 16:46
请教一下，我用ORCA算了个有机分子加原子，14分钟算完了结构优化。
使用OfakeG转换时，竟然转换了超过1亿步还没完，我想应该是有点啥问题，杀了重试还是一样。
请社长麻烦帮看一下，谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2019-12-6 17:46
之前的有点bug，我已经在OfakeG主页上更新了1.0.5版解决了这个问题
作者Author: ghifi37 时间: 2019-12-6 19:03
本帖最后由 ghifi37 于 2019-12-6 19:08 编辑
牛，实在是牛，速度太快了！问题解决了，大赞一个！
作者Author: sobereva 时间: 2019-12-23 23:51
在OfakeG官网上更新了1.0.6版，解决了老版本不兼容recalc_hess关键词的问题
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-13 00:12
用OfakeG1.06转化ORCA优化结构的输出文件optimization是灰色没法点
作者Author: sobereva 时间: 2020-9-13 05:33
上传压缩后的输出文件
并且确保没用什么奇怪的关键词
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-13 08:09
本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-13 08:11 编辑
这是我的ORCA输出文件，SCF收敛结构不收敛，我想用OfakeG转成GV可视看一下是不是震荡导致的，但是optimization是灰色的点击不了
作者Author: sobereva 时间: 2020-9-14 07:02
我用OfakeG 1.0.6可以正常转换（输出文件见附件），gview 6也可以正常打开
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
(, 下载次数 Times of downloads: 104)
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-14 08:28
本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-14 08:38 编辑
sob老师我是想说转换完之后的文件没法在GV看能量的走势，就是那个optimization那个选项没法点。我的ORCA输入文件使用Multiwfn得到的，是不是那三个关键词的影响导致的哪？
作者Author: a18236822855 时间: 2020-9-14 13:17
不好意思sob老师，是我的原因，我用gv在载入文件的时候没有设置好，不好意思占用大家的资源了
作者Author: snljty 时间: 2020-12-12 10:38
本帖最后由 snljty 于 2020-12-14 00:04 编辑
卢老师，您好，我有两个opt freq的文件关键词完全一样，只是初始结构有小差别。一个转换成功，一个优化部分转化成功，频率部分读取失败直接退出。手动对比了两个文件，没有看出来格式上有什么区别。麻烦您有时间看一下可以么？谢谢。ORCA 4.2.1，OFakeG是刚下载的最后版本。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
作者Author: sobereva 时间: 2020-12-13 05:08
这是ORCA诡异的处理规则所致。
S4N4_opt_18.out里的振动从7号开始是实频，因此OfakeG把>=7号模式都考虑
0: 0.00 cm**-1
1: 0.00 cm**-1
2: 0.00 cm**-1
3: 0.00 cm**-1
4: 0.00 cm**-1
5: 0.00 cm**-1
6: -102.74 cm**-1 ***imaginary mode***
7: 0.93 cm**-1
8: 70.73 cm**-1
9: 139.60 cm**-1
10: 141.75 cm**-1
...
然而，在输出红外强度的地方，居然ORCA是从8号开始输出：
Mode freq (cm**-1) T**2 TX TY TZ
-------------------------------------------------------------------
8: 70.73 0.000000 ( 0.000355 -0.000001 0.000021)
9: 139.60 24.618388 ( 4.961692 -0.000001 0.000066)
10: 141.75 0.000000 ( -0.000013 -0.000158 -0.000008)
11: 176.29 0.000000 ( 0.000006 0.000000 0.000229)
12: 269.79 0.000000 ( -0.000011 -0.000008 -0.000008)
13: 402.61 91.797275 ( 0.000002 0.001008 9.581089)
14: 406.37 69.250871 ( -0.000000 8.321711 -0.001058)
...
估计ORCA是有什么内部规则，对于特别小频率的模式，就不输出红外强度了。这导致OfakeG在读红外强度的地方，读不到相应数目的行，于是内部出错。
解决办法就是自己在红外强度输出的地方人为添加7号模式的信息，比如把8号模式的那行在前面复制一次，具体数值随便填
作者Author: snljty 时间: 2020-12-13 09:13
原来如此，谢谢老师！
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-13 10:57
本帖最后由 dawnli 于 2021-1-13 11:03 编辑
sob老师您好，我用orca优化后得到了out文件（附件）但是利用ofakeg得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，怀疑是因为ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，我用Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，但是还是不行，不知道是什么原因，劳烦sob老师解答疑问，谢谢老师~
作者Author: snljty 时间: 2021-1-13 11:44
这里面奇怪的字符太多，提示是Non-ISO extended-ASCII text, with CR, NEL line terminators。能不能说一下你是在什么环境下算的？（Windows/Linux/Mac，系统语言是什么，LANG环境变量（如果有的话）是什么，在什么终端下算的？(Linux Terminal/cmd/Powershell/MinGW prompt/Windows Terminal/cmder...)）...你转完的这个编码我sublime和vim都无法正常打开。chardet也给不出实际有价值的信息。
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-13 12:31
你的a.out我用文本编辑器打开都没法正常看到内容，OFakeG自然也处理不了
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-13 12:41
您好，我是在Windows下用powershell算的，参考的这个https://www.bilibili.com/video/av59599938，这个视频中1：30的方法，得到的out文件，然后用ultraedit 转换的格式。
作者Author: dawnli 时间: 2021-1-14 23:00
sob老师，您好，我把模型重新修改了一下，又算了一遍，发现还是出现上次的问题（得到的_fake后缀的文件里只有几行信息），您能帮我看下问题出在哪里吗？周围都没做dft计算的，实在是麻烦您了~
(ps:参照您这篇文章做的吸附能计算http://sobereva.com/540，附件中“巯基改性金属有机框（HKUST-1）架吸附汞模型”为构建的分子模型，附件“1”为orca计算完成后的文件，其中的1.out为对应文中complex_opt.out文件，之前怀疑是因为可能是文中提到的“Powershell是Unicode编码，需要改成ASCII”，我担心是我更改编码的问题，这次上传的附件还没有改成 ASCII，恳请sob老师帮忙解答一下，万分感谢~）
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-15 07:48
不要用Powershell。用cmd或cmder
作者Author: Freeman 时间: 2021-1-20 19:56
sobereva老师您好。OfakeG是不是不支持ORCA的NEB-TS+Freq任务？生成的高斯输出文件里没有优化过渡态的能量变化，只有频率。
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-22 12:22
不支持
作者Author: sobereva 时间: 2021-7-2 05:33
更新了1.0.7版，兼容了ORCA 5.0
作者Author: ljc050512 时间: 2021-8-2 18:42
社长威武~
作者Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-3 12:19
话说gau_orca接口应该也不兼容orca5了吧
作者Author: sobereva 时间: 2021-8-6 08:16
没测试。如果有人报告不兼容我到时候更新
作者Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-9 07:52
那么为啥不用windows terminal呢，杂合linux和win的习惯，不管是powershell还是wsl都很舒服
作者Author: sobereva 时间: 2021-8-9 18:34
有cmd和cmder就足够了
作者Author: ljc050512 时间: 2021-9-2 10:59
社长好，我在用OfakeG_1.0.7的时候有个很奇怪的现象：输入文件的关键词都一样，只是算的结构略有差别，但是No文件夹里的fake.out文件不能看到频率（GV频率地方显示灰色）而YES文件里面的就可以看到。我把这两个文件的原始.out文件和我转换后的fake.out文件都打包上传了，麻烦您给看看。两个文件的输入文件关键词都一样。
! r2SCAN-3c optTS freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 1000
%pal nprocs 4 end
%geom Calc_Hess true end
* xyz 0 1
作者Author: sobereva 时间: 2021-9-2 22:20
1.0.7版OfakeG对ORCA 5的振动分析数据提取存在问题，如果ORCA算了多次Hessian，OfakeG提取的红外强度是第一次的而不是最后一次的。今日更新了1.0.8版解决了这个问题，也同时解决了个别情况下没法正常转换的问题。
作者Author: sobereva 时间: 2021-9-2 22:20
已更新1.0.8版解决了这个问题
作者Author: ljc050512 时间: 2021-9-4 07:46
感谢社长，社长V5~
作者Author: yisui 时间: 2022-1-8 10:25
sob老师，使用OfakeG转换后Gview显示报错，请问是什么原因，multiwfn显示无虚频。
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-8 11:48
我更新了官网上的OfakeG，可以处理你的文件了
作者Author: yisui 时间: 2022-1-8 14:03
sob老师，现已能正常使用，十分感谢！！！
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-15 11:24
用ORCA计算的IRC，现在有软件能够图形呈现出来吗？
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-15 20:39
VMD
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-16 10:48
有教程吗，我的VMD都打不开ORCA输出文件
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-16 12:22
显然是打开xyz文件
作者Author: mfdsrax2 时间: 2022-1-16 12:35
好了，感谢Sob老师
作者Author: zongxupeng 时间: 2022-2-12 22:23
老师好，我的文件转化后optimization显示灰色。试了一下example里的out文件转化后也是显示灰色
作者Author: sobereva 时间: 2022-2-13 03:18
那是因为你没选择read intermediate geometries，最基本的gview使用常识
作者Author: 牧生 时间: 2022-2-15 14:38
ORCA 快要发布5.0.3了，文中所提及的“OfakeG以后版本也有可能支持处理ORCA的IRC任务的输出文件”会不会在近期的版本中实现呢。
作者Author: shuiningzhu 时间: 2023-4-4 20:49
建议你把“伪造”改为“转换”。格式转换比伪造用着舒服。
作者Author: sobereva 时间: 2023-4-5 06:42
不接受建议，词不达意
作者Author: 霜晨月 时间: 2023-9-1 10:09
本帖最后由 霜晨月 于 2023-9-1 11:18 编辑
跟社长报告一个问题：几何优化时如果使用了recalc_hess，OfakeG就会仅仅输出第一次recalc_hess之前的结果；比如，如果用recalc_hess 5，OfakeG就仅输出前6帧。
查看从前的帖子，有老师已经提出这个问题，社长说已经在1.0.6版本中解决了，但好像当时只有ORCA 4。我现在用的是ORCA 5.0.3，最新的OfakeG 1.0.9和稍早的1.0.8都有这个问题。是不是ORCA升级到5时这个bug又出现了？
更正：
我又仔细检查了我的任务文件，发现如果只写recalc_hess的话，OfakeG是可以正常转化的；但如果同时用了Hybrid_Hess关键词，就会出现上述bug。
作者Author: sobereva 时间: 2023-9-6 23:42
此程序不考虑Hybrid_Hess之类非常小众的情况
作者Author: Alizzard 时间: 2024-1-24 15:04
报告一个ORCA采用QM/MM计算频率时，无法生成频率信息的问题（1.0.9版本）。
详见附件
作者Author: sobereva 时间: 2024-1-25 03:57
此程序不考虑QM/MM这种少见的情况
作者Author: sobereva 时间: 2024-4-11 02:01
修正了一个bug，更新了1.1版。之前版本读取ORCA 5.0.x的振动分析的红外强度数据有误
作者Author: sobereva 时间: 2024-10-6 10:11
今日更新了OfakeG 1.2，兼容了ORCA 6用usesym关键词时振动分析的输出文件了
作者Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-29 22:19
社长，虽然我知道用powell挺不合适的，我用Ultraedit转换了一下试试，发现还是不行，也参照D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii运行了，运行成功了之后还是无法转成fakeout，实在搞不明白了，请大家帮我看一下是什么问题啊
作者Author: sobereva 时间: 2024-10-30 00:39
这都不是OfakeG支持的任务
转单点的输出文件毫无意义
作者Author: zhaoquanyou 时间: 2024-10-30 10:09
好的好的社长，我才发现我计算任务提交错了，真不好意思
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