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标题: 构形优化求助 [打印本页]

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-4 10:14
标题: 构形优化求助
文献中用B3LYP/6-31G*方法优化C6H5CH2Cl构形时，得到了两种稳定结构，如构形.png所示，一种是C-Cl键垂直于环面，一种在环面内。
我优化出了第一种结构，第二种结构总是存在虚频，麻烦大家看一下，怎样设置和调整初始结构才能优化出第二种构形呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-4 16:11
从虚频上看是Cl偏离平面的摇摆。你先按照虚频方向挪动结构，然后在opt(calcall,maxstep=5,notrust)下优化，看看最后还有无虚频。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-5 09:20

sobereva 发表于 2015-7-4 16:11
从虚频上看是Cl偏离平面的摇摆。你先按照虚频方向挪动结构，然后在opt(calcall,maxstep=5,notrust)下优化， ...

sobereva老师，我按照您说的方法，先微调结构，然后maxstep=5或1下优化，结构都变成了垂直构形（构形.png中的第一个构形），请问还有什么解决办法吗？谢谢！

作者
Author: wxy 时间: 2015-7-5 10:05

diaolanxinyu 发表于 2015-7-5 09:20
sobereva老师，我按照您说的方法，先微调结构，然后maxstep=5或1下优化，结构都变成了垂直构形（构形.png ...

可能调整太大了。将C-Cl键双面角调1-3度再试试。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-5 11:08

wxy 发表于 2015-7-5 10:05
可能调整太大了。将C-Cl键双面角调1-3度再试试。

我将二面角调1度算过了，还是不行，会变为第一个构形。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-5 16:11
你干脆做一下-CH2Cl基团的二面角柔性扫描，每5度一步，如果确实有(II)的话应该会看到有对应的极小点

作者
Author: wxy 时间: 2015-7-5 22:54

diaolanxinyu 发表于 2015-7-5 11:08
我将二面角调1度算过了，还是不行，会变为第一个构形。

我试了下，C-Cl二面角0度的确实会优化成约90度的构象。是否说明该二面角为0度的构象不可能存在呢？不知你看的这个是个什么文献，报道的结果是否可靠？

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-6 14:33

wxy 发表于 2015-7-5 22:54
我试了下，C-Cl二面角0度的确实会优化成约90度的构象。是否说明该二面角为0度的构象不可能存在呢？不知你 ...

我把文献中说的第三种平面构形都用opt=(calcall,maxstep=1,notrust) freq b3lyp/6-31g(d)和柔性扫描试了一下都会变为第一种垂直的构形，
柔性扫描的输入是
#p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d)
坐标
D 1 6 12 15 2.00 S 176 1

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-6 14:34
附件中是参考文献，JACS的，实验为主的一篇文献

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-6 14:42
柔性扫描的结果是c6h5ch2cl02.out，输入文件是c6h5ch2cl02.gjf

然后我又限制二面角做优化得到的c6h5ch2cl02-4-opt2.out没有虚频，不知道这样的结果可靠吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 15:32
你的c6h5ch2cl02.out明显不是柔性扫描，从输出文件的Derivative Info.下方明显没看到哪个变量被设为了scan
G09 D.01有bug，柔性扫描的时候不要直接指定初始值，即
D 1 6 12 15 2.00 S 176 1
应改为
D 1 6 12 15 S 16 5 （以1度为步长太小了，太耗时，总共扫5*16=80度也够了）

B3LYP/6-31G*扫描曲线出不来极小点的话，改成M062X/TZVP，如果还是没极小点，说明文献是一本正经地胡说八道。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-6 15:53

sobereva 发表于 2015-7-6 15:32
你的c6h5ch2cl02.out明显不是柔性扫描，从输出文件的Derivative Info.下方明显没看到哪个变量被设为了scan
...

好的，我试试，谢谢老师。

限制二面角做优化得到的c6h5ch2cl02-4-opt2.out没有虚频，不知道这样的结果可靠吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 16:17
优化时不要做限制

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-6 23:04

sobereva 发表于 2015-7-6 16:17
优化时不要做限制

老师，附件中是两种方法的柔性扫描结果。
我打算拿这两个结果给老板看，应该就足以说明文献中的平面结构是不稳定的或不存在的了吧？
（因为指出文献中给出的结果是错误的是一件很危险的事情，我想问这两个柔性扫描结果足够充分了吗？）

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 23:59
结果很清楚了，根本不存在II那种极小点。
氢原子太小，几乎没有位阻，很难构成极小点，如果换成甲基就肯定会有极小点了。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-7-7 08:28

sobereva 发表于 2015-7-6 23:59
结果很清楚了，根本不存在II那种极小点。
氢原子太小，几乎没有位阻，很难构成极小点，如果换成甲基就肯定 ...

嗯，明白了，谢谢老师！

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