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标题: 求助：gromacs的*.mdp中的constrains = h-bonds在lammps中怎么等效 [打印本页]
作者
Author: wh.shen    时间: 2019-7-18 16:51
标题: 求助：gromacs的*.mdp中的constrains = h-bonds在lammps中怎么等效
本帖最后由 wh.shen 于 2019-7-18 19:07 编辑

我想做gromacs和lammps在相同参数的时候两者的键长键角分布的一个对比，对与其中参数的转化还有些问题，请教大家。
下面是gromacs的*.mdp
  1. ;title                  = FWS
  2. ;cpp                    = /usr/bin/cpp
  3. constraints            = hbonds
  4. constraint_algorithm   = LINCS
  5. lincs_order            = 4
  6. ;shake_tol              = 0.0001
  7. comm_mode              = Linear
  8. comm_grps              = Protein Non-protein
  9. integrator             = md
  10. dt                     = 0.002 ; ps !
  11. nsteps                 = 2500000 ; total 20000 ps.
  12. nstcomm                = 10
  13. nstxout                = 5000 ; collect data every 10 ps
  14. nstenergy              = 5000
  15. nstvout                = 5000
  16. nstlog                 = 5000
  17. nstxtcout              = 500
  18. xtc_grps               = non-water
  19. nstfout                = 0
  20. nstlist                = 10
  21. ns_type                = grid
  22. rlist                  = 1.0
  23. ; Electrostatics
  24. coulombtype              = PME
  25. rcoulomb                 = 1
  26. ; van der Waals
  27. vdw-type                 = switch
  28. rvdw-switch              = 0.8
  29. rvdw                     = 1.0
  30. fourierspacing         = 0.12
  31. fourier_nx             = 0
  32. fourier_ny             = 0
  33. fourier_nz             = 0
  34. pme_order              = 4
  35. ewald_rtol             = 1e-5
  36. optimize_fft           = yes
  37. energygrps             = SOL protein
  38. ; Berendsen temperature coupling is on in two groups
  39. Tcoupl                 = v-rescale ;nose-hoover
  40. tau_t                  = 0.5 0.5
  41. tc-grps                = Protein Non-protein
  42. ref_t                  = 300 300
  43. ; Pressure coupling is on
  44. Pcoupl                 = no
  45. tau_p                  = 1.0
  46. compressibility        = 4.5e-5
  47. ref_p                  = 1.0
  48. refcoord_scaling       = com
  49. ; Generate velocites is on at 300 K.
  50. gen_vel                = yes
  51. gen_temp               = 300.0
  52. gen_seed               = -1
复制代码


下面是lammps的in.*文件
  1. # Generated with Gro2lam

  3. units real
  4. boundary p p p
  5. atom_style full

  7. atom_modify map array
  8. pair_style lj/cut/coul/cut 8.5 10
  9. bond_style harmonic
  10. angle_style harmonic
  11. dihedral_style charmm
  12. improper_style cvff

  14. read_data /home/wenhui/GRO2LAM/GRO2LAM-1.0.1/Examples/silk2/helpissue/g2l_dir/data.gro2lam

  16. neighbor 1.9 bin
  17. special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.8333
  18. pair_modify shift no tail yes mix arithmetic
  19. neigh_modify every 1 delay 1 check yes

  21. group protein id 1:13844

  23. timestep 0.1


  26. thermo 10
  27. thermo_style custom step temp press vol epair emol etotal enthalpy

  29. velocity all create 300 1234567 rot yes dist gaussian


  32. fix nve_name1 all nve
  33. run 100000
  34. unfix nve_name1

  36. fix freez protein freez
  37. fix nvt_name1 all nvt temp 300 299 100
  38. run 4000000
  39. unfix nvt_name1
  40. unfix freez

  42. ### Equilibration Run ###
  43. velocity        all create 300 173529 dist gaussian
  44. dump                equil all atom 100000 dump.atom
  45. fix                1 all nve
  46. run                50000000

  48. write_restart        equil.restart
  49. undump                equil
复制代码
请教大家基于gromacs 的命令参数在lammps的in.*文件中还需要哪些修改？比较疑惑的一点是氢键约束在lammps中怎么表示？
请教@sobereva 老师


作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-18 20:44
我不用lammps，请勿at
做这个对比有什么实际意义？gmx模拟蛋白质的结果是毋庸置疑地非常可靠，用着更方便，速度还快得多得多。俩程序力场相同时，原理上是可以跑出相同结果的（之前有人把amber力场弄到Lammps里，和Amber程序进行对比，也是模拟蛋白质，结果高度一致）。
作者
Author: wh.shen    时间: 2019-7-18 22:59
本帖最后由 wh.shen 于 2019-7-18 23:01 编辑
sobereva 发表于 2019-7-18 20:44
我不用lammps，请勿at
做这个对比有什么实际意义？gmx模拟蛋白质的结果是毋庸置疑地非常可靠，用着更方便 ...

好的，sob老师
我用gromacs建立了周期边界的一个模型，需要对这个模型进行加载，但是由于gromacs没有办法使加载的同时盒子也发生变形，而lammps中提供了这种周期性模型的加载方式，所以我用gro2lam这个软件将gromacs的模型转换为lammps类型，然后需要简单的检验一下这两种模型是否等效，所以出现了我的问题。
作者
Author: sobereva    时间: 2019-7-18 23:27
wh.shen 发表于 2019-7-18 22:59
好的，sob老师
我用gromacs建立了周期边界的一个模型，需要对这个模型进行加载，但是由于gromacs没有办 ...

干脆别用h-bonds约束就完了。只不过此时需要用1fs步长
作者
Author: DOUKUN    时间: 2020-12-23 17:32
给你一个文章，你可以看看，From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM. A converter for molecular dynamics software我也刚开始做gromacs转lammps的，方便的话，以后可以常交流此方面。doi:10.1007/s00894-019-4011-x



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