计算化学公社

标题: 求助邻区搜索使用group出现问题 [打印本页]

作者
Author: sjl 时间: 2019-7-18 18:33
标题: 求助邻区搜索使用group出现问题
各位老师和同学们好：
最近尝试做隐式溶剂模型，邻区搜索cutoff-scheme=group，显示以下警告（如图），这个警告应如何处理呢？我已尝试过把rlist加大，但还是不行，过-maxwarn，但是跑了一步以后，就自动停止了，也没看到什么gromacs给的报错信息。
在显式下cutoff-scheme=Verlet则可以正常计算。
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是否与gromacs的版本有关系呢？注：在下不是用的最新版本

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-18 20:41
GB模型下没必要设盒子。看你的mdp文件名似乎还是在PBC下模拟的。把PBC去掉

作者
Author: sjl 时间: 2019-7-23 10:12

sobereva 发表于 2019-7-18 20:41
GB模型下没必要设盒子。看你的mdp文件名似乎还是在PBC下模拟的。把PBC去掉

谢谢sob老师！
我尝试把PBC去掉后，能成功生成tpr文件，但是mdrun的时候又出现了以下问题：
The charge group starting at atom 3 moved more than the distance allowed by the domain decomposition in direction Z.
A charge group moved too far between two domain decomposition steps. This usually means that your system is not well equilibrated
原子3在我的top中是进行了位置限制的，且我的坐标文件是经过预平衡的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-23 18:57

sjl 发表于 2019-7-23 10:12
谢谢sob老师！
我尝试把PBC去掉后，能成功生成tpr文件，但是mdrun的时候又出现了以下问题：
...

通常说明设置方面有一些硬伤
没更多的信息不好说

我不晓得你为什么要用GB模型跑动力学。GB下动力学轨迹的可靠性很容易被质疑，除非非用不可，否则强烈不建议用。

作者
Author: sjl 时间: 2019-7-24 15:08

sobereva 发表于 2019-7-23 18:57
通常说明设置方面有一些硬伤
没更多的信息不好说

感谢sob老师！

我之前尝试过在显式下跑动力学（主要做矿物中的阳离子与水环境中的阳离子相交换），先nvt后npt，最后成品MD模拟150ns，可最终结果显示都只有界面处发生了一些离子交换（量也很少，大概8%左右）个人感觉是因为浓度差的关系，在界面处有了一些交换，无法有力的证明离子交换的顺序，续跑了50ns也没见更多的阳离子相交换，有看到过文献里面采用隐式溶剂计算离子交换容量，所以想试一试。

由于文件上传不了，所以把mdp文件复制如下：
title  = NVT
define  =
; Run parameters
integrator = md  ; leap-frog integrator
tinit    = 0
dt    = 0.001  ; 1 fs
nsteps  = 15000000 ; 1.0 * 15000000 = 10000 ps (15 ns)
; COM motion removal
nstcomm       = 1
comm-mode    = ANGULAR
comm-grps    = system
; Output control
nstxout  = 150000  ;
nstvout  = 150000  ;
nstfout = 0 ; save forces every 0 ps
nstcalcenergy = 1500          ;
nstenergy = 1500  ;
nstlog  = 15000  ;
nstcheckpoint = 150000 ;
nstxout-compressed = 15000       ;
compressed-x-precision = 15000 ;
; Neighborsearching
cutoff-scheme = group
ns_type  = grid  ; search neighboring grid cels
nstlist  = 1    ; 1 fs
nstcalclr    = -1
rlist  = 1.6  ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
; Periodic boundary conditions
pbc    = no  ; 3-D PBC
;Electrostatics
coulombtype = Cut-off ; Cut-off for long-range electrostatics
rcoulomb = 1.6  ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
;Vdw
vdw-type = Cut-off
rvdw  = 1.6  ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Bond parameters
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints = none       ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
; Temperature coupling
tcoupl  = nose-hoover    ; thermostat
tc-grps  = system
tau_t  = 1.0       ; time constant, in ps
ref_t  = 298       ; reference temperature, in K
; Velocity generation
gen_vel  = Yes  ; Velocity generation is on
gen_temp = 298
gen_seed = -1
;implicit-solvent
implicit-solvent = GBSA
gb-algorithm       = HCT
rgbradii          = 1.6
gb-epsilon-solvent  = 78
sa-surface-tension  = 2.25936

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-24 22:32

sjl 发表于 2019-7-24 15:08
感谢sob老师！

我之前尝试过在显式下跑动力学（主要做矿物中的阳离子与水环境中的阳 ...

别用gen_vel = Yes
热浴用v-rescale

作者
Author: sjl 时间: 2019-7-26 11:53

sobereva 发表于 2019-7-24 22:32
别用gen_vel = Yes
热浴用v-rescale

谢谢sob老师！我去试试

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