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标题: 将分子坐标转换成Gaussian的输入文件 [打印本页]

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Author: qian04551 时间: 2019-7-22 14:46
标题: 将分子坐标转换成Gaussian的输入文件
各位老师好，我一开始自己优化结构计算其能量发现与文章给出的能量不太符合，在文章的Supporting中给出了该结构的分子坐标，我现在想把它转化成输入文件。结果把原子坐标输入进去以后，用高斯打开时总是出现图片上显示的问题，打不开。我将我自己转化的输入文件放到了附件中，下面是文章的Supporting给出的分子坐标。在此谢谢各位老师，希望知道的老师能帮我解答一下，谢谢。

下面是文章中的分子坐标
C −0.652942 −0.658116 0.005098
C 0.624295 −1.344426 0.046249
C 0.682155 −2.759503 0.031390
C 1.831104 −0.598377 0.128316
C 1.938051 −3.386883 0.087031
C 3.066344 −1.259615 0.205794
C 3.105608 −2.650948 0.178349
C −3.155548 0.685245 −0.029348
C −4.434632 1.372003 −0.006605
C −4.486794 2.790655 0.074665
C −5.647491 0.631730 −0.041424
C −5.732624 3.425397 0.162301
C −6.869753 1.310599 0.051647
C −6.911448 2.693213 0.158325
C −1.948887 1.432912 0.012385
C −1.991985 2.883474 0.033843
C −0.782868 3.635073 0.019135
C −3.238856 3.565495 0.063675
C −0.852381 5.036541 0.045732
C −3.256659 4.965807 0.072969
C −2.073326 5.692644 0.068407
C −0.698202 0.762710 0.031951
C 0.535969 1.527023 0.048400
C 1.785604 0.854067 0.086944
C 0.503086 2.941679 −0.010111
C 1.720313 3.646288 −0.104079
C 2.929574 2.986552 −0.112856
C −3.110479 −0.731318 −0.072889
C −4.343276 −1.494751 −0.152908
C −5.599770 −0.830289 −0.166159
C −4.304648 −2.913517 −0.237382
C −6.773596 −1.582700 −0.304919
C −5.505371 −3.623565 −0.369788
C −6.726213 −2.965174 −0.410214
C −1.859811 −1.403427 −0.057163
C −1.811584 −2.853787 −0.099200
C −3.012332 −3.610095 −0.185066
C −0.560133 −3.530172 −0.051634
C −2.943816 −5.008661 −0.209340
C −0.543180 −4.932163 −0.083592
C −1.719836 −5.661963 −0.159060
H −7.642651 −3.531115 −0.525744
H −7.735094 −1.091614 −0.346999
H −7.800244 0.761387 0.058092
H −7.864517 3.201511 0.240568
H −5.791124 4.500749 0.247510
H −4.194299 5.502553 0.079879
H −2.104681 6.775513 0.083763
H 0.055095 5.622466 0.056407
H 1.719225 4.724270 −0.186337
H 3.872002 3.510418 −0.208436
H 4.077164 −3.122440 0.201080
H 2.010578 −4.465284 0.070071
H 0.397278 −5.461926 −0.045419
H −1.684242 −6.744644 −0.176493
H −3.845615 −5.601513 −0.259869
H −5.494977 −4.700458 −0.453859
C 2.984489 1.591874 0.011888
C 4.280597 0.924029 0.001000
C 4.341228 −0.497656 0.458396
N 5.345362 1.595140 −0.341573
N 5.496871 −1.236423 0.012600
C 6.551597 0.922235 −0.458427
C 6.578689 −0.504986 −0.327149
C 7.712668 1.639780 −0.804347
C 7.826738 −1.148362 −0.607131
H 7.617354 2.716259 −0.889346
C 8.908798 0.991353 −1.027245
H 7.846447 −2.229082 −0.534338
C 8.948680 −0.424013 −0.930479
H 9.803467 1.545010 −1.283531
H 9.884320 −0.941313 −1.117056
H 5.456118 −1.919828 1.660224
O 4.415023 −0.357679 1.979800
O 4.794964 −1.737996 2.425250

作者
Author: h840473807 时间: 2019-7-22 15:16
这里面的“-”号貌似不是标准的字符，替换一下就可以打开了

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-22 16:05

h840473807 发表于 2019-7-22 15:16
这里面的“-”号貌似不是标准的字符，替换一下就可以打开了

是嘛，谢谢回复，我尝试一下

作者
Author: 409407227 时间: 2019-7-22 21:59
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的

作者
Author: qian04551 时间: 2019-7-23 10:31

409407227 发表于 2019-7-22 21:59
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的

哇，好的，谢谢回复，又学习到了

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-6-29 12:04

409407227 发表于 2019-7-22 21:59
用multiwfn可以把xyz文件转换成gjf格式的

你好，我试了一下，直接将SI文件里的坐标复制到txt文本形式，用multiwfn导出后是空的（只有表头，没有坐标），请问你遇到类似情况吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-29 12:40
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-29 12:47 编辑

z1065480896 发表于 2022-6-29 12:04
你好，我试了一下，直接将SI文件里的坐标复制到txt文本形式，用multiwfn导出后是空的（只有表头，没有坐 ...

xy变成gjf不需要导出、转换之类的操作，直接点鼠标、按键盘把扩展名.xyz改成.gjf，然后在gjf文件里开头写上你要的关键词即可。

文献SI坐标复制出来后，直接粘贴进gjf文件即可，不需要经过什么txt, xyz各种文件。
如果你想问怎么新建gjf文件：鼠标右键，新建文本文件/记事本文件，把扩展名txt改成gjf。
如果你想问你的Windows系统怎么看不到扩展名：点击文件对话框上方的“查看”，在里面勾选“文件扩展名”。

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-6-29 13:53

zjxitcc 发表于 2022-6-29 12:40
xy变成gjf不需要导出、转换之类的操作，直接点鼠标、按键盘把扩展名.xyz改成.gjf，然后在gjf文件里开头 ...

感谢，耐心解答。之前试过这样操作，复制过来的坐标没有空格, 坐标数据都堆在一起。试着把每个坐标空格间隔开后，用gv打开还是空的背景，左下角页面显示0 atoms，0 electrons.。不知道是不是格式的问题。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-29 14:04

z1065480896 发表于 2022-6-29 13:53
感谢，耐心解答。之前试过这样操作，复制过来的坐标没有空格, 坐标数据都堆在一起。试着把每个坐标空格间 ...

那可能是你空行数目不对。如果你复制的数据是乱的（例如没有空格），那么即使用Multiwfn也没法帮你。

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-6-29 14:28

zjxitcc 发表于 2022-6-29 14:04
那可能是你空行数目不对。如果你复制的数据是乱的（例如没有空格），那么即使用Multiwfn也没法帮你。

那这种情况只能自己一个个手动改了？

作者
Author: z1065480896 时间: 2022-6-29 14:30

z1065480896 发表于 2022-6-29 14:28
那这种情况只能自己一个个手动改了？

好的，明白了谢谢啦

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-29 15:49

z1065480896 发表于 2022-6-29 07:28
那这种情况只能自己一个个手动改了？

可以写脚本，比如linux下可以用sed自动加空行。没有空格比较麻烦，如果已知每个原子的坐标的整数部分都只有一位（或者都是两位）的话，那也可以用脚本自动加空格，否则或多或少还是要手动加空格。再有一种办法就是从根上解决，用OCR识别pdf里的数字，而不是直接复制粘贴

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