计算化学公社

标题: 计算EPR谱图用easyspin结合ORCA，打不开ORCA的输出文件求助 [打印本页]

作者
Author: Lakersruobai 时间: 2019-7-25 01:11
标题: 计算EPR谱图用easyspin结合ORCA，打不开ORCA的输出文件求助
老师您好，我看到之前的帖子您说计算EPR谱图用easyspin结合ORCA，我的orca2easyspin似乎打不开ORCA的输出文件，不知问题在哪，能否请您帮忙解答一下？ (, 下载次数 Times of downloads: 58) (, 下载次数 Times of downloads: 53)

作者
Author: daxiali 时间: 2019-7-25 18:45
本帖最后由 daxiali 于 2019-7-25 18:54 编辑

将easyspin文件夹加入到MATLAB设置路径了吗？设置的文件夹对吗？直接在MATLAB命令行输入easyspin能显示版本信息吗? 如果以上都没问题，prop也没问题，那就得问作者了

作者
Author: Lakersruobai 时间: 2019-7-25 19:53

daxiali 发表于 2019-7-25 18:45
将easyspin文件夹加入到MATLAB设置路径了吗？设置的文件夹对吗？直接在MATLAB命令行输入easyspin能显示版本 ...

easyspin文件夹加入到MATLAB设置路径了，直接在MATLAB命令行输入easyspin也能显示版本信息，但是该如何用orca2easyspin读取prop文件，如何输入命令?

作者
Author: daxiali 时间: 2019-7-25 21:24
本帖最后由 daxiali 于 2019-7-25 21:28 编辑

Lakersruobai 发表于 2019-7-25 19:53
easyspin文件夹加入到MATLAB设置路径了，直接在MATLAB命令行输入easyspin也能显示版本信息，但是该如何用 ...

配置没问题。从你提供的图来看命令也是对的。我提供一个.prop文件，你可以测试一下。

作者
Author: Lakersruobai 时间: 2019-7-25 22:01

daxiali 发表于 2019-7-25 21:24
配置没问题。从你提供的图来看命令也是对的。我提供一个.prop文件，你可以测试一下。

输入命令Sys = orca2easyspin('C:\Users\Lakersruobai\Desktop\hydroxyl.prop')这样对吗？我还是打不开prop文件，请指教！

作者
Author: Lakersruobai 时间: 2019-7-26 11:26

daxiali 发表于 2019-7-25 21:24
配置没问题。从你提供的图来看命令也是对的。我提供一个.prop文件，你可以测试一下。

谢谢，已经解决了！

作者
Author: 那丢失的 时间: 2020-12-10 10:07

daxiali 发表于 2019-7-25 21:24
配置没问题。从你提供的图来看命令也是对的。我提供一个.prop文件，你可以测试一下。

你好，我得到图了，但是不知道如何保存为数据点表，这样就没办法用origin作图了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 10:33

那丢失的发表于 2020-12-10 10:07
你好，我得到图了，但是不知道如何保存为数据点表，这样就没办法用origin作图了

dlmwrite('xxx.csv',[B;fit1.expSpec;fit1.fitSpec]');
导出成csv格式，可以用origin读取。

作者
Author: 那丢失的 时间: 2020-12-10 12:24

wzkchem5 发表于 2020-12-10 10:33
dlmwrite('xxx.csv',');
导出成csv格式，可以用origin读取。

谢谢！找到另一种方式，把图高亮，显示出数据点，然后把数据可以复制到剪切板，这样就可以用了，不过这个数据点数不知道和你的一样不，一会试试

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 16:35

那丢失的发表于 2020-12-10 10:07
你好，我得到图了，但是不知道如何保存为数据点表，这样就没办法用origin作图了

请问下我正确读取数据了如何获得图谱呀

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 16:39

wzkchem5 发表于 2020-12-10 10:33
dlmwrite('xxx.csv',');
导出成csv格式，可以用origin读取。

chem哥，请问我正确读取数据了，如何获得图谱呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-5 17:00

nianbin 发表于 2023-5-5 09:39
chem哥，请问我正确读取数据了，如何获得图谱呀

这种问题不用问人，自己搜一下怎么把csv文件导入origin就知道了。
有的进阶一点的问题，可能只有谷歌才能搜出合理的答案，那还可以以用不了谷歌为由问人；但是这种问题显然是即使百度都可以搜出靠谱答案的

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 17:11

wzkchem5 发表于 2023-5-5 17:00
这种问题不用问人，自己搜一下怎么把csv文件导入origin就知道了。
有的进阶一点的问题，可能只有谷歌才 ...

不是我的意思是我easyspin现在可以正确读取orca的数据了，但是不能显示图谱，我应该如何拟合得到图谱

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 17:12
现在是这样子，请问该如何获得图谱呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-5 17:32

nianbin 发表于 2023-5-5 10:12
现在是这样子，请问该如何获得图谱呀

抱歉我看你回的是我说如何导出成csv的帖子，就理解错你的意思了。
easyspin的在线手册里写了应该怎么做，我手头没有链接，你搜一下easyspin就找到了

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 19:54
请问各位老师，我orca2easyspin的时候出现如下报错；是什么情况呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-5 20:56

nianbin 发表于 2023-5-5 12:54
请问各位老师，我orca2easyspin的时候出现如下报错；是什么情况呀

这个无所谓，可能因为orca输出文件的有效数字太少，导致本来应该正交的矩阵不是严格正交的。会对结果引入一定误差，但是误差可以忽略

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-5 21:18

wzkchem5 发表于 2023-5-5 20:56
这个无所谓，可能因为orca输出文件的有效数字太少，导致本来应该正交的矩阵不是严格正交的。会对结果引入 ...

好的，谢谢chem哥。话说这个计算好慢，matlaba跑了一个小时了快还没出图

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2023-5-6 09:15

nianbin 发表于 2023-5-5 21:18
好的，谢谢chem哥。话说这个计算好慢，matlaba跑了一个小时了快还没出图

不至于吧，是不是你算的原子数太多了，考虑四五个原子就行了（自旋密度大且是磁性核）

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-6 11:29

QuantumicGuy 发表于 2023-5-6 09:15
不至于吧，是不是你算的原子数太多了，考虑四五个原子就行了（自旋密度大且是磁性核）

请问是如何设置考虑几个电荷呀

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2023-5-6 12:03

nianbin 发表于 2023-5-6 11:29
请问是如何设置考虑几个电荷呀

是考虑计算的原子数，不是电荷，先看分子中哪些位置自旋密度大，然后选择自旋密度较大区域的磁性原子去用ORCA计算

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-6 15:44

nianbin 发表于 2023-5-5 14:18
好的，谢谢chem哥。话说这个计算好慢，matlaba跑了一个小时了快还没出图

可以人为删掉那些极其小、肯定不会影响图谱的A值

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)