计算化学公社

标题: Gaussian 16 C.01已发布 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-25 19:46
标题: Gaussian 16 C.01已发布
详见：http://gaussian.com/relnotes/

G16 C.01相对于G16 B.01，我感觉没有什么太大改进，值得一提的也就是以下几点

Utilities can now take the -m command-line argument to specify the amount of memory available to the utility. For example: formchk -m=1gb myfile
即使用formchk、cubegen的时候，当处理大fch文件时，不是非得用GAUSS_MEMDEF环境变量才能指定可用内存量上限，现在用-m也可以指定了

V100 support is new with [REV C]
支持了更新的GPU加速计算，但是根据之前的官方测试数据看，G16的GPU加速基本没性价比可言（相对于Terachem来说）

[REV C] NBO version 7 is supported. There are new options to the Population keyword: Pop=NPA7, Pop=NBO7, Pop=NBO7Read and Pop=NBO7Delete request Natural Population Analysis, full Natural Bond Orbital Analysis, full NBO with NBO input read from the input stream and NBO analysis of the effects of deletion of some interactions (respectively), using NBO7 via the external interface. In addition, Pop=NEDA is used to perform Natural Energy Decomposition Analysis. The analysis uses the same input information about fragments as counterpoise calculations. Deletions and optimizations with deletions now work with either NBO6 or NBO7.
全面支持了NBO7，可以通过相应关键词直接挂接NBO7使用。但说实在的，NBO7相对于NBO6，实用性上改进非常有限，所以意义其实也不大，也就是NRT的算法得到了改进。这回引入了pop=NEDA关键词，可以直接调用NBO7做NEDA能量分解，看似弥补了Gaussian能量分解上的空白，但不过我也不觉得这有什么意义，因为NEDA本身是个非主流的能量分解方法，能量项定义的方式比较古怪，而且免费的PSI4的SAPT做得已经很成熟了（参看http://sobereva.com/469，以及http://sobereva.com/252的能量分解部分），GAMESS-US的LMO-EDA能量分解又是免费的，大体系能量分解还有Multiwfn的基于力场的能量分解可用（参看http://sobereva.com/442），所以在可遇见的未来，NEDA并不会流行。Gaussian开发者真正应该做的是直接原生支持一个类Morokuma的能量分解方法，这对开发者来说理应不是特别困难，但又是不少用户急需的功能。

Information on multidimensional relaxed scans is now stored on the formatted checkpoint file with details about the axes, rather than flattened, so these can be displayed in GaussView and other programs.
原先能面扫描任务只能用gview打开输出文件才能看，可能这回打开chk文件也能看了。

[REV C] The RESP (restrained electrostatic potential) constraint can be included in computing potential-derived charges. For example, Pop=(MK,Resp=N) applies a weight of N x 10-6 Hartrees to the squared charges. Other electrostatic potential-derived charge schemes also accept this option (e.g., CHelp, HLY). N defaults to 2.
外行人看了这个，可能觉得Gaussian支持了适合分子动力学模拟的RESP电荷计算了，觉得欣喜，其实完全不是这样。一般意义上的、适合分子动力学的真正的RESP电荷怎么算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）里做了详细介绍，读者会看到计算RESP电荷相对于MK等普通拟合静电势电荷的过程绝不仅仅是引入一个惩罚函数这么简单，而C.01只不过引入了惩罚函数，这无异于NWChem、CP2K程序实现的那种所谓的RESP电荷，其实根本不适合柔性分子的分子动力学研究目的。

PS：给我的感觉，如今ORCA版本增加0.1带来的新功能，就能顶上Gaussian发布一个大版本（如G09->G16）的程度。但对于主流用户群体，ORCA要想超过Gaussian，还很遥远，至少得十年。

作者
Author: qchem 时间: 2019-7-26 09:34
嗯，一直在用G09，没钱升级

作者
Author: alwens 时间: 2019-7-26 17:40
有没有个b的出来给大家玩玩啊

作者
Author: granvia 时间: 2019-7-27 23:32
本帖最后由 granvia 于 2019-7-28 01:12 编辑

NBO7不必需要这个更新来支持，在老版本G16中用NBO6Read关键词就能直接调已安装好的NBO7程序。

不知这个更新是否修复了SCF伪收敛也报正常结束的问题，以及这个bug（http://bbs.keinsci.com/thread-11909-1-1.html）？如果这些问题都解决了，可以考虑升级（好像要4000块RMB）。

作者
Author: Novice 时间: 2019-7-28 21:57
本帖最后由 Novice 于 2019-8-8 16:57 编辑

granvia 发表于 2019-7-27 23:32
NBO7不必需要这个更新来支持，在老版本G16中用NBO6Read关键词就能直接调已安装好的NBO7程序。

不知这个 ...

修复了挺多bug，你可以去官网看一下，我看连DFT-D3校正好像都有BUg，挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 07:54

Novice 发表于 2019-7-28 21:57
修复了挺多bug，你可以取官网看一下，我看连DFT-D3校正好像都有BUg，挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了:s ...

G09 E.01及之后的DFT-D3没听说过有bug

作者
Author: captain 时间: 2019-8-8 16:15

Novice 发表于 2019-7-28 21:57
修复了挺多bug，你可以取官网看一下，我看连DFT-D3校正好像都有BUg，挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了:s ...

Problems with Grimme (D2 or D3) dispersion and ghost atoms were fixed.
你说的是这个？

作者
Author: Novice 时间: 2019-8-8 16:52

captain 发表于 2019-8-8 16:15
Problems with Grimme (D2 or D3) dispersion and ghost atoms were fixed.
你说的是这个？

嗯嗯，是不是我理解错了？需要有ghost atoms时才有问题？

作者
Author: captain 时间: 2019-8-8 16:56

Novice 发表于 2019-8-8 16:52
嗯嗯，是不是我理解错了？需要有ghost atoms时才有问题？

应该是

作者
Author: skdmax 时间: 2019-8-16 17:37

captain 发表于 2019-8-8 16:56
应该是

刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗？一直做实验科学，对计算化学不太谅解，还请多多指教一下。

作者
Author: captain 时间: 2019-8-16 17:40

skdmax 发表于 2019-8-16 17:37
刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗？一直做实验科学，对计算化学不太谅解，还请多多 ...

http://www.molcalx.com.cn/
http://www.emoltech.com/
这是中国的两家代理直接联系

作者
Author: granvia 时间: 2019-8-16 20:16

skdmax 发表于 2019-8-16 17:37
刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗？一直做实验科学，对计算化学不太谅解，还请多多 ...

要发文章必须购买版权

作者
Author: linqiaosong 时间: 2019-8-16 22:04
G16 A.03算G4好像会有G4 Free Energy输出为空的情况，不知道新版本有没有更新这个bug

作者
Author: paramecium86 时间: 2019-8-16 23:41

linqiaosong 发表于 2019-8-16 22:04
G16 A.03算G4好像会有G4 Free Energy输出为空的情况，不知道新版本有没有更新这个bug

试了试. b01已经修正。并且结果也和G09算出来一致了。

作者
Author: linqiaosong 时间: 2019-8-16 23:42

paramecium86 发表于 2019-8-16 23:41
试了试. b01已经修正。并且结果也和G09算出来一致了。

感谢

作者
Author: skdmax 时间: 2019-8-18 08:11

granvia 发表于 2019-8-16 20:16
要发文章必须购买版权

学校提供的大用户版本应该也是可以的吧。

作者
Author: funyboy 时间: 2019-12-6 18:20
ORCA加油。

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-7 22:01
估计要等到2016E01，GPU支持才会有明显提升。

作者
Author: SS123 时间: 2020-7-11 14:35

granvia 发表于 2019-7-27 23:32
NBO7不必需要这个更新来支持，在老版本G16中用NBO6Read关键词就能直接调已安装好的NBO7程序。

不知这个 ...

请问大神，高斯16应该如何调用NBO7.0呢？有没有详细的安装教程呢？

作者
Author: granvia 时间: 2020-7-11 14:50

SS123 发表于 2020-7-11 14:35
请问大神，高斯16应该如何调用NBO7.0呢？有没有详细的安装教程呢？

跟调用NBO6方法完全一样。安装方法NBO7的install/里已经写得很详细了，无需其它教程

作者
Author: SS123 时间: 2020-7-11 14:58

granvia 发表于 2020-7-11 14:50
跟调用NBO6方法完全一样。安装方法NBO7的install/里已经写得很详细了，无需其它教程

谢谢，我已教程设置了环境变量，但是在调用NBO7.0计算时一直报错l612，请问这是什么原因？

作者
Author: jisuanhuaxuenjq 时间: 2023-10-11 00:19
麻烦问一下，这个怎么查看自己用的是A03还是C版本的。最近在超算上安装的g16-a03-AVX2版本，但是好像和海光CPU不兼容，工程师给我装了另一个版本，说也是A03。但是如何去辨别呢？还有版权问题，老师说我们有g16的版权，但是没说哪一版本，那我写文章计算软件不写小版本号，直接写Gaussian16，行不行？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 00:41

jisuanhuaxuenjq 发表于 2023-10-11 00:19
麻烦问一下，这个怎么查看自己用的是A03还是C版本的。最近在超算上安装的g16-a03-AVX2版本，但是好像和海光 ...

输出文件里直接体现了

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2024-4-28 20:17

jisuanhuaxuenjq 发表于 2023-10-11 00:19
麻烦问一下，这个怎么查看自己用的是A03还是C版本的。最近在超算上安装的g16-a03-AVX2版本，但是好像和海光 ...

你的是什么版本的，他用的是什么版本的呢

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