计算化学公社

标题: 求助 GMX跑完模拟计算相互作用能的问题 [打印本页]

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-7-25 20:56
标题: 求助 GMX跑完模拟计算相互作用能的问题
请教一下各位老师，我在重复文献中非成键相互作用能计算时，自己计算的数和文献中的数相差巨大，图中是体系中各种分子的数目和相互作用能的比较，是因为体系中分子数很多导致相互作用能很大吗？如果是，要怎样处理才能得到文献中的数值，请各位老师指点一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-26 22:36
文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子，得到的是两类分子的总相互作用。看文献里模拟体系具体怎么搭建的。

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-7-27 14:18

sobereva 发表于 2019-7-26 22:36
文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子，得到的是两类分子的总相互作用。看文献里 ...

”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for MD simulations“。老师，文献中有这样一句话，我按照文献中的数目创建体系。然后创建组随机在每种组分中选择一个分子，指令： r 残基序号 & r 残基名，计算相互作用能，计算了几次单结果相差很大。是不是在创建组选择单个分子不能随机选，那这样应该按照什么样的原则选择呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-28 04:16

晓滨MD 发表于 2019-7-27 14:18
”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for ...

肯定不能随机，每个分子运动轨迹都不同，自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定，没准是对所有A和所有B之间的相互作用能除以A-B之间的对数，从而得到平均值

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-7-28 11:23

sobereva 发表于 2019-7-28 04:16
肯定不能随机，每个分子运动轨迹都不同，自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定，没准是对所有 ...

不是很明白A-B之间的对数，还请老师再给指点一下，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 07:41

晓滨MD 发表于 2019-7-28 11:23
不是很明白A-B之间的对数，还请老师再给指点一下，谢谢老师

就是A的数目乘上B的数目

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-7-29 08:06

sobereva 发表于 2019-7-29 07:41
就是A的数目乘上B的数目

谢谢老师的解答

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