计算化学公社

标题: acpype出了在线服务器 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-25 20:59
标题: acpype出了在线服务器
acpype是很常用的产生GROMACS拓扑文件的工具，下文有介绍
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

现在acpype有了在线服务器http://bio2byte.be/acpype/
免费注册后就可以提交任务，功能和acpype.py相同，对小体系迅速就能返回结果，下载的文件和自己在本机上运行产生的相同。因此以后对于小体系，没必要就为了用acpype而特意装ambertools了。

后记：这个在线服务器已经没有什么意义了，用我开发的http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GROMACS的拓扑文件极其方便快速灵活。强烈建议用sobtop代替acpype

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-7-26 09:22
喜大普奔

作者
Author: h840473807 时间: 2019-7-26 12:54
试了一下，任务最大时间10800s，超过这个时间，任务会自动终止。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-7-26 16:38
正好服务器安不上amber

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-8 22:13
本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-8 22:32 编辑

我扔了个98分子的，46min跑完了，但.gro还是初始结构，难道AM1计算只产生参数，并不提供优化结构吗？不过MD用这个也不影响对吧？
ATB是提供参数和优化的结构的，惯性思维想法……

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-9 06:45

tjuptz 发表于 2019-9-8 22:13
我扔了个98分子的，46min跑完了，但.gro还是初始结构，难道AM1计算只产生参数，并不提供优化结构吗？不过MD ...

正常方式用acpype时，acpype会令antechamber通过SQM程序做半经验下的优化，原理上应该返回来优化后的结果。可能在线服务器把这步省掉了来节约时间。反正只要提供的结构合理，做这个半经验优化也没意义

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-9 10:38
本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-9 10:54 编辑

sobereva 发表于 2019-9-9 06:45
正常方式用acpype时，acpype会令antechamber通过SQM程序做半经验下的优化，原理上应该返回来优化后的结果 ...

谢谢老师回复。我在返回的文件夹里找到一个sqm.pdb，看了下应该是优化的结构，但感觉确实意义不太大

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2020-8-18 09:48
谢谢老师分享

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