计算化学公社

标题: 关于Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14的力场参数问题 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-26 17:28
标题: 关于Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14的力场参数问题
请问有没有人用过Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14这几个力场，GROMACS里没有，谁有文件包可以分享一下吗？或者告诉我去哪里下载，十分感激

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-26 21:21
去Martini官网找相关文件
其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs里用，有其它用处类似的力场都有现成的GROMACS包。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-7-27 01:57
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-7-27 02:01 编辑

Lipid17都出了几年了就别用14了OPLS/M也出4/5年了就别用OPLS/L了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-27 04:33
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-27 17:52

sobereva 发表于 2019-7-27 04:33
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.ht ...

老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-28 04:13

shanxitaiyuan 发表于 2019-7-27 17:52
老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

查文献，里面都会给出

作者
Author: 紫丹渡津 时间: 2019-7-28 11:54
TraPPE-UA的参数在这里查：http://chem-siepmann.oit.umn.edu/siepmann/trappe/index.html

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-28 13:25

sobereva 发表于 2019-7-28 04:13
查文献，里面都会给出

TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式，我要怎么把它写成gromacs能识别的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 07:46

shanxitaiyuan 发表于 2019-7-28 13:25
TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式，我要怎么把它写成gromacs能识别的呢？

在gmx里完全可以用
根据gmx拓扑文件的基本规则写，看手册以及参考诸如GROMOS力场的拓扑文件

作者
Author: 滚滚滚拉 时间: 2019-8-12 13:10

sobereva 发表于 2019-7-26 21:21
去Martini官网找相关文件
其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs ...

sobereva老师，您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学，有机分子用的gaff力场，脂质体应该使用lipid力场吧，那怎样再gromacs调用lipid力场呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-13 07:05

滚滚滚拉发表于 2019-8-12 13:10
sobereva老师，您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学，有机分子用的gaff力场，脂质体应该 ...

没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以

作者
Author: 滚滚滚拉 时间: 2019-8-13 09:23

sobereva 发表于 2019-8-13 07:05
没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以

谢谢李老师

作者
Author: 时光无声 时间: 2020-11-7 17:32

紫丹渡津发表于 2019-7-28 11:54
TraPPE-UA的参数在这里查：http://chem-siepmann.oit.umn.edu/siepmann/trappe/index.html

前辈请问一下，trappe 官网里没有关于二环烷烃以及庚基环己烷的力场参数，我应该去哪找呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)