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标题: 求助：无机盐类在GMX中生成top文件的合适方法？ [打印本页]

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Author: tjuptz 时间: 2019-7-28 10:49
标题: 求助：无机盐类在GMX中生成top文件的合适方法？
对于碱土金属盐类，通过x2top生产GROMOS力场的top文件，模拟时报错，想来应该是这种离子键不适合用x2top。是否应该用Ca2+和CO32-的itp?请问对于这类盐类在GMX中的模拟，GLAYFF是否有适用于GMX的力场文件？

InterfaceMD对碳酸盐也无能为力吧？
Raiteri似乎对于碱土金属碳酸盐的力场做了一些工作，比如J. Phys. Chem. C2010, 114, 13, 5997-6010和J. Phys. Chem. C2015, 119, 43, 24447-24458, 但直接形式是针对LAMMPS的。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-28 16:20
这种纯粹的静电作用，就把Ca2+和碳酸根当做独立的moleculetype考虑就完了

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-7-28 17:38
本帖最后由 tjuptz 于 2019-7-28 17:47 编辑

sobereva 发表于 2019-7-28 16:20
这种纯粹的静电作用，就把Ca2+和碳酸根当做独立的moleculetype考虑就完了

谢谢社长。我现在尝试用Ca2+和碳酸根的itp来构建top文件，但MS建的模中是8个CA/8个C/24个O这个顺序来的，而ATB获得的碳酸根itp中的顺序与之不一致，请问这种情况是把itp中的顺序调整一下是最简单的方法吗？如果不会写脚本感觉修改结构文件使之与itp一致难以实现。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 07:50

tjuptz 发表于 2019-7-28 17:38
谢谢社长。我现在尝试用Ca2+和碳酸根的itp来构建top文件，但MS建的模中是8个CA/8个C/24个O这个顺序来的， ...

这种情况改itp也不容易
可以考虑用x2top

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-7-29 20:14

sobereva 发表于 2019-7-29 07:50
这种情况改itp也不容易
可以考虑用x2top

尝试在MS中导出不同格式，但无法更改结构文件原子顺序。用x2top并调整mdp中的参数可以运行了

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