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标题: 有人用过TraPPE-UA力场在Gromacs中做分子模拟吗，想要一下对应的拓扑和结构的模板 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-29 15:54
标题: 有人用过TraPPE-UA力场在Gromacs中做分子模拟吗，想要一下对应的拓扑和结构的模板
用TraPPE-UA力场在gromacs下模拟烷烃的性质，找到了力场参数，但写拓扑和结构文件时不能对应成gromacs下识别的格式，一直出错，哪位大神做过这方面的工作，可否给个模板参考一下。跪谢

还有就是TraPPE-UA力场中的单位与opls中的不一样，但是力场参数和文献中也没有介绍单位，http://chem-siepmann.oit.umn.edu/siepmann/trappe/index.html#param_content ε/ kB是要先乘玻尔兹曼常数才与opls中的一样吗？单位K与kcal /mol怎么换?还有kθ/kb的单位，不知道怎么换算，感觉对不上呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 22:26
kcal /mol除以理想气体常数就成了K
不清楚的情况你就大致对照一下俩力场都有的元素的参数的数量级，就算单位没给明确的情况也能自然而然弄清楚
如果纯粹模拟烷烃，还不如直接用gmx自带的GROMOS，这很适合模拟烷烃，直接通过ATB就能给你现成的拓扑文件。

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-30 09:12

sobereva 发表于 2019-7-29 22:26
kcal /mol除以理想气体常数就成了K
不清楚的情况你就大致对照一下俩力场都有的元素的参数的数量级，就算单 ...

可是直接下载的拓扑文件二面角的参数没有，而且跟平时的不太一样呀

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-30 09:56

shanxitaiyuan 发表于 2019-7-30 09:12
可是直接下载的拓扑文件二面角的参数没有，而且跟平时的不太一样呀

什么的拓扑文件？ATB的？不可能没有。要搞清楚gmx确定实际使用的参数的基本逻辑。

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-30 10:30

sobereva 发表于 2019-7-30 09:56
什么的拓扑文件？ATB的？不可能没有。要搞清楚gmx确定实际使用的参数的基本逻辑。

谢谢，找到了，之前看的是个gromos形式的，找错了

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-7-30 11:30
本帖最后由 shanxitaiyuan 于 2019-7-30 20:33 编辑

shanxitaiyuan 发表于 2019-7-30 10:30
谢谢，找到了，之前看的是个gromos形式的，找错了

图片为部分拓扑文件，gmx后出现 Synatax error -file c12.top,line 5 Last read : [ moleculetype ] Invalid order for directive moleculetype 的错误，是因为我没有写[ atomtypes ] 这部分内容吗？是必须要写的吗？因为下载下来没有这部分内容

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-30 21:07

shanxitaiyuan 发表于 2019-7-30 11:30
图片为部分拓扑文件，gmx后出现 Synatax error -file c12.top,line 5 Last read : [ moleculetype ] In ...

如果你不自己手动写，就得include含有这个字段的文件，否则原子LJ参数等信息根本就没有定义，模拟不可能跑

作者
Author: 时光无声 时间: 2020-11-7 17:28
你好 trappe UA力场文件在哪里找呀，可以发给我一份吗

作者
Author: 时光无声 时间: 2020-11-7 17:29

时光无声发表于 2020-11-7 17:28
你好 trappe UA力场文件在哪里找呀，可以发给我一份吗

qq:2811652025

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