计算化学公社

标题: 求助用gromacs跑完磷脂膜出现的一个问题 [打印本页]

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-31 16:11
标题: 求助用gromacs跑完磷脂膜出现的一个问题
用gromacs跑完磷脂膜的成品模拟后，生成的gro文件中水分子成了三角形，且磷脂分子的键没了。而且处理过周期性的xtc文件，水分子出现了过长的键。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-31 22:14
8成是gro文件和拓扑文件里的原子顺序不对应导致模拟乱成一锅粥

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-31 22:40

sobereva 发表于 2019-7-31 22:14
8成是gro文件和拓扑文件里的原子顺序不对应导致模拟乱成一锅粥

谢谢老师

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-7-31 22:45

sobereva 发表于 2019-7-31 22:14
8成是gro文件和拓扑文件里的原子顺序不对应导致模拟乱成一锅粥

再次请教老师您一个问题，我可以用Materials Studio读取平衡好的磷脂膜pdb文件，然后在膜上方加纳米颗粒后导出pdb文件，再用gromacs模拟吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-31 23:30

@Bruce 发表于 2019-7-31 22:45
再次请教老师您一个问题，我可以用Materials Studio读取平衡好的磷脂膜pdb文件，然后在膜上方加纳米颗粒 ...

你可以尝试，但我不常用M$，说不定折腾一圈后有些信息乱掉
你也可以自己把M$弄出来的纳米颗粒导出成结构文件，通过VMD调整到合适位置，然后拼到磷脂的结构文件里

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-8-1 08:25

sobereva 发表于 2019-7-31 23:30
你可以尝试，但我不常用M$，说不定折腾一圈后有些信息乱掉
你也可以自己把M$弄出来的纳米颗粒导出成结构 ...

好的，谢谢老师

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