计算化学公社

标题: xtb6.2已经支持周期边界条件。 [打印本页]
作者
Author: fallleave    时间: 2019-8-1 10:46
标题: xtb6.2已经支持周期边界条件。
今天刚收到的邮件，具体见：
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/versions.html
作者
Author: fallleave    时间: 2019-8-1 13:46
好像有点bug，提示出错
  1. forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
  2. Image              PC                Routine            Line        Source
  3. xtb                0000000002EC1FE4  Unknown               Unknown  Unknown
  4. xtb                00000000030A14B0  Unknown               Unknown  Unknown
  5. xtb                00000000007CC037  scc_core_mp_build         268  scc_core.f90
  6. xtb                00000000007C3333  scc_core_mp_scc_g         837  scc_core.f90
  7. xtb                0000000000BC82B5  scf_module_mp_scf         595  scf_module.f90
  8. xtb                00000000007E870E  single_mp_singlep          97  single.f90
  9. xtb                00000000004037AF  MAIN__.V                  579  program_main.f90
  10. xtb                0000000000400C2E  Unknown               Unknown  Unknown
  11. xtb                00000000030A327F  Unknown               Unknown  Unknown
  12. xtb                0000000000400B1A  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码
作者
Author: bobosiji    时间: 2019-8-1 14:01
xtb6.2可以跑分子动力学（MD）模拟不？最多可以模拟多少原子，这个跑MD需要力场不？多谢~
作者
Author: plus    时间: 2019-8-1 15:18
原子多会报越界错误
作者
Author: fallleave    时间: 2019-8-1 15:58
plus 发表于 2019-8-1 15:18
原子多会报越界错误

谢谢，请教一下。我的体系80多个原子，算多吗？但是贵金属原子60多个。
作者
Author: plus    时间: 2019-8-1 16:16
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢，请教一下。我的体系80多个原子，算多吗？但是贵金属原子60多个。

不知道啊，你测试一下，参数支持到86号原子
作者
Author: get-it    时间: 2019-8-1 18:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示：
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 22:03
get-it 发表于 2019-8-1 18:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示：
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

没有
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 22:04
bobosiji 发表于 2019-8-1 14:01
xtb6.2可以跑分子动力学（MD）模拟不？最多可以模拟多少原子，这个跑MD需要力场不？多谢~

跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 22:04
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢，请教一下。我的体系80多个原子，算多吗？但是贵金属原子60多个。

不多
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 22:06
这个xtb 6.2版本的几何优化有一定bug，比如6.1能顺利优化收敛的Li团簇，在6.2有极大概率优化失败（梯度模变得异常的大）
因此使用molclus结合xtb做团簇搜索的人不建议用当前的6.2版，而建议用6.1
作者
Author: Novice    时间: 2019-8-1 22:33
sobereva 发表于 2019-8-1 22:03
没有

没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 22:36
Novice 发表于 2019-8-1 22:33
没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢？

当前这个xtb 6.2在我来看就是不完整的（其实标题上也写的是6.2(RC)而不是6.2），不知道是grimme有意为之还是失误
作者
Author: bobosiji    时间: 2019-8-1 23:04
本帖最后由 bobosiji 于 2019-8-1 23:06 编辑
sobereva 发表于 2019-8-1 22:04
跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知

多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI（AB-initio）MD，可极化力场的MD，Reactive-MD，Classical-MD比，计算量相当于哪个水平呢？进一步的，xtb的计算精度相当于哪个水平呢？然后，xtb跑MD像可极化力场的MD啥的需要先有一套力场么；还是像 AI（AB-initio）MD那样不需要力场，设好基函数、截止半径就可以跑了？多谢提点~
作者
Author: sobereva    时间: 2019-8-1 23:21
bobosiji 发表于 2019-8-1 23:04
多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI（AB-initio）MD，可极化力场的MD，Reactive-MD，C ...

AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况，基于半经验、GFN-xTB、DFTB等做动力学都可以算。

GFN-xTB耗时比一般的反应力场的动力学还是要高得多。但GFN0-xTB已经算是量子化学方法里耗时最接近于反应力场的了，有望在一定程度上代替它的应用范畴。

GFN1/2-xTB的精度高于多数反应力场，除非某个反应力场对于某类具体体系做了特别充分的参数化的那种情况。

xtb是基于量子理论的，显然根本不牵扯力场这个概念。只要体系里的元素是它支持的范围内，提供个初始结构直接就可以跑，不需要任何事先准备。
作者
Author: 一颗赛艇    时间: 2019-8-2 03:22
厉害了……估计反应力场快要凉了吧
作者
Author: agent99    时间: 2019-8-2 03:48
get-it 发表于 2019-8-1 04:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示：
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

我也遇到了同样的问题，但我看文件包里有个.param_gfn.xtb，不知道是不是他们把文件名写错了
作者
Author: plus    时间: 2019-8-2 08:57
老版本里面有。放在程序目录下
(, 下载次数 Times of downloads: 38)


作者
Author: fallleave    时间: 2019-8-3 10:13
plus 发表于 2019-8-2 08:57
老版本里面有。放在程序目录下

是的，6.1版本里面的拷贝过来就行了。
作者
Author: pyscf    时间: 2019-8-3 11:17
dftb+早资瓷了
作者
Author: granvia    时间: 2019-8-3 11:43
pyscf 发表于 2019-8-3 11:17
dftb+早资瓷了

dftb+的参数支持元素和体系非常有限，而且准确度堪忧
作者
Author: houhou    时间: 2019-8-4 16:42
pyscf 发表于 2019-8-3 11:17
dftb+早资瓷了

实际用一下你就知道xtb强大之处和DFTB+有多局限了
作者
Author: zsu007    时间: 2019-8-4 17:54
好东东，谢谢分享！
作者
Author: tjuptz    时间: 2020-2-26 11:45
sobereva 发表于 2019-8-1 23:21
AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况，基于半经 ...

请问老师xtb的 pbc能和md结合起来用吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2020-2-26 19:51
tjuptz 发表于 2020-2-26 11:45
请问老师xtb的 pbc能和md结合起来用吗？

没仔细看
反正CP2K里的GFN-xTB是可以
作者
Author: tjuptz    时间: 2020-2-27 20:24
sobereva 发表于 2020-2-26 19:51
没仔细看
反正CP2K里的GFN-xTB是可以

谢谢老师，我在别的帖子里看到了，可以用ASE接口xtb做
作者
Author: SAI    时间: 2020-4-28 09:46
sobereva 发表于 2019-8-1 23:21
AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况，基于半经 ...

sob老师，在看了Grimme的J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 5, 2847-2862文章中，提到了nanoreactor。是不是可以像ReaxFF一样对多种组分在设定温度下进行模拟，以MD的方式来考察thermal decomposition？这部分是不是需要使用周期性边界条件？
作者
Author: sobereva    时间: 2020-4-29 02:52
SAI 发表于 2020-4-28 09:46
sob老师，在看了Grimme的J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 5, 2847-2862文章中，提到了nanoreactor。是 ...

我不知道你说的ReaxFF在当前语境下是指某个程序还是那个力场

单分子在真空中的热分解直接跑MD就行了，非常简单，不用PBC。如果是在凝聚相下模拟不稳定的分子的分解要么用PBC，要么施加球型限制势束缚着让溶剂分子不会跑走，xtb直接就支持。
作者
Author: SAI    时间: 2020-6-1 22:16
sobereva 发表于 2020-4-29 02:52
我不知道你说的ReaxFF在当前语境下是指某个程序还是那个力场

单分子在真空中的热分解直接跑MD就行了， ...

sob老师，我指的是那个力场。在上面说的那篇JCTC中，4.2.4节提到了Miller-Urey System的模拟，这里实现的效果是不是比较接近反应力场呢？这种体系是否就是用PBC就可以了，没必要用球型限制势？这样的体系该怎么建模呢
作者
Author: sobereva    时间: 2020-6-10 13:02
SAI 发表于 2020-6-1 22:16
sob老师，我指的是那个力场。在上面说的那篇JCTC中，4.2.4节提到了Miller-Urey System的模拟，这里实现的 ...

用球型势比用PBC省事多了



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