计算化学公社

标题: VMD+POV-RAY实现背景透明输出 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2019-8-2 10:26
标题: VMD+POV-RAY实现背景透明输出
本帖最后由 exity 于 2020-1-18 19:49 编辑

更新：2020年1月14日
用pov渲染的时候发现+A开启的“抗锯齿”不是那么的“抗锯齿”，查了一下pov-ray的文档，关于抗锯齿描述如下：

3.2.8.7
Anti-Aliasing Options

Antialias=bool	Turns anti-aliasing on/off
+A	Turns aa on with threshold 0.3 or previous amount
-A	Turns anti-aliasing off
Sampling_Method=n	Sets aa-sampling method (only 1 or 2 arevalid)
+AMn	Same as Sampling_Method=n
Antialias_Threshold=n.n	Sets anti-aliasing threshold
+An.n	Sets aa on with aa-threshold at n.n
-An.n	Sets aa off (aa-threshold n.n in future)
Jitter=bool	Sets aa-jitter on/off
+J	Sets aa-jitter on with 1.0 or previous amount
-J	Sets aa-jitter off
Jitter_Amount=n.n	Sets aa-jitter amount to n.n. If n.n <= 0 aa-jitter is set off
+Jn.n	Sets aa-jitter on; jitter amount to n.n. If n.n <= 0 aa-jitter isset off
-Jn.n	Sets aa-jitter off (jitter amount n.n in future)
Antialias_Depth=n	Sets aa-depth (1 <= n <= 9)
+Rn	Same as Antialias_Depth=n
Antialias_Gamma=n.n	Sets the anti-aliasing gamma to n.n
+AGn.n	Same as Antialias_Gamma=n.n

这样的话，就能根据自己的需要来随意调整啦，试了一下下面的参数，8核笔记本炸了....

pvengine64 vmdscene.pov +UA +AM2 +A0.1 +R9 +W7920 +H7230

这样的条件下，需要渲染的像素点达到了5千万个（see below），if I count right! Emm.....

(, 下载次数 Times of downloads: 108)

===以上为更新内容===========================================================

每次用PS抠图有点不方便，有时候高光点在原子边缘的话还会不小心被直接删除。
研究了一下，发现使用pov-ray可以实现透明背景输出，暂时只测了等值面图，应该是没什么问题的。
安装pov-ray：路径为C:\Program Files\POV-Ray\v3.7\bin，将此路径加入环境变量

安装VMD，绘制好的你的分子图形后，File-render, 在弹出的File render control窗口里，选择POV-Ray 3.6，File name保持默认，Render command一栏清空后填入

pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000

其中+UA是开启透明背景，+A是开启抗锯齿，W和H代表宽和高分辨率，单位是像素，可以自行定义
点击Start rendering。

VMD文件夹中会出现背景透明的vmdscene.png文件。

如果觉得每次输入参数很麻烦，也可以

新建一个bat文件，输入一样的内容

pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000

Render command一栏清空不填入任何内容，等到vmdscene.pov文件出现后，双击运行bat即可，效果是一样的。
(, 下载次数 Times of downloads: 107)

作者
Author: lonemen 时间: 2019-8-2 11:45
脑哥厉害！

作者
Author: ene 时间: 2019-8-4 15:45
povray效果确实不错，这里稍微补充两个事
1. 在linux下，应该把渲染命令中的pvengine64替换为povray，例如povray vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000。
2. 关于linux下povray的安装，debian系列的发行版可以直接使用命令sudo apt-get install povray安装，版本是3.7（至少在debian 9.8上是这个）。如果其他发行版的源里找不到，可以下载手动安装：http://www.povray.org/redirect/w ... ux/povlinux-3.6.tgz
3. 使用povray渲染时，个人认为比较合适的材质是Edgy
最后放个图片看看效果

(, 下载次数 Times of downloads: 109)

作者
Author: yuclark 时间: 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后成了白色（红线已标出）如图所示：

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-5 01:57

yuclark 发表于 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后 ...

等值面着色效果是没法靠渲染器渲染得到的，必须直接screenshot

作者
Author: exity 时间: 2019-8-5 08:48

yuclark 发表于 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后 ...

我觉得是不是能分两次渲染，PS里把等值面颜色拉到自己想要的值再合并！

作者
Author: exity 时间: 2019-8-5 08:57

yuclark 发表于 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后 ...

Cub能否发我一下看看
akong@163.com

作者
Author: yuclark 时间: 2019-8-5 09:02

sobereva 发表于 2019-8-5 01:57
等值面着色效果是没法靠渲染器渲染得到的，必须直接screenshot

好的，多谢老师！

作者
Author: yuclark 时间: 2019-8-5 09:13

exity 发表于 2019-8-5 08:57
Cub能否发我一下看看

已发送邮件，请查收！

作者
Author: 409407227 时间: 2019-8-6 08:07
厉害了，学习了

作者
Author: 装着智慧的花瓶 时间: 2019-8-24 13:07
老师您好，请问povray 怎么可以提高图片的分辨率，就是图片的清楚程度？

作者
Author: exity 时间: 2019-8-24 22:49

装着智慧的花瓶发表于 2019-8-24 13:07
老师您好，请问povray 怎么可以提高图片的分辨率，就是图片的清楚程度？

细读帖子！

作者
Author: boke1992 时间: 2020-2-25 19:21
我按照楼主的设置之后，为什么还是有背景色呢？

作者
Author: exity 时间: 2020-2-25 21:15

boke1992 发表于 2020-2-25 19:21
我按照楼主的设置之后，为什么还是有背景色呢？

没有遇见过，可以把Display-Depth cueing关闭后看看，或者把你的文件上传。
话说你这个批处理不太对吧，如果你是windows系统，windows系统下pov的可执行文件是pvengine64，而不是pov。

作者
Author: get-it 时间: 2020-7-16 17:14
补充一下，在povray图形界面中，修改ini文件也能实现相同的效果，如：
Width=5760
Height=3171
Antialias=On
Antialias_Threshold=0.3
+ua

作者
Author: 情随风去 时间: 2020-8-10 21:33

boke1992 发表于 2020-2-25 19:21
我按照楼主的设置之后，为什么还是有背景色呢？

我也遇到了这个问题，并且改变分辨率之后渲染出的图片分辨率没有变化，还是很低，请问你有解决办法了吗？

作者
Author: 黄宇新 时间: 2021-10-24 00:30
本帖最后由黄宇新于 2021-10-24 00:42 编辑

太牛了！

作者
Author: zhangzb 时间: 2021-11-6 17:27
按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸，分子变形了；2.感觉渲染出来的效果没有Tachyon好看。

作者
Author: exity 时间: 2021-11-6 20:18

zhangzb 发表于 2021-11-6 17:27
按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸， ...

可以用文本编辑器打开dat文件，查看原始分辨率比例，然后按这个比例扩大就行了。

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2021-12-10 15:32
这样输出的透明背景图似乎被横向拉伸了，看起来有些失真，请问有没有好的解决办法

作者
Author: exity 时间: 2021-12-10 17:18

QuantumicGuy 发表于 2021-12-10 15:32
这样输出的透明背景图似乎被横向拉伸了，看起来有些失真，请问有没有好的解决办法

如果只是输出分子结构等信息可以直接使用CHIMERAX输出透明背景

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-20 17:04
请问各位，应该如何实现批量处理呀我在win下总是要弹出渲染框，自己手动关闭之后才会渲染下一个

作者
Author: Shuang-Jie 时间: 2023-6-27 20:21
我的也是，拉伸失真了

作者
Author: 熊琳 时间: 2024-2-28 14:31

yuclark 发表于 2019-8-4 19:08
请问一下，window下我按照pvengine64 vmdscene.pov +UA +A +W3000 +H2000命令操作，等值面原本绿色的渲染后 ...

你好，我刚刚也遇到这样的问题。试一下这个方法：选择Graphical Representations中的Isosurface条目，Coloring Method从Volume换成ColorID，选择比如green这个颜色，再导出.POV文件进行渲染。

作者
Author: 熊琳 时间: 2024-2-28 14:34

zhangzb 发表于 2021-11-6 17:27
按照步骤用POV-Ray渲染分子轨道的等值面图，背景是透明了，但是也有问题：1.感觉分子在一个方向上被拉伸， ...

试试把VMD结构窗口全屏，结构调整到合适大小，再导出.pov文件进行渲染

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)