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标题: 请教如何设置E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2和 I5-9600K +RTX2060 [打印本页]

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-3 13:59
标题: 请教如何设置E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2和 I5-9600K +RTX2060
请教一下大家，跑gromacs2019.03，参考了社长的硬件配置推荐，配置了两台电脑，分别是XEON E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2 （-nt 24 -pin on），64G内存，和 I5-9600K +RTX2060(-nt 6 -pin on)，16G内存；两者均是固态硬盘。系统是centos7.6的X64，都按照社长的帖子来安装，并设置用了GPU加速，测试同一个小的任务（160多个氨基酸片段的蛋白和2万多个水分子，），前者需要时间是7h30min，后者需要时间是8h30min，是哪里没设置对？貌似前者性价比很低啊。哪位大神能解疑一下呢？
在群里问了几次了，是不是问题太过于泛泛还是太简单了，没有大神愿意回答，因此论坛发帖子请教一下大家有什么好的建议没？第一次发帖子，如果有什么不对，请多多包涵！

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Author: 倪宇晴 时间: 2019-8-3 14:27
本帖最后由倪宇晴于 2019-8-3 14:31 编辑

少给几个核心试试，我的1070Ti就是18核性能到70%，36核才60%左右。

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Author: fhh2626 时间: 2019-8-3 16:47
最好不要用两块GPU跑一个作业，这样会在数据传输上损失一部分性能，同样的道理CPU核心也不要给太多

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-3 16:59

倪宇晴发表于 2019-8-3 14:27
少给几个核心试试，我的1070Ti就是18核性能到70%，36核才60%左右。

非常谢谢建议！我试试，一般给多少核心好一些呢？

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-3 17:00

fhh2626 发表于 2019-8-3 16:47
最好不要用两块GPU跑一个作业，这样会在数据传输上损失一部分性能，同样的道理CPU核心也不要给太多

的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢，那么实际应用过程，能否实现，可以怎么设定同时跑两个任务，每个任务分别指定其中的一个GPU呢？

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Author: bobosiji 时间: 2019-8-3 18:26

qinzhong605 发表于 2019-8-3 17:00
的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢，那么实际应用过程，能否实现，可以怎么设定同时跑两个任务，每个任 ...

看mdrun的help文档 -gpu_id ?

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Author: ggdh 时间: 2019-8-3 22:54
就是这样的过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-3 23:08

ggdh 发表于 2019-8-3 22:54
就是这样的过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

期待，我现在把一张2080拆下来装到另外的机子上去了，不然挂在目前的机子纯粹浪费！一张卡跑得比两张卡还快得多！

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Author: biogon 时间: 2019-8-3 23:31
2080的机器只用单卡看看，也有可能是并行效率的问题

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-3 23:44

biogon 发表于 2019-8-3 23:31
2080的机器只用单卡看看，也有可能是并行效率的问题

试了，单卡效率能到80%以上，双卡的话，每个卡都不到40%，所以已经拆卡装到别的机子了。

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Author: biogon 时间: 2019-8-3 23:45

qinzhong605 发表于 2019-8-3 23:44
试了，单卡效率能到80%以上，双卡的话，每个卡都不到40%，所以已经拆卡装到别的机子了。

那就是并行效率不行，可以两个卡装一个机器分别跑不同任务

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Author: 搞理论的 时间: 2019-8-4 04:06
楼主，你第一台用GPU跑的同时，CPU也可以跑任务吗？GPU和CPU同时跑的话，会不会互相影响速度？

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-4 11:56

搞理论的发表于 2019-8-4 04:06
楼主，你第一台用GPU跑的同时，CPU也可以跑任务吗？GPU和CPU同时跑的话，会不会互相影响速度？

有一定影响，可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里，散热需要好好考虑！

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Author: 搞理论的 时间: 2019-8-4 14:48

qinzhong605 发表于 2019-8-4 11:56
有一定影响，可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里，散 ...

我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑，或许速度有所增加，但是如果原有cpu完全被废掉了，那性价比就打了折扣了，毕竟cpu也不便宜

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Author: biogon 时间: 2019-8-4 23:59

搞理论的发表于 2019-8-4 14:48
我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑，或许速度有所增加，但是如果原有cpu完全被废掉了，那性价比就打了 ...

纯GPU运行的程序不需要很好的CPU的

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Author: sobereva 时间: 2019-8-5 02:05
GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html

这个帖子提到的文章里作者在网站上给出了他们测试用的tpr文件，你可以尝试跑一下和他们的结果进行对照，尝试弄清楚是否哪里有严重问题

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Author: qinzhong605 时间: 2019-8-5 10:40

sobereva 发表于 2019-8-5 02:05
GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html

谢谢社长，我研究一下。

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Author: abdoman 时间: 2019-8-5 14:34
在gpu加速的时候，注意P2P通讯，以及CPU的管理。最好是不跨CPU，不跨GPU
https://zhuanlan.zhihu.com/p/21908564

作者
Author: 搞理论的 时间: 2019-8-7 03:09

abdoman 发表于 2019-8-5 14:34
在gpu加速的时候，注意P2P通讯，以及CPU的管理。最好是不跨CPU，不跨GPU
https://zhuanlan.zhihu.com/p/21 ...

怎么才能做到不夸CPU且不跨GPU呢？

作者
Author: abdoman 时间: 2019-8-7 08:53
先了解自己服务器的拓扑结构，链接里面有命令
然后在计算的时候，请求GPU的时候，你就知道该选择哪个GPU了。
amber 里面可以指定GPU （ CUDA_VISIBLE_DEVICES=xxx），gromacs我不知道是什么。

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Author: bobosiji 时间: 2019-8-24 22:42
前者需要时间是7h30min，后者需要时间是8h30min : 跑了多少ns？体系一共多少原子？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)