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标题: 使用GROMACS进行协方差分析的时候报错？ [打印本页]

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2019-8-4 21:52
标题: 使用GROMACS进行协方差分析的时候报错？
各位老师好！

我通过GROMACS跑完动力学进行协方差分析的时候，会出现如图所示的错误。在计算稍微小一些的体系时可以成功得到eigenvec.trr文件。但是稍大的体系便会出现此类问题。
使用命令如下：gmx covar -f prod.xtc -s prod.gro -n index.ndx

我也上网看了一下“Segmentation fault (core dumped)”的报错原因是什么，但是还是并不太能理解。而且这种报错在当前目录并没有生成log文件告诉我哪里错误，所以个人感觉和平时常见的输入错误好像不太一样？

故想请教一下各位平时有没有遇到过类似问题，应当如何解决？

谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-5 01:48
Segmentation fault (core dumped)可能原因很多，诸如程序bug、输入文件有问题或不合要求、用的选项参数不合理、内存溢出等等。需要反复对比尝试弄清楚。
如果确认自己的文件和用法都没问题，换个版本再试，或者尝试我提供好的预编译版本：
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.htm

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2019-8-5 22:15

sobereva 发表于 2019-8-5 01:48
Segmentation fault (core dumped)可能原因很多，诸如程序bug、输入文件有问题或不合要求、用的选项参数不 ...

嗯嗯好的！我用的就是您链接文章里面的方法编译的2018.4版本。之前2016.4更加离谱儿，2018能算的2016算了最后显示nan，2018不能算的2016更别指望。我算了不同体系，小体系可以，大体系不行。输入文件除了体系大小其他参数完全一样，这样看来，可能就是内存问题吧。

谢谢您！

作者
Author: beyond 时间: 2019-8-6 03:14

FMGwenyanhoon 发表于 2019-8-5 22:15
嗯嗯好的！我用的就是您链接文章里面的方法编译的2018.4版本。之前2016.4更加离谱儿，2018能算的2016算了 ...

估计是内存问题, 在选择group做分析的时候, 不要选择体系的所有原子, 而是选择有代表性的, 比如主链原子,
要不就换台内存大的机子

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