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标题: amber计算时步长设置引起的报错 [打印本页]

作者
Author: 18217265596 时间: 2019-8-5 12:23
标题: amber计算时步长设置引起的报错
这是我的输入文件：Production
&cntrl
  imin=0,
  ntx=5,
  irest=1,
  nstlim=30000,
  dt=0.002,
  ntf=2,
  ntc=2,
  temp0=300.0,
  ntpr=100,
  ntwx=100,
  cut=8.0,
  ntb=2,
  ntp=1,
  ntt=3,
  gamma_ln=2.0,
  ig=-1,
/
当步长超过0.01时会报错：

   Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished,
   deviation is too large
   NITER, NIT, LL, I and J are :    0    0    2    5    6

   Note: This is usually a symptom of some deeper
   problem with the energetics of the system.
但在步长更小时无这个问题
另外当步长超过1时会有另一个报错
TAUP ( 1.00) < DT (step size)
但我想做一个长时间（几ms）的模拟，（我是萌新，我不确定这样做是否科学，但我之前的模拟时长不足以让我的体系跑到平衡）
请问是否有办法解决这两个类型的报错，或者任何能让我进行长时间模拟但同时步数较少的方法？
谢谢老师

作者
Author: abdoman 时间: 2019-8-5 14:01
你平衡那步跑了多久（应该是NVT里面吧？）正常不？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-6 04:24
一般来说，直接用2fs不行的情况，如果1fs能跑，只要跑一阵子来让体系基本平衡且发现轨迹合理，再改成2fs继续跑，都能正常跑

作者
Author: agent99 时间: 2019-8-6 05:31

当步长超过0.01时会报错：

   Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished,
   deviation is too large
   NITER, NIT, LL, I and J are :    0    0    2    5    6

0.01可是10 fs啊，显然太长了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-6 08:01
倘若真要10fs，不用粗粒化是不可能的

作者
Author: 18217265596 时间: 2019-8-6 11:07
谢谢各位解答，我慢慢吸收一下

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