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标题: 关于在amber中进行QM/MM计算氢键方法的选择 [打印本页]

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-8-6 23:32
标题: 关于在amber中进行QM/MM计算氢键方法的选择
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-8-6 23:36 编辑

我想算一个生物大分子内氢键的键能，这个氢键的成键方式比较诡异，具体体现在D-H的键长被拉长了，以及H...A的距离很短，并且我们认为有一定共价性。所以在MM的情况下不稳定，我想用amber的QM/MM来用QM对关键区域进行描述，然后剩下的区域用MM描述，然后使用伞状采样描述键能。
如果不用外部软件的话，amber支持QM方法有AM1, RM1, MNDO, PM3-PDDG, MNDO-PDDG, PM3-CARB1, MNDO/d (same as MNDOD), AM1/d (same as AM1D), PM6, DFTB2 (same as DFTB), and DFTB3.
个人感觉这之中可以用的只有PM6和DFTB3了。
照理说DFTB3应该比PM6好，但在amber里PM6有氢键和色散矫正，DFTB3却没有氢键矫正。
所以我想问一下，这种情况下选哪种方式比较好？

顺便想问一下这种情况下请问推荐用PM6（氢键、色散矫正）还是不带氢键矫正的DFTB3？
谢谢顺便为啥不能搜索amber？我在搜索框里打amber会显示[size=14.6667px]您当前的访问请求当中含有非法字符，已经被系统拒绝

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-7 01:30
DFTB3绝对不代表比PM6好
直接用带氢键和色散校正的PM6就行了

用论坛自带的搜索框以及首页的google搜索框搜索amber我都没发现问题。换个时段或者换个浏览器你再试试。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-8-7 02:38

sobereva 发表于 2019-8-7 01:30
DFTB3绝对不代表比PM6好
直接用带氢键和色散校正的PM6就行了

谢谢 sob老师现在好像搜索amber没有任何问题了

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