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标题: 如何利用原始数据计算密度，能量，等信息 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-8-7 16:19
标题: 如何利用原始数据计算密度，能量，等信息
使用gromacs模拟可直接得到密度能量的信息，但现在想用原始数据计算得到，将二者进行对比，想请教一下如何计算密度

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-8 04:45
有了各种元素的原子数、原子质量，自然就知道盒子里所有原子的总质量，除以盒子体积就知道质量密度了

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-8-8 08:59

sobereva 发表于 2019-8-8 04:45
有了各种元素的原子数、原子质量，自然就知道盒子里所有原子的总质量，除以盒子体积就知道质量密度了

如果想要计算每一个特定区域的密度，我如何得到该区域的原子数量和种类呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-9 03:45

shanxitaiyuan 发表于 2019-8-8 08:59
如果想要计算每一个特定区域的密度，我如何得到该区域的原子数量和种类呢？

用VMD的atomselect选择语句选中特定几何区域，假设返回的对象是atomselect0，然后用measure sumweights atomselect0 weight mass直接就得到这部分的质量了

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-8-9 09:08

sobereva 发表于 2019-8-9 03:45
用VMD的atomselect选择语句选中特定几何区域，假设返回的对象是atomselect0，然后用measure sumweights a ...

sob老师，我没用VMD命令操作过，atomselect 的命令有点没看明白，您可以举个具体例子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-10 08:23

shanxitaiyuan 发表于 2019-8-9 09:08
sob老师，我没用VMD命令操作过，atomselect 的命令有点没看明白，您可以举个具体例子吗？

比如atomselect top "x>5 and x<10"即选中5<x<10区域的所有原子，屏幕上出现的信息就是返回的对象名

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