计算化学公社

标题: 蛋白质二聚体的结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: severus 时间: 2019-8-9 00:13
标题: 蛋白质二聚体的结构优化问题
(, 下载次数 Times of downloads: 32) 想要用不同水平的方法分别算一下如图这个分子的二聚体的紫外光谱，目前手上有他的x射线衍射得到的结构文件，第一步进行结构优化的时候先尝试了b3lyp/6-31+G(d)进行优化，结果没有收敛。想问一下各位老师x射线衍射得到的结构可以固定重原子进行优化吗，另外不收敛是否是泛函不合适呢，有没有其他的泛函可以推荐一下，多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-9 03:19
优化能否收敛是纯数值层面的问题，和泛函没有必然关系（虽然对于某些情况有一定关系）

二聚体计算涉及显著的弱相互作用，用B3LYP会被批得很惨，仔细看下文了解弱相互作用计算常识，否则完全是白算
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

如果你想研究的是孤立状态下的二聚体的紫外光谱，用晶体结构是没意义的。较严格做法是通过分子动力学程序做周期性退火，得到一批对应0K下的构型，然后用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）调用量化程序依次进行优化、筛选，找能量最低的二聚体结构再算紫外光谱。如果不要求那么严格，做动力学这一步可以改成用genmer产生二聚体初始结构，参看http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: severus 时间: 2019-8-9 03:28

sobereva 发表于 2019-8-9 03:19
优化能否收敛是纯数值层面的问题，和泛函没有必然关系（虽然对于某些情况有一定关系）

二聚体计算涉及显 ...

谢谢sob老师，目前是打算先算真空中的紫外光谱然后再加溶剂上去，看了一下文章换成B3LYP+D3(BJ)/6-311G是否合理呢。另外目前手上只有实验组给的晶体结构数据，用这个结构不固定重原子去做全局优化可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-9 04:14

severus 发表于 2019-8-9 03:28
谢谢sob老师，目前是打算先算真空中的紫外光谱然后再加溶剂上去，看了一下文章换成B3LYP+D3(BJ)/6-311G是 ...

不加极化算出来的结果没有实际价值，发表就更别想了，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

第二个问题前面我已经说了

作者
Author: csu-77 时间: 2023-12-8 21:03
借楼请教老师们两个问题，先行感谢~~
（1）第一张图是一个萃取剂的二聚体形式，需要计算二聚体在气相下解离成两个单体的吉布斯自由能变化{2Gg(HA) - Gg([HA]2)}，采用的计算方法是# opt freq B3LYP/6-311G* em=gd3bj，电荷和自旋多重度为0 1，但是一直和实际值有些差别，不知编制的计算任务是否有误，还望老师们指点一二；

（2）第二张图是一个金属萃合物的结构，需要计算阴离子结构与二价金属离子形成配合物过程中的吉布斯自由能变化（Gg(MA2) - Gg(M2+) - 2Gg(A-)），计算萃合物时的计算任务为# opt freq BP86/6-311G* em=gd3bj，由于萃合物时是中性，金属离子为二价Co离子，电荷和自旋多重度为0 4。因为初始结构包含了两个阴离子结构和一个阳离子，在编制计算任务时是否有需要额外考虑的点，因为此数据也不对应实际结果。

优化后均计算了高精度单点，并在Shermo中进行了处理，实际计算时也考虑了溶剂化效应。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-9 06:24

csu-77 发表于 2023-12-8 21:03
借楼请教老师们两个问题，先行感谢~~
（1）第一张图是一个萃取剂的二聚体形式，需要计算二聚体在气相下解 ...

别借楼提问，严重扰乱论坛讨论秩序！

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