计算化学公社

标题: 最近JCTC关键词：Embedded，Green Function，QMMM [打印本页]

作者
Author: coolrainbow 时间: 2019-8-9 02:40
标题: 最近JCTC关键词：Embedded，Green Function，QMMM
今天看了下JCTC，发现所谓embedded方法的文章明显增多，但是都是理论层面的，应用的体系都是玩具级别的，而且使用起来复杂无比。远远还没法像DFT那样，可以轻易的用在100多个原子的过渡态搜索和反应研究上。

Green Function的文章最近很多，不过这个方法很尴尬。在分子上，其实GF2还没有MP2的理论级别高，而如果用GF3之类的话，还不如干脆用更精确的CC类方法。现在看来它也就在计算激发态上能做些文章。

这些“酷炫”方法的前途恐怕还很难说。就像前些年忽然兴起了门新语言叫Julia，号称结合了Fortran,C++的性能和Python的易用，17年还得到了投资。不过感觉这些年也没翻出什么太大的水花来。

目前看感觉在可见的未来靠谱的，只有最近发的一些关于QMMM的方法，可以为非理论工作者使用，不过他们一定得把方法的Manual和教程写好才行。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-9 03:28
还是Grimme搞出来的东西实在。我不太喜欢JCTC上一大堆假大空的东西

对Julia短暂了解了一下，被一些人吹得神乎其神。后来一看测试https://modelingguru.nasa.gov/docs/DOC-2676完全没兴趣了

QMMM这一块，在我来看一个完整、详细的教程起到的意义，比起几十篇QMMM文章的价值都大得多

作者
Author: agent99 时间: 2019-8-9 03:51
embedding方法现在确实五花八门，前几年在ACR还出过一个special issue，但最大的问题就是不好用甚至根本没法用...我记得社长也说过这事

作者
Author: coolrainbow 时间: 2019-8-9 04:48

agent99 发表于 2019-8-9 03:51
embedding方法现在确实五花八门，前几年在ACR还出过一个special issue，但最大的问题就是不好用甚至根本没 ...

化学问题涉及到体系变化，比如A--》B，此时两者的成键模式都不同，两者的embedde方法都不一样，此时得到的性质就几乎无可比性

作者
Author: coolrainbow 时间: 2019-8-9 05:00

sobereva 发表于 2019-8-9 03:28
还是Grimme搞出来的东西实在。我不太喜欢JCTC上一大堆假大空的东西

对Julia短暂了解了一下，被一些人吹 ...

好多QMMM的使用其实很脏(dirty)，属于“怎么跟实验对的上就怎么算”，没什么公认的原则。所以作者心里也虚的很

作者
Author: pyscf 时间: 2019-8-9 05:28
embedding：molpro了解一下 + 10.1002/jcc.25162

作者
Author: pyscf 时间: 2019-8-9 05:31

sobereva 发表于 2019-8-9 03:28
还是Grimme搞出来的东西实在。我不太喜欢JCTC上一大堆假大空的东西

对Julia短暂了解了一下，被一些人吹 ...

新理论的诞生到实际可用程序的发布需要时间啊
grimme这几年搞的东西也都是建立在前人基础上做的（dftb metaD...

QMMM的那些套路公开了别人还拿啥发文章....

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-9 06:21

pyscf 发表于 2019-8-9 05:31
新理论的诞生到实际可用程序的发布需要时间啊
grimme这几年搞的东西也都是建立在前人基础上做的（dftb ...

问题是有些东西明摆着就没实用前景，或者根本就没有朝着最终能让大家靠这个方法解决实际问题的方向努力。有不少人是纯想着自己发文章，文章发出去了目的就算达到了。

Grimme的很多东西也并没有参考太多前人的东西，比如gCP、sTDA。可能Grimme一下子、一两篇文章就能搞成熟、立刻实用化的东西，让别的一些研究者去搞，翻来覆去发一堆看似高档次paper磨蹭个10年最终还没什么实效、不解决什么问题，或者仍然很难用。像DFTB就是，老早就有了，在分子领域方面一直也没什么太大建树，相关文章却来来回回没少发，而Grimme花个两三年整个GFN-xTB就已经把DFTB差不多干掉了。要是没有GFN-xTB，等DFTB类理论在分子体系量化计算上流行起来还不知道得到猴年马月。

公开计算套路，对于自己未来的学术利益是吃亏的，但科研工作者的最终目的应当是推动整个人类的发展，现在很多（甚至大多数）人学术心态扭曲得太厉害，尽管这在目前的考核机制下也属于无奈。

作者
Author: agent99 时间: 2019-8-10 02:25

coolrainbow 发表于 2019-8-8 14:48
化学问题涉及到体系变化，比如A--》B，此时两者的成键模式都不同，两者的embedde方法都不一样，此时得到 ...

是啊，要研究反应还是得老老实实用qm/mm，embedding方法在化学里的应用我看到的有光谱、nmr还有drug docking，都是不涉及化学反应的

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Author: pyscf 时间: 2019-8-10 03:12
本帖最后由 pyscf 于 2019-8-10 06:37 编辑

agent99 发表于 2019-8-10 02:25
是啊，要研究反应还是得老老实实用qm/mm，embedding方法在化学里的应用我看到的有光谱、nmr还有drug dock ...

你要仔细看文献的话反应测试还是有的...10.1063/1.5109882

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