计算化学公社

标题: ORCA 4.2.0 Released! [打印本页]

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1130240115    时间: 2019-8-9 21:37
标题: ORCA 4.2.0 Released!
本帖最后由 1130240115 于 2019-8-9 21:47 编辑

今天刚收到邮件,ORCA 4.2.0正式发布:

到官方论坛看了一下:

New ORCA Release: ORCA 4.2.0




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ChrisZheng    时间: 2019-8-9 21:45
本帖最后由 ChrisZheng 于 2021-11-2 17:56 编辑

bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html
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alwens    时间: 2019-8-9 21:56
ChrisZheng 发表于 2019-8-9 21:45
链接: https://pan.baidu.com/s/1XoIPIHVcICauBCPVca0VLQ
提取码: ghnb

这么快的速度
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biogon    时间: 2019-8-9 22:36
又是一堆新特性,高斯一比更新速度相形见绌
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alwens    时间: 2019-8-9 22:47
biogon 发表于 2019-8-9 22:36
又是一堆新特性,高斯一比更新速度相形见绌

特性太多也麻烦,不怎么用上个版本还没用完

最好计算磷光的搞下,就统一 abinitio了
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yygong    时间: 2019-8-9 22:57
本帖最后由 yygong 于 2019-8-9 23:44 编辑

可以预测辐射速率,爽!
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Novice    时间: 2019-8-9 23:06
666,不过官网下载速度也很快啊.
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coolrainbow    时间: 2019-8-9 23:08
Frank Neese 现在51,按照67岁退休的话,Orca还有16年的活跃开发期。如果ORCA不商业化的话,基本上他一退休也就不会再更新了。
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captain    时间: 2019-8-9 23:54
9.3.3.1 Semi-empirical tight-binding methods: Grimme's GFN-xTB and GFN2-xTB

ORCA is interfaced to the XTB tool by Grimme and coworkers, allowing the user to request all kinds of
calculations using the popular GFN-xTB and GFN2-xTB Hamiltonian. [363, 364] From the technical side,
the user has to provide the executable provided by the Grimme group (please write to xtb@thch.uni-bonn.de)
as otool xtb in the directory, where the other ORCA executables are located.
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knight1014    时间: 2019-8-10 00:16
感谢分享。
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coolrainbow    时间: 2019-8-10 00:24
biogon 发表于 2019-8-9 22:36
又是一堆新特性,高斯一比更新速度相形见绌

ORCA据说在设计之始就是为了算光谱而生的,所以光谱的计算非常强大而详细。

Gaussian具有性能最强的过渡态搜索功能,这是对计算有机化学的人是不可取代的。NEB在分子反应中表现还是一般。NEB在那种简单的异相催化,例如Pt上催化H2O断裂搜索个过渡态还可以;一旦到了复杂的分子反应,立即蒙圈~


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ChrisZheng    时间: 2019-8-10 00:36
本帖最后由 ChrisZheng 于 2019-8-10 16:41 编辑
captain 发表于 2019-8-9 23:54
9.3.3.1 Semi-empirical tight-binding methods: Grimme's GFN-xTB and GFN2-xTB

ORCA is interfaced to ...

我试用了一下,把xtb用
ln -s

链接到ORCA目录里,出现下列错误

   *** convergence criteria satisfied after 13 iterations ***
sh: line 1: 37136 Segmentation fault      (core dumped) /calc/orca_4_2_0_linux_x86-64_shared_openmpi314/otool_xtb /tmp/a_XTB.xyz --grad -c 0 -u 0 -P 36 --namespace /tmp/a 2> xtb.err
[file orca_main/run.cpp, line 10680]: ORCA finished with error return - aborting the run
[file orca_main/run.cpp, line 10680]: ORCA finished with error return - aborting the run

后来发现去掉
%pal nprocs 36 end

就可以正常跑 原因还没搞明白



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beefly    时间: 2019-8-10 00:39
alwens 发表于 2019-8-9 21:56
这么快的速度

他们开发快但是不怎么测试,跑几个体系看着差不多就发布了,然后把挑错的工作交给用户
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sobereva    时间: 2019-8-10 07:33
结合新功能说明看了下手册,在我来看,比较关键的新功能如下,附我的评论:

DLPNO-CCSD(T)-F12

CASPT2

ωB2PLYP, ωB2GPPLYP(这俩是首次提出的基于范围分离泛函构建的双杂化泛函。在DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00013里测试表明ωB2GPPLYP是算TDDFT最佳的双杂化泛函)

Conical Intersection Optimization(第一个态方法随意,第二个态支持TDDFT和CASSCF)

QMMM(4.2已像Gaussian那样原生支持分子力场,可以把各种QM方法与MM组合,支持打断共价键的情况。单点、优化、振动分析、IRC等全都能做)

Intersystem Crossing non-radiative rates(手册里的蒽的系间窜越速率计算结果不赖。这种计算需要激发态Hessian,希望ORCA早点把TDDFT的解析Hessian搞出来)

此版本支持了GFN-xTB and GFN2-xTB,实际上只不过是加入了XTB1和XTB2关键词来调用Grimme的xtb程序,相当于只是给xtb提供了一个像此文那样的接口而已:《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/421)。而xtb程序必须由用户自己去找Grimme索取才行。

MD模块得到了改进,如果把Terachem的纳米反应器功能加进去就好了。

原先ORCA 4.1的DFT-D4是基于2017年发表的形式,没有2019年正式发表的DFT-D4(EEQ)-ATM形式好。4.2版直接写D4用的就是最佳的DFT-D4(EEQ)-ATM形式了,这个改进很有意义。详见《DFT-D4色散校正的简介与使用》(http://sobereva.com/464)。

原先版本做几何优化之类的任务会产生.trj文件,需要手动改名成.xyz后才能载入VMD看轨迹。而此版本把这个文件的后缀改成了_trj.xyz,直接就能拖到VMD里,这点很好。

spin-orbit coupling in TD-DFT:更新说明里有这么一项,但是看了手册并没有发现有什么新东西,这在之前的版本里就已经有了:《使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元》(http://sobereva.com/411

另:希望ORCA早点支持CC2、ADC(2)那些东西,给激发态计算提供新的空间。虽然新版本号称支持了更多泛函,但是没有明显看到增加了什么有用的泛函,希望早点支持wB97X-2

顺带提醒,名义上ORCA 4.2的linux版是挂OpenMPI 3.1.4的,但我经过测试OpenMPI 3.1.3也可以正常并行。所以之前用ORCA 4.1的用户直接解压后就能用,不需要编译新版本OpenMPI


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sobereva    时间: 2019-8-10 07:36
ChrisZheng 发表于 2019-8-10 00:36
我试用了一下,把xtb用
链接到ORCA目录里,出现下列错误

xtb是openmp并行的,ORCA是MPI并行的,不兼容
ORCA不并行,但调用xtb的时候按照xtb的方式设置并行所需的环境变量应当就可以达到目的了
作者
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biogon    时间: 2019-8-10 09:18
coolrainbow 发表于 2019-8-10 00:24
ORCA据说在设计之始就是为了算光谱而生的,所以光谱的计算非常强大而详细。

Gaussian具有性能最强的过 ...

但是ORCA好像还没IRC
作者
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ChrisZheng    时间: 2019-8-10 10:21
biogon 发表于 2019-8-10 09:18
但是ORCA好像还没IRC

有的,在4.2的manual里,178页

8.2.14 Intrinsic Reaction Coordinate

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Novice    时间: 2019-8-10 11:29
sobereva 发表于 2019-8-10 07:33
结合新功能说明看了下手册,在我来看,比较关键的新功能如下,附我的评论:

DLPNO-CCSD(T)-F12

没见社长提过ORCA的Local Energy Decomposition方法啊?不知道社长如何评价?还有4.2的The Hartree-Fock plus London Dispersion (HFLD) method您觉得怎么样?HFLD是不是优于:使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析(http://sobereva.com/442)?
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Accelerator    时间: 2019-8-10 11:41
终于支持DLPNO-CCSD(T)-F12了
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sobereva    时间: 2019-8-10 11:48
biogon 发表于 2019-8-10 09:18
但是ORCA好像还没IRC

ORCA上个大版本就引入了IRC,但是跟高斯比还非常弱,速度很慢,算法远不如Gaussian的,连反应坐标都不给出,而且目前只支持笛卡尔坐标下做(因此其实得到的是MEP而非IRC),目前很难用于实际问题的研究
作者
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sobereva    时间: 2019-8-10 11:49
Novice 发表于 2019-8-10 11:29
没见社长提过ORCA的Local Energy Decomposition方法啊?不知道社长如何评价?还有4.2的The Hartree-Fock  ...

LED不怎么样,分解出的项物理意义不清楚,比SAPT差远了

HFLD和Multiwfn的EDA-FF(http://sobereva.com/442)没有可比性
HFLD这个东西在我来看很没意思。就是先做个HF计算,然后做定域化,再通过DLPNO-CC计算片段内和片段间的色散校正能。这个过程耗时远远远远高于EDA-FF,而且HFLD光是给出色散作用能,这完全称不上是个能量分解方法。Multiwfn的EDA-FF的随意对体系划分片段的特性也无法通在HFLD中实现。

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captain    时间: 2019-8-10 13:02
ChrisZheng 发表于 2019-8-10 00:36
我试用了一下,把xtb用
链接到ORCA目录里,出现下列错误

你用的应该是  ln -s 吧
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captain    时间: 2019-8-10 19:12
有点奇怪 4.1.1里还有 otool_xtb  otool_dftd4
怎么新版本里都没有了呢?
作者
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captain    时间: 2019-8-10 19:49
本帖最后由 captain 于 2019-8-10 20:09 编辑
ChrisZheng 发表于 2019-8-10 00:36
我试用了一下,把xtb用
链接到ORCA目录里,出现下列错误

请教一下
我这样 ln -s /xtb/bin/xtb /orca420 就可以正常运行了
或者直接把 /xtb/bin/里的xtb程序复制到orca目录下就可以了
我的问题是 orca调用的只是/xtb/bin/xtb 吗?不需要/xtb目录下的其它文件吗?


作者
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sobereva    时间: 2019-8-11 06:27
captain 发表于 2019-8-10 19:12
有点奇怪 4.1.1里还有 otool_xtb  otool_dftd4
怎么新版本里都没有了呢?

如今xtb没有自带应当是版权问题,本身xtb就是需要发邮件才能索取的。另外,之前的DFT-D4用的形式依赖于xtb计算出的电荷,所以xtb也不得不纳入,否则D4没法用。而现在ORCA支持且只支持DFT-D4(EEQ)-ATM形式,本身也用不到xtb了。
至于dftd4,应当是直接写到ORCA源代码里头去了,就像d3一样,所以不再单独出现
作者
Author:
captain    时间: 2019-8-11 09:12
sobereva 发表于 2019-8-11 06:27
如今xtb没有自带应当是版权问题,本身xtb就是需要发邮件才能索取的。另外,之前的DFT-D4用的形式依赖于xt ...

谢大神指点!
作者
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Mikasa    时间: 2019-8-12 12:52
sobereva 发表于 2019-8-10 11:48
ORCA上个大版本就引入了IRC,但是跟高斯比还非常弱,速度很慢,算法远不如Gaussian的,连反应坐标都不给 ...

MEP并不是在Cartesian coordinate下计算的,至少在Polyrate中是在Mass-scaled coordinate下计算的。10.1063/1.443130
在mass-scaled中的μ取1amu时,mass-scaled和mass-weighted在数值上是一致的,只是单位不同(mass-scale是bohr,mass-weighted是amu^1/2·bohr),这时的MEP和IRC并无区别。

作者
Author:
sobereva    时间: 2019-8-13 07:09
Mikasa 发表于 2019-8-12 12:52
MEP并不是在Cartesian coordinate下计算的,至少在Polyrate中是在Mass-scaled coordinate下计算的。10.10 ...

MEP这个词多数场合都是特指非质权的情况,如下所示,虽然这也看具体语境(Truhlar篇这属于比较特殊的)。而说IRC的时候通常都是指质权坐标下的,唯独ORCA这是特例

Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017) 13.8节:
A rigorous proof, however, requires a determination of
the Minimum Energy Path (MEP) from the TS to the connecting minima. If the MEP is located in
mass-weighted coordinates, it is called the Intrinsic Reaction Coordinate (IRC).

http://klingon.uab.es/prat/Thesis/node34.html
It is important to note that while the stationary points are invariant to any coordinate transformation, the MEP is not. It means that it will depend, to some extent, on the coordinate system. The MEP located in mass-weighted coordinates is unique and it is called the Intrinsic Reaction Coordinate (IRC)

Gaussian里可以选择IRC是在质权坐标下(默认)还是在笛卡尔坐标下(IRC=cartesian,相当于一般说的MEP),然而ORCA只能实现后者,因此不是一般意义的IRC。

作者
Author:
Mikasa    时间: 2019-8-13 09:12
sobereva 发表于 2019-8-13 07:09
MEP这个词多数场合都是特指非质权的情况,如下所示,虽然这也看具体语境(Truhlar篇这属于比较特殊的)。 ...

谢谢sob老师详细解释~
作者
Author:
captain    时间: 2019-8-17 19:29
Grimme教授的建议:
xtb in ORCA is (opposed to what is written in the manual) not working properly. You should take the xtb standalone codes.
作者
Author:
陆八岁    时间: 2021-3-25 20:09
ChrisZheng 发表于 2019-8-9 21:45
链接: https://pan.baidu.com/s/1XoIPIHVcICauBCPVca0VLQ
提取码: ghnb

您好,请问ORCA下载的百度网盘链接可以再分享一遍吗?
作者
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hdhxx123    时间: 2021-3-25 20:22
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-25 20:23 编辑
陆八岁 发表于 2021-3-25 20:09
您好,请问ORCA下载的百度网盘链接可以再分享一遍吗?

你这个顶贴我以为是新版发布了,ORCA可以到论坛上注册下载
见量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html).及http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html

作者
Author:
陆八岁    时间: 2021-3-26 21:49
hdhxx123 发表于 2021-3-25 20:22
你这个顶贴我以为是新版发布了,ORCA可以到论坛上注册下载
见量子化学程序ORCA的安装方法
http://sober ...

谢谢回复。但我在论坛上注册不上,提交以后一直显示The solution you provided was incorrect,下面没有确认码,也联系不到管理员。
作者
Author:
hdhxx123    时间: 2021-3-26 21:55
陆八岁 发表于 2021-3-26 21:49
谢谢回复。但我在论坛上注册不上,提交以后一直显示The solution you provided was incorrect,下面没有 ...

你看我三个链接的最后一个
作者
Author:
wuzhiyi    时间: 2021-3-26 22:09
看到这帖子被顶上来 一惊 以为orca5出了
作者
Author:
陆八岁    时间: 2021-3-26 22:21
hdhxx123 发表于 2021-3-26 21:55
你看我三个链接的最后一个

要阅读权限高于20才能浏览,我这个号才注册不久。
作者
Author:
喵星大佬    时间: 2021-3-26 22:55
wuzhiyi 发表于 2021-3-26 22:09
看到这帖子被顶上来 一惊 以为orca5出了

这么一说发现orca5咕咕咕了好久了




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