计算化学公社

标题: 在用pmemd.cuda跑5ns的动力学时,作业老掉下来是为什么 [打印本页]

作者
Author: Lemon- 时间: 2019-8-12 08:42
标题: 在用pmemd.cuda跑5ns的动力学时,作业老掉下来是为什么
当我用GPU算动力学时,我的作业跑了1ns就掉下来,.out文件没有显示错误,但是其它人的作业就没掉下来,是为什么呢?很疑惑,有没有也遇到过这种情况的人呢?谢谢大家

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2019-8-12 08:57
你应该去先看一下轨迹有没有出什么问题

作者
Author: Lemon- 时间: 2019-8-12 09:10

ChaosChiao 发表于 2019-8-12 08:57
你应该去先看一下轨迹有没有出什么问题

好的谢谢轨迹文件主要检查哪方面的问题呢?刚开始做MD,很多还不知道.主要就是放到VMD中看相关关键原子键长的变化吗?谢谢大神

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-8-14 21:46
用CPU跑 pmemd.cuda出了问题不报错是老毛病了

作者
Author: Lemon- 时间: 2019-8-15 09:18

wuzhiyi 发表于 2019-8-14 21:46
用CPU跑 pmemd.cuda出了问题不报错是老毛病了

好的谢谢了所以一般动力学都是用GPU跑呢吧

作者
Author: Lemon- 时间: 2019-8-15 09:18

Lemon- 发表于 2019-8-15 09:18
好的谢谢了所以一般动力学都是用GPU跑呢吧

难道CPU的结果不可信吗?

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-8-15 17:42
用GPU跑出了错不会显示在输出文件里这是amber的问题

作者
Author: Lemon- 时间: 2019-8-15 20:49

wuzhiyi 发表于 2019-8-15 17:42
用GPU跑出了错不会显示在输出文件里这是amber的问题

长知识了感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)