计算化学公社

标题: 上万原子蛋白质荧光计算求助 [打印本页]

作者
Author: xylz6188 时间: 2019-8-18 12:51
标题: 上万原子蛋白质荧光计算求助
本帖最后由 xylz6188 于 2019-8-18 15:02 编辑

大家好！请教大家一个问题，之前导师让做过小分子的荧光计算，用的是Gaussian09,。近来导师有个项目需要做蛋白质的银光计算，我一看结构上万个原子，懵了，这怎么搞，量化计算根本不可能啊！查了一下ORCA 4.0.0 可以做大体系，linux安装教程（http://bbs.keinsci.com/thread-5335-1-1.html）。但从来没有用过，不知道如何下手，请各位老师提供一些指导为谢！
我的研究思路是：（1）根据文献调研，知道蛋白质发光基团，通过选取具有类似活性中心的蛋白质残基进行量化计算，所用软件还是Gaussian；
（2）直接计算，采用可能的软件进行（目前不知道，哪款量化软件可以做这事），最终选择超算中心进行计算，一般单机就不用考虑了。

请各位老师给以指导，谢谢！

作者
Author: indec 时间: 2019-8-18 14:28
直接计算巨型结构激发态的可能只有 TDDFT+TB (tight binding) 了吧？但这种方法用得不算很多。。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-18 14:33
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“蛋白质荧光计算”改了，以后务必注意

1 可以

2 Gaussian和ORCA都可以

仔细看了这些，再结合手册，ORCA基本使用自然就会了。善用论坛里的ORCA相关资源来学习
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn
http://sobereva.com/485（http://bbs.keinsci.com/thread-13308-1-1.html）

此文也必须仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

只要把体系简化到一两百原子，机子不差的话用Gaussian完全能搞。

作者
Author: xylz6188 时间: 2019-8-18 14:44

sobereva 发表于 2019-8-18 14:33
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

谢谢sob老师！你太牛了，我好好学习学习

作者
Author: xylz6188 时间: 2019-8-18 15:02
本帖最后由 xylz6188 于 2019-8-19 16:59 编辑

indec 发表于 2019-8-18 14:28
直接计算巨型结构激发态的可能只有 TDDFT+TB (tight binding) 了吧？但这种方法用得不算很多。。

老师您好！能具体介绍一下么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-19 11:06

xylz6188 发表于 2019-8-18 15:02
老师您好！能具体较少一下么？

这种组合只能算激发能，不能优化激发态，没法算荧光

相关知识看里面sTDA部分
盘点Grimme迄今对理论化学的贡献
http://sobereva.com/388（http://bbs.keinsci.com/thread-6662-1-1.html）

作者
Author: xylz6188 时间: 2019-8-19 17:00

sobereva 发表于 2019-8-19 11:06
这种组合只能算激发能，不能优化激发态，没法算荧光

相关知识看里面sTDA部分

谢谢sob老师的解答

作者
Author: beefly 时间: 2019-8-19 21:26
我们的项目就是上万原子的蛋白体系算荧光，跑激发态动力学。刘老师认为能实现，我也认为能实现，但机时费如果折成市价，光靠面上项目几辈子也付不起

作者
Author: xylz6188 时间: 2019-8-21 15:03

beefly 发表于 2019-8-19 21:26
我们的项目就是上万原子的蛋白体系算荧光，跑激发态动力学。刘老师认为能实现，我也认为能实现，但机时费如 ...

这个课题很有挑战，看着都头痛

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