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标题: Fermi-Softness-for-VASP：VASP计算费米软度的脚本 [打印本页]

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Author: linqiaosong 时间: 2019-8-18 14:17
标题: Fermi-Softness-for-VASP：VASP计算费米软度的脚本
本帖最后由 linqiaosong 于 2021-11-14 23:43 编辑

Fermi-Softness-for-VASP：VASP计算费米软度的脚本

最近更新了一个处理VASP结果得到总费米软度，简缩费米软度和局域费米软度的脚本，基本上可以实现费米软度的计算了。
这个脚本和使用教程可以从以下网站获得：
Fermi-Softness-for-VASP: A script dealing with VASP result for calculating fermi-softness (github.com)

关于什么是费米软度，实际上是用于衡量表面活性的一个反应性指标，具体的内容可以参看下面的参考文献：
B. Huang, L. Xiao, J. Lu, L. Zhuang, Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 6239 –6243 出版商处原文

使用这个脚本需要预先安装:

Anaconda3 (Python >= 3.8.5)：下载地址
ASE：安装方法
bader：官方主页
vaspkit 1.3：安装方法

暂时只测试了VASP 5.4.4版本和vaspkit 1.3版本可以兼容，其它版本是否兼容尚不明确。

附件是参考教程，仅供参考。

QE和CP2K的费米软度脚本最近也会推出。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-18 14:42
可以参考参考http://www.andrew.cmu.edu/user/feenstra/wavetrans/

作者
Author: linqiaosong 时间: 2019-8-18 14:58

sobereva 发表于 2019-8-18 14:42
可以参考参考http://www.andrew.cmu.edu/user/feenstra/wavetrans/

感谢sob老师

作者
Author: ggdh 时间: 2019-8-19 12:47
你快写一个傻瓜都能用的自动分析费米软度的程序，加一个猴子都能学会的教程+手册，把庄林牌方法推广出去

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-8-20 15:54
本帖最后由卡开发发于 2019-8-20 15:56 编辑

ggdh 发表于 2019-8-19 12:47
你快写一个傻瓜都能用的自动分析费米软度的程序，加一个猴子都能学会的教程+手册，把庄林牌方法推广出去

建议把那个弟弟易吸和屁嗯必哦的鬼东西集成到一块去2333333，搞个好用点的.

作者
Author: ggdh 时间: 2019-8-20 19:08

卡开发发发表于 2019-8-20 15:54
建议把那个弟弟易吸和屁嗯必哦的鬼东西集成到一块去2333333，搞个好用点的.

这就是周期性领域的Multiwfn的节奏了。要么再出一个sob这样的妖孽，要么就等sob有空了。。。
可是这两个的概率同样低。。。

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-8-29 18:53
计算费米软度之前，VASP需要进行Slab模型的弛豫计算、自洽计算，然后读取自洽计算的电荷密度进行大k点的非自洽计算。

作者
Author: Para1lel 时间: 2021-9-16 17:24
为什么我使用这个脚本总是提示ISPIN error。用的是VASP 5.4.4和vaspkit1.3，ASE也安装了。 INCAR里面设置的ISPIN=2。

作者
Author: Para1lel 时间: 2021-9-16 21:04
我试了一下，设置ISPIN=2的话，脚本显示的是ISPIN=80，设置ISPIN=1的话，脚本显示的是11.

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-10-6 23:09
本帖最后由 linqiaosong 于 2021-10-6 23:26 编辑

Para1lel 发表于 2021-9-16 21:04
我试了一下，设置ISPIN=2的话，脚本显示的是ISPIN=80，设置ISPIN=1的话，脚本显示的是11.

新脚本已更新

作者
Author: Para1lel 时间: 2021-10-12 09:08

linqiaosong 发表于 2021-10-6 23:09
新脚本已更新

新脚本好像还是有问题，重复您的例子出现NameError: name 'ispin' is not defined

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-10-12 10:51

Para1lel 发表于 2021-10-12 09:08
新脚本好像还是有问题，重复您的例子出现NameError: name 'ispin' is not defined

get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...
应该是ispin=...
应该是我不小心把变量名前面的i给搞掉了，改过来就行了

作者
Author: Para1lel 时间: 2021-10-13 15:17

linqiaosong 发表于 2021-10-12 10:51
get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...

261行这个地方的*通配符好像读取不了，python总是把它当具体字符了。

作者
Author: Para1lel 时间: 2021-10-13 15:20

linqiaosong 发表于 2021-10-12 10:51
get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...

如果把这个地方改成具体文件名，脚本可以正常运行了。
比如ISPIN=1的时候把*去掉。
ISPIN=2的时候，改成_UP, _DW.
但是用通配符*的话就报错了。

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-10-13 23:09

Para1lel 发表于 2021-10-13 15:20
如果把这个地方改成具体文件名，脚本可以正常运行了。
比如ISPIN=1的时候把*去掉。
ISPIN=2的时候， ...

做了如下更新，最近网不好，GitHub同步不上去，暂时还没有同步代码

作者
Author: abite 时间: 2021-11-9 17:03
你好，想问一下非自洽计算的时候就是读取CHGCAR然后写WAVECAR就可以吗，需要计算其它性质吗？

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-11-9 20:59

abite 发表于 2021-11-9 17:03
你好，想问一下非自洽计算的时候就是读取CHGCAR然后写WAVECAR就可以吗，需要计算其它性质吗？

是的

作者
Author: abite 时间: 2021-11-10 17:41

linqiaosong 发表于 2021-11-9 20:59
是的

试了一下PtY的例子，结果报错如下是什么原因呢？vaspkit、bader和ase都装了。
Traceback (most recent call last):
  File "runfs.py", line 454, in <module>
run_fs(kbT,dfdd_threshold,band_gap,intermediate_file_options,bader_dir,vaspkit_dir)
  File "runfs.py", line 395, in run_fs
fs,atoms=calc_lfs(para,kbT,dfdd_threshold,intermediate_file_options,vaspkit_dir)
  File "runfs.py", line 265, in calc_lfs
q.unlink(True)
TypeError: unlink() takes 1 positional argument but 2 were given

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-11-12 10:23

abite 发表于 2021-11-10 17:41
试了一下PtY的例子，结果报错如下是什么原因呢？vaspkit、bader和ase都装了。
Traceback (most recent c ...

我这里测试Pt3Y的例子是正常的，试一下把脚本更新到最新版本，如果不行试试把intermediate_file_options改为True

作者
Author: abite 时间: 2021-11-14 12:13

linqiaosong 发表于 2021-11-12 10:23
我这里测试Pt3Y的例子是正常的，试一下把脚本更新到最新版本，如果不行试试把intermediate_file_options ...

谢谢你的回复，intermediate_file_options改了以后可以运行了，最后还有一个错误，我不知道这样有没有跑完计算分析过程。 (, 下载次数 Times of downloads: 29)

作者
Author: linqiaosong 时间: 2021-11-14 23:25
本帖最后由 linqiaosong 于 2021-11-14 23:27 编辑

abite 发表于 2021-11-14 12:13
谢谢你的回复，intermediate_file_options改了以后可以运行了，最后还有一个错误，我不知道这样[/backcol ...

我想应该是python3版本不同导致pathlib库出现了点问题，我用的python 3.8.5
如果正常生成了LFS.cube文件，那就不用管它了

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Author: abite 时间: 2021-11-15 10:07

linqiaosong 发表于 2021-11-14 23:25
我想应该是python3版本不同导致pathlib库出现了点问题，我用的python 3.8.5
如果正常生成了LFS.cube文件 ...

好的，谢谢

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