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标题: 使用GMX对蛋白进行结构优化后，蛋白结构分为两部分，后续该如何处理 [打印本页]

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-8-19 11:01
标题: 使用GMX对蛋白进行结构优化后，蛋白结构分为两部分，后续该如何处理
使用GMX对蛋白进行动力学模拟，优化其结构，但计算完之后，蛋白分为两部分（如图所示），应该是盒子建的太小了，在这种情况下，后续该如何处理？使用什么软件进行什么操作呢？恳请指教，非常感谢。
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-19 11:04
不代表盒子太小，只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动就可以避免。如果不重新跑， gmx trjconv搞一下，用-pbc nojump就可以保持完整

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-8-19 12:31

sobereva 发表于 2019-8-19 11:04
不代表盒子太小，只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动 ...

谢谢Sob老师，我尝试一下

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-8-26 21:13

sobereva 发表于 2019-8-19 11:04
不代表盒子太小，只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动 ...

社长，不好意思再请教一下，我用了命令“gmx trjconv -f md_181.gro -s md_181.tpr -o md_181_center.gro -pbc nojump -ur rect -center”命令后，得到如图所示的结果，整体效果变好，但仍有两个原子游离在外面，请问是什么原因呢？是我的命令有误吗？后续改怎样进一步处理呢？真诚感谢Sob老师的帮助。
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-27 01:03

hddonghao 发表于 2019-8-26 21:13
社长，不好意思再请教一下，我用了命令“gmx trjconv -f md_181.gro -s md_181.tpr -o md_181_center.gro ...

就写nojump就行了，别写其它的
之后如果有弄不明白的情况，看一下处理后的轨迹，看原子怎么运动的就知道了

作者
Author: hddonghao 时间: 2019-8-27 13:47

sobereva 发表于 2019-8-27 01:03
就写nojump就行了，别写其它的
之后如果有弄不明白的情况，看一下处理后的轨迹，看原子怎么运动的就知道 ...

谢谢社长

本人小白一个，对计算约等于啥都不懂，正在努力自学中，非常感谢老师的帮助

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