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标题: 求助：GMX中跨周期体系的top文件写法 [打印本页]

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2019-8-21 15:19
标题: 求助：GMX中跨周期体系的top文件写法
本帖最后由 EdwardLimit 于 2019-8-21 15:20 编辑

给位老师好，由于材料都是周期性结构，必然存在跨周期的键，如图中的1和10'，但我不明白如何在GMX的拓扑文件中怎么这个键，比如是否可写为 1 10 1 表示图中1号原子和10号原子形成简谐键？在某虫看到针对这种情况，用periodic-molecules=yes处理。但我不明白这样处理能否将图中的1号和10'用键的相互作用描述。

综上我的问题可简述为:GMX在处理周期性体系时，边界处本该成键的原子该怎么用键的相互作用描述，即其top文件该怎么写。

作者
Author: ggdh 时间: 2019-8-21 19:32
是的，就是这么写的
不过sob的培训班中讲的是用
gmx x2top 产生的top文件，这个命令默认产生就是具有周期性的top

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2019-8-21 22:20
本帖最后由 EdwardLimit 于 2019-8-21 22:25 编辑

ggdh 发表于 2019-8-21 19:32
是的，就是这么写的
不过sob的培训班中讲的是用
gmx x2top 产生的top文件，这个命令默认产生就是具有周期 ...

好的，我试试。

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2019-8-22 11:34
昨天测试了一下lammps和gromacs，下面是键的拓扑关系和输出结果，表明跨周期的键写法就是如上的1 10。

个人猜想如下：
猜想1：10应该是镜像对称后，计算键的相互作用。
猜想2: 考虑的是绝对距离，当然对于这个猜想可以给出结果那就是烷烃会形成一个圈，而不是保持线性的结构，从结果来说，猜想2错误。
猜想3：键是否也存在cut-off，我不太懂md内核的程序，也就会写写简单的，但从图4的结果来看，键应该是没有cut-off的。

最终合理的结果应该是猜想1，但也不一定是对的，虽然现在能够完成老板给的任务，但还是希望大佬告诉我正确答案，学习其本质。

作者
Author: ggdh 时间: 2019-8-22 17:54
兄弟，你这么严谨的么？就我所知gmx键没有cut off

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2019-8-22 19:00

ggdh 发表于 2019-8-22 17:54
兄弟，你这么严谨的么？就我所知gmx键没有cut off

谢啦，中午问了一个做计算的老师，和我说是第一种，如果不考虑pbc是第二种。

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