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标题: 求助 GMX跑分子模拟的两个问题 [打印本页]

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Author: 晓滨MD 时间: 2019-8-21 21:25
标题: 求助 GMX跑分子模拟的两个问题
1.体系中用到了季铵盐类的DES，季铵盐的结构如图，其中有个CL-，创建体系的时候把DES建为一相，水作为另一相，用gmx genion命令将CL-添加到DES相中，但是跑完模拟之后发现CL-全都跑到水相当中去了，并没有出现在季铵盐阳离子周围，而且做出的径向分布函数也是CL-在水周围的分布密度大于在季铵盐阳离子周围的分布密度，会是哪里出点问题呢？该怎么解决？
2.考察一个乳酸根周围邻甲酚，甲苯，正己烷的空间分布函数，用travis做的SDF，在vmd中查看乳酸根-甲苯的SDF时，无论怎样调节isovalue都得不出合理的SDF如图。
两个模拟均用的是Amber99sb-ildn力场，请各位老师指点一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-22 00:16
1 建模的时候直接把季铵盐和Cl-作为一个整体加入再试（用packmol之类实现，让Cl-就在N附近）
2 尝试用gmx sdf

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Author: 晓滨MD 时间: 2019-8-22 06:41

sobereva 发表于 2019-8-22 00:16
1 建模的时候直接把季铵盐和Cl-作为一个整体加入再试（用packmol之类实现，让Cl-就在N附近）
2 尝试用gmx ...

好的，谢谢老师，马上去试试

作者
Author: moluren 时间: 2019-8-22 22:10

sobereva 发表于 2019-8-22 00:16
1 建模的时候直接把季铵盐和Cl-作为一个整体加入再试（用packmol之类实现，让Cl-就在N附近）
2 尝试用gmx ...

老师，您说的“直接将季铵盐和Cl-作为一个整体用packmol实现”，是不是需要用gview先建立Cl-的模型，然后使用packmol建立体系？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-23 14:55

moluren 发表于 2019-8-22 22:10
老师，您说的“直接将季铵盐和Cl-作为一个整体用packmol实现”，是不是需要用gview先建立Cl-的模型，然后 ...

packmol建模的时候，单体的pdb文件直接就包含阳离子+Cl阴离子。这样你最终得到的初始结构里，Cl从一开始就在N旁边

作者
Author: moluren 时间: 2019-8-24 08:28
好的，谢谢老师的解答！

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-8-25 22:48

sobereva 发表于 2019-8-23 14:55
packmol建模的时候，单体的pdb文件直接就包含阳离子+Cl阴离子。这样你最终得到的初始结构里，Cl从一开始 ...

老师，对于不涉及到含有CL- Br-这种阴离子的离子液体，用packmol建模是不是就不需要单个pdb文件同时包含阴阳离子呢?我在建模的时候就是把阴阳离子分开交给packmol

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-26 02:54

晓滨MD 发表于 2019-8-25 22:48
老师，对于不涉及到含有CL- Br-这种阴离子的离子液体，用packmol建模是不是就不需要单个pdb文件同时包含 ...

我个人不建议阴阳离子单独交给packmol，因为这有可能造成在某些局部区域阳离子聚集在一起或者阴离子聚集在一起，显然初始结构下它们的静电互斥非常强，可能导致MD初期不稳定。而你直接把阴阳离子对作为单体让packmol建模，就可以保证阴阳离子混合得比较均匀

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-8-26 09:19

sobereva 发表于 2019-8-26 02:54
我个人不建议阴阳离子单独交给packmol，因为这有可能造成在某些局部区域阳离子聚集在一起或者阴离子聚集 ...

好的，谢谢老师

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