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标题: IGM和RDG以及VMD作图求助 [打印本页]

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Author: jiaohui 时间: 2019-8-22 17:35
标题: IGM和RDG以及VMD作图求助
我想请教一下：在处理分子间相互作用时，能不能用RDG的散点图来对应IGM数据做的vmd的图你呢；还有就是IGM的散点图怎么也做成彩色的图。恳请各位解答，谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-22 18:13
“用RDG的散点图来对应IGM数据做的vmd的图”意义不明。利用Multiwfn+VMD，RDG的填色图和IGM填色图都可以直接绘制，在Multiwfn里也可以直接绘制相应形式的散点图
IGM散点图意义不大，没RDG的考察方便。如果真的需要绘制，把我提供的绘制填色RDG散点图的脚本稍微改一下就行了

作者
Author: jiaohui 时间: 2019-8-22 19:41
谢谢sob老师。就是有的分子用rdg的填色图有太多是不需要的，但是我又想和rdg的散点图对上；后来不是发现igm能很好的分片段来显示分子间的相互作用吗，我就想问，能不能写文章的时候说rdg的散点图有峰的地方就是igm填色图里显示。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-23 16:33

jiaohui 发表于 2019-8-22 19:41
谢谢sob老师。就是有的分子用rdg的填色图有太多是不需要的，但是我又想和rdg的散点图对上；后来不是发现igm ...

RDG散点图的spike的位置和IGM散点图的峰的位置可能有的有明显区别
如果IGM填色等值面图和RDG图的这种图的等值面位置接近，那用RDG散点图的spike位置说事倒也未尝不可

作者
Author: jiaohui 时间: 2019-8-23 22:35
已经尝试了一下IGM填色图（等值面0.01），和RDG填色图（等值面0.5）这都是在multiwfn里面脚本确定的，把IGM的填色范围设成和RDG的一样，出来的结果就是一样的了，但是还有疑问就是，这两个的等值面不同会不会有什么别的问题呢；计算IGM时是不是也可以将成键的作用屏蔽掉。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-23 22:40

jiaohui 发表于 2019-8-23 22:35
已经尝试了一下IGM填色图（等值面0.01），和RDG填色图（等值面0.5）这都是在multiwfn里面脚本确定的，把IGM ...

本身函数的定义就不同，肯定等值面形状不会完全相同
delta-g与强度相关，恰当设定delta-g等值面，自然就不会把化学键区域展现出来

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-24 04:11
从2019-Aug-24更新的Multiwfn开始，可以绘制具有填色效果的IGM散点图了，见最新版手册4.20.10.1节末尾

作者
Author: jiaohui 时间: 2019-8-24 08:31
好的，这就去学习一下，谢谢sob老师了。

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