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标题: 请教关于扩散系数、msd曲线绘制的一系列问题，之二 [打印本页]

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Author: cavalier 时间: 2019-8-24 19:54
标题: 请教关于扩散系数、msd曲线绘制的一系列问题，之二
本帖最后由 cavalier 于 2019-8-24 19:56 编辑

之前在帖子里提了一些关于求受限在碳纳米管中的水的扩散系数的问题，后来又整理出一些新的问题。还是对一样的体系，240k下受限在碳纳米管中的水分子，对了之前忘提了，是（10,10）的碳纳米管，同一截面大约能容纳9个水分子，所以我个人觉得也不是很细，我利用index文件选取了管中间一整段区域的水分子，大约100个，用gmx msd绘制其模拟的800ps内的msd曲线。
   如图fig1，这是我额外用-b 200 -e 600 选项，绘制的200-600ps内的msd曲线，问题有两个：1.这个曲线的上下波动确实是有点大，有没有什么办法能让这条曲线更平滑，我的意思是通过比如系宗平均等等统计上的方法，当然例如origin里的平滑功能，我也想请假一下大家，用这个功能来平滑这种曲线合适吗，我总觉得不太好。2.其实我现在拟合的这个区域勉强还能算是有点线性，但是这个区域只占不到一半，能像我图上这样拟合然后采用吗？
   最后我想附上上次的帖子，上次的问题还没有解决，希望大家能指导一下！谢谢！
   链接：http://bbs.keinsci.com/thread-14297-1-1.html

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