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标题: 求教关于扩散系数和msd曲线绘制的一系列问题，之三 [打印本页]

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Author: cavalier 时间: 2019-8-25 15:01
标题: 求教关于扩散系数和msd曲线绘制的一系列问题，之三
      还是240k受限在碳纳米管中的水分子，我今天把模拟了同一个体系在经过100ns的平衡之后，精确记录（1步输出1次坐标，1fs每步）再模拟了200ps、400ps、800ps，然后都用gmx msd绘制了msd曲线，如下图fig1，可是三条曲线斜率一条比一条高，而且是模拟得越短的画出来斜率越大。       单看每一条曲线我个人感觉都还有比较线性的区域，这样我就更难确定该以什么样的曲线为准了。说到这一点，我想请问一下，各位能否发几个正常的能用来算扩散系数的msd曲线？当然像bulk水那种甚至几乎没有多少波动的直线我是能理解的，但是我从网上查到的曲线如果不是bulk水那种的几乎可靠的少之又少，让我完全没办法判断。

      最后再附上我的前两个帖子，还是一大通问题没解决，真是尴尬，谢谢大家了！
      第一个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-14297-1-1.html
      第二个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-14322-1-1.html

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