计算化学公社

标题: 求助在Gaussian中优化CIF的操作问题 [打印本页]

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-8-27 09:24
标题: 求助在Gaussian中优化CIF的操作问题
如图CIF文件导入到GAUSSIAN中以后由于对称性不是单个完整的分子，该如何对文件进行修改后进行优化

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-8-27 09:39
用MS打开以后，在Display option里面把显示方式改为origin

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-8-27 09:47

让你变成回忆发表于 2019-8-27 09:39
用MS打开以后，在Display option里面把显示方式改为origin

老师能说的详细一点吗？没明白什么意思，我按照老师说的找了，没有origin这个选项啊！谢谢

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-8-27 09:50

18845562783 发表于 2019-8-27 09:47
老师能说的详细一点吗？没明白什么意思，我按照老师说的找了，没有origin这个选项啊！谢谢

老师找到了，但修改以后怎么保存出来那，没有CIF 选项啊！

作者
Author: pyscf 时间: 2019-8-27 10:04
用gv的pbc工具扩胞然后做操作

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-8-27 10:23

pyscf 发表于 2019-8-27 10:04
用gv的pbc工具扩胞然后做操作

新手，没明白您说的什么意思

作者
Author: 望月凝香 时间: 2019-8-27 13:44
优化单个分子还是优化晶体？
前者的话，用mercury打开，另存为mol格式，再用gview打开编辑。注意删除disorder导致的多余原子。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-27 16:08
如果你是想优化晶体测定的单个分子结构，最简单的做法是直接把cif拖到chem3D里，直接就会给你单个分子的结构（但也不是所有情况都能成功），然后Chem3D直接保存成gjf文件就完了。

如果你是想在Gaussian里做PBC计算，这样的体系根本算不动。

作者
Author: 18845562783 时间: 2019-8-28 11:32
谢谢各位老师的回答，学习了！

作者
Author: whiteandblack 时间: 2025-9-20 23:22

sobereva 发表于 2019-8-27 16:08
如果你是想优化晶体测定的单个分子结构，最简单的做法是直接把cif拖到chem3D里，直接就会给你单个分子的结 ...

老师问一下这样的晶胞里面含不完整分子的想计算单点能如何操作啊

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-20 23:54

whiteandblack 发表于 2025-9-20 23:22
老师问一下这样的晶胞里面含不完整分子的想计算单点能如何操作啊

说清楚你想算什么的单点能
如果要算单个分子的单点能，用下文说的功能把分子补完整，取出一个分子计算
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: whiteandblack 时间: 2025-9-21 11:44

sobereva 发表于 2025-9-20 23:54
说清楚你想算什么的单点能
如果要算单个分子的单点能，用下文说的功能把分子补完整，取出一个分子计算
...

像计算共晶的生成焓，但是用gv打开晶胞里面有不完整分子，运行输出的文件里面也没有能量，求助共晶的生成焓计算方法

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-21 21:44

whiteandblack 发表于 2025-9-21 11:44
像计算共晶的生成焓，但是用gv打开晶胞里面有不完整分子，运行输出的文件里面也没有能量，求助共晶的生成 ...

晶体的生成焓这种事需要用CP2K计算，完全脱离了Gaussian的能力

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里面 “热力学量与能量相关属性的计算”一节专门讲了怎么算晶体的生成焓

作者
Author: whiteandblack 时间: 2025-9-23 09:50

sobereva 发表于 2025-9-21 21:44
晶体的生成焓这种事需要用CP2K计算，完全脱离了Gaussian的能力

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（ht ...

好的谢谢老师解惑

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