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标题: gmx中用Amber99SB-ILDN, 其分子内相互作用中的1-4作用是如何处理的？ [打印本页]

作者
Author: xpyp 时间: 2019-8-28 13:17
标题: gmx中用Amber99SB-ILDN, 其分子内相互作用中的1-4作用是如何处理的？
请问，在gmx中用Amber99SB-ILDN, 其分子内相互作用中的1-4作用是如何处理的？是另用一套参数，还
是将其乘个系数？若是乘系数，默认是多少？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-28 17:52
乘个系数
LJ乘以0.5，静电作用乘以0.8333。一看[defaults]字段便知

作者
Author: xpyp 时间: 2019-8-28 19:07
谢谢！

作者
Author: xpyp 时间: 2019-8-28 21:26

sobereva 发表于 2019-8-28 17:52
乘个系数
LJ乘以0.5，静电作用乘以0.8333。一看[defaults]字段便知

再请教下，gmx用Amber99SB-ILDN 跑MD输出的1-4作用如 LJ-14是否已乘了系数？比如要计算分子内非键vdw作用Evdw,
是用 (1) Evdw=LJ(SR)+LJ-14
还是用 (2) Evdw=LJ(SR) +0.5*LJ-14 呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-28 23:10

xpyp 发表于 2019-8-28 21:26
再请教下，gmx用Amber99SB-ILDN 跑MD输出的1-4作用如 LJ-14是否已乘了系数？比如要计算分子内非键vdw作 ...

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