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标题: 对于环状或稠环体系，不同的初始构象对优化结构影响大吗？ [打印本页]

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2019-8-28 21:01
标题: 对于环状或稠环体系，不同的初始构象对优化结构影响大吗？
请教各位老师，对于环状或稠环体系，不同的初始构象对优化结构影响大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-28 21:56
显然可能影响大。诸如众所周知环己烷有椅式和扭船式构象，自由能差了5.5 kcal/mol，不同初始结构可能优化到不同极小点去

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2019-8-29 08:21

sobereva 发表于 2019-8-28 21:56
显然可能影响大。诸如众所周知环己烷有椅式和扭船式构象，自由能差了5.5 kcal/mol，不同初始结构可能优化到 ...

收到，谢谢sobereva老师的详细解答。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2019-8-30 15:53
molclus +gentor + XTB 走一把，之后认真看看构象分布情况，就可以有很直观的理解了。

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2019-8-30 16:32

yjmaxpayne 发表于 2019-8-30 15:53
molclus +gentor + XTB 走一把，之后认真看看构象分布情况，就可以有很直观的理解了。

多谢老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-31 00:52
顺带一提，gentor目前没法产生环状结构的不同环状构象。可以用xtb跑动力学，然后把轨迹给molclus去搞。动力学过程中是可以产生各种环状构象的

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