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标题: 阳离子表面静电势分析判断亲核部位求助 [打印本页]

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-29 11:58
标题: 阳离子表面静电势分析判断亲核部位求助
如图是通过Gaussview给出的带一个正电荷的离子的表面静电势图，该静电势图基本都是蓝色的，是不是说明该离子没有亲核部位，但是这个离子上面有一个羟基，羟基是可以参加反应的（应该是亲核部位）。所以这个静电势图不知道究竟如何分析，还请老师指教，谢谢！

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-8-29 12:05
比如，直接考察静电势填色的分子范德华表面，操作见《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》（http://sobereva.com/196），应用实例可参看Sob老师的Struct. Chem. 25, 1521(2014) 、J. Phys. Org. Chem., 26, 473(2013)。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-8-29 12:05
用了Multiwfn+VMD之后，就再也不想用Gaussview了

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-29 12:39

lijiayisjtu 发表于 2019-8-29 12:05
用了Multiwfn+VMD之后，就再也不想用Gaussview了

谢谢老师，我用Multiwfn+VMD做了，做出来的图是棍状模型的，不是我想要的球棍模型（上图中的结构）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-29 19:10

air18238016558 发表于 2019-8-29 12:39
谢谢老师，我用Multiwfn+VMD做了，做出来的图是棍状模型的，不是我想要的球棍模型（上图中的结构）

你在VMD里设成CPK不就完了。VMD支持的显示风格比gview丰富百倍

按照此文方法绘制的效果比在gview里强得多得多
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

你这图色彩刻度明显不合适，不同地方差异根本体现不出来。离子体系色彩刻度怎么设置恰当我在上文末尾部分写了。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“表面静电势分析”改了，以后务必注意

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-29 19:36
本帖最后由 air18238016558 于 2019-8-29 19:39 编辑

sobereva 发表于 2019-8-29 19:10
你在VMD里设成CPK不就完了。VMD支持的显示风格比gview丰富百倍

按照此文方法绘制的效果比在gview里强 ...

谢谢卢老师，我也用过CPK，看到球棍模型里原子的颜色和我的文章中其它的球棍模型（通过chemcraft做出来的结构图）不一样，我想问一下卢老师，您知道VMD用CPK之后得到的球棍模型里的不同原子的颜色可以自己设定吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-29 20:53

air18238016558 发表于 2019-8-29 19:36
谢谢卢老师，我也用过CPK，看到球棍模型里原子的颜色和我的文章中其它的球棍模型（通过chemcraft做出来的 ...

Grapihcs - color里对Name修改颜色（假设你是按照默认的，通过Name作为coloring的依据）

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-29 22:06

sobereva 发表于 2019-8-29 20:53
Grapihcs - color里对Name修改颜色（假设你是按照默认的，通过Name作为coloring的依据）

好的，谢谢卢老师！

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-31 16:21

sobereva 发表于 2019-8-29 20:53
Grapihcs - color里对Name修改颜色（假设你是按照默认的，通过Name作为coloring的依据）

卢老师好，我已经按照您的方法通过multiwfn与VMD做出了静电势图（如图），和中性分子不一样，阳离子的静电势虽然有极大值和极小值，但都是正值，不知道这个该如何分析它们的亲核部位或亲电部位，还望老师指点，谢谢！E:H-R.tif

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-31 20:34

air18238016558 发表于 2019-8-31 16:21
卢老师好，我已经按照您的方法通过multiwfn与VMD做出了静电势图（如图），和中性分子不一样，阳离子的静 ...

你传图方式不对，看不到。怎么上传图片看论坛置顶的新社员必读

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-8-31 20:53

sobereva 发表于 2019-8-31 20:34
你传图方式不对，看不到。怎么上传图片看论坛置顶的新社员必读

图片重新上传了，还望卢老师指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-31 22:16

air18238016558 发表于 2019-8-31 20:53
图片重新上传了，还望卢老师指点！

阳离子体系，表面各个位置静电势都为正是非常正常的。比较相对大小就完了
另外，静电势预测的结果未必一定靠谱，可以用Multiwfn考察Hirshfeld电荷、考察福井函数f+等

PS：你的图作得太难看了。直接用文中的ext命令绘制成透明等值面图效果比这个好太多

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-9-1 13:36
本帖最后由 air18238016558 于 2019-9-1 16:20 编辑

sobereva 发表于 2019-8-31 22:16
阳离子体系，表面各个位置静电势都为正是非常正常的。比较相对大小就完了
另外，静电势预测的结果未必一 ...

谢谢卢老师，已按照更改，但是发现一个问题，您说“ESPpt.vmd脚本里默认色彩刻度是-50kcal/mol ~ 50 kcal/mol，对应颜色按照“蓝-白-红”过渡。如果想在VMD的界面里直接修改显示设定，诸如点的尺寸、色彩刻度范围等”，而我在VMD里界面看到的色彩刻度范围默认的是-0.03~0.03，这个单位应该是a.u.；如何把这个a.u.改为像您在196一文中所示范的（VMD里界面看到的色彩刻度范围默认的是kcal/mol）?在ESPiso.vmd脚本里更改为kcal/mol，这样通过ESPiso.bat计算后，图形颜色全为灰色了，不知道该如何改？还请卢老师指点，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-2 04:00

air18238016558 发表于 2019-9-1 13:36
谢谢卢老师，已按照更改，但是发现一个问题，您说“ESPpt.vmd脚本里默认色彩刻度是-50kcal/mol ~ 50 kcal ...

用ESPext和ESPpt的情况是不一样的
对于ESPext显示成透明等值面，因为VMD此时是基于静电势的cube文件里的数据来着色的，而此cube文件里的单位是原子单位，所以色彩刻度的单位总是a.u.
而对于ESPpt通过表面顶点形式显示表面的情况，VMD是基于pdb文件的B因子那一列的静电势数据来着色的，中性（一般情况下）是以kcal/mol作为单位。而对于带净电荷的体系，由于静电势数量级较大，B因子那几列记录不下，所以（一般情况下）是以数值大小更小的eV作为单位。如果不确定的话，直接用文本编辑器打开pdb文件，看开头提示的单位便知。

颜色都为灰色说明色彩刻度设得不合适。根据Multiwfn做定量分子表面分析时候输出的表面静电势最小值和最大值，取当前作图对应的色彩刻度单位，在VMD里作为色彩刻度下限和上限就完了。这点在443文章末尾那个截图里已经体现得超级清楚了。

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-9-2 09:11

sobereva 发表于 2019-9-2 04:00
用ESPext和ESPpt的情况是不一样的
对于ESPext显示成透明等值面，因为VMD此时是基于静电势的cube文件里的 ...

卢老师好，还得请教您，之前我可能没把问题说清楚，因为我是通过iso命令显示静电势着色等值面的，然后还用了ext命令显示极大值和极小值，默认的颜色刻度单位为-0.03-0.03a.u.（0.03a.u.换算成kcal/mol后不到19kcal/mol）,但是我的极大值有48kcal/mol,极小值有-43kcal/mol（这是一个中性分子，不是之前上传的图片上的阳离子），这样感觉颜色刻度值和极值不一致，如果把颜色刻度在VMD里由-0.03-0.03a.u.改成-0.08-0.08a.u.（0.08a.u.差不多对应50kcal/mol），iso命令显示的静电势着色等值面图片颜色又变得非常非常浅，感觉颜色层次不分明？谢谢老师的耐心指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-3 00:44

air18238016558 发表于 2019-9-2 09:11
卢老师好，还得请教您，之前我可能没把问题说清楚，因为我是通过iso命令显示静电势着色等值面的，然后还 ...

那不叫极大/极小，而是最大/最小
色彩刻度上下限并不需要非得和实际的静电势上下限一致。刻意把范围设得比实际小一点，颜色差异会更鲜明。而且，强行和实际静电势最大、最小值弄成一致，色彩刻度的标签不够整齐、上下限数值不对称，在文中表达的时候也不方便。

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-9-3 11:58
明白了，再次感谢卢老师！

作者
Author: air18238016558 时间: 2019-9-4 09:38
本帖最后由 air18238016558 于 2019-9-4 09:46 编辑

sobereva 发表于 2019-9-3 00:44
那不叫极大/极小，而是最大/最小
色彩刻度上下限并不需要非得和实际的静电势上下限一致。刻意把范围设得 ...

卢老师，借助于这个求助话题，再请教您一个关于AIM的小问题，上传的表是一篇参考文献中剪下来的，不知道这个表的所有数据的单位是不是和Multiwfn做BCP分析时显示得到的相应的数据单位是一致的？比如说： Density of all electrons:  0.6519409774E-01 Density of Alpha electrons:  0.3259704887E-01 Density of Beta electrons:  0.3259704887E-01
Spin density of electrons:  0.0000000000E+00
Lagrangian kinetic energy G(r):  0.1015979492E+00
G(r) in X,Y,Z:  0.4204247810E-01  0.3043007131E-01  0.2912539980E-01
Hamiltonian kinetic energy K(r): -0.1833241606E-04
Potential energy density V(r): -0.1015796168E+00
Energy density E(r) or H(r):  0.1833241606E-04
Laplacian of electron density:  0.4064651265E+00）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-5 01:32

air18238016558 发表于 2019-9-4 09:38
卢老师，借助于这个求助话题，再请教您一个关于AIM的小问题，上传的表是一篇参考文献中剪下来的，不知道 ...

他的图单位都是a.u.，Multiwfn的显示临界点信息的界面里也明确说了

(, 下载次数 Times of downloads: 77)

显然是一样的

作者
Author: guoxiaomeng 时间: 2023-8-11 17:10
我想问一下您这个刻度是怎么修改的呢，我现在遇到了同样的问题了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 03:40

guoxiaomeng 发表于 2023-8-11 17:10
我想问一下您这个刻度是怎么修改的呢，我现在遇到了同样的问题了

哪里改色彩刻度范围下文明确说了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

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