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标题: 执行mdrun后第200000多步就停止了，说one or more water can not be settled [打印本页]

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Author: chensy 时间: 2019-8-30 08:34
标题: 执行mdrun后第200000多步就停止了，说one or more water can not be settled
各位大神，在执行gmx mdrun -nt 8 -v -deffnm md_0_10 ，第200000多步就停止了说one or more water can not be settled ，请问有什么解决方法吗？

作者
Author: cavalier 时间: 2019-8-30 10:34
   one or more water can not be settled 在gromacs模拟的时候是很常见的报错，我个人虽然也才接触没多久，但是之前已经遇到过好多次了。
   这个问题我遇到的时候主要原因还是体系构型可能有问题，比如周期性边界条件的时候，边界处可能是不是存在不合理的地方要调整一下。（我承认这点我说的也有点模糊）这个问题往往和体系能量过高一起出现，至少我是这样的。
   虽然我主要是模拟开始的时候就会出现这条报错而你是运行了一段时间后才报错，说明可能是模拟过程中，构型可能出现异常吧。
   总之，其实这个问题，和你的命令关系不大吧看，主要还是要把系统拿出来看看，不然不好确定问题，以及可能的问题。
   不过不晓得别人是不是可以做出更精准判断。

作者
Author: cavalier 时间: 2019-8-30 10:40
对了，你那边有吗有装高版本点的gromacs？我理解有些课题组可能对低版本的gromacs有一些源代码的修改，而高版本的gromacs因为变成c++语言了，所以所做的修改就不适宜了，所以可能还是停留在低版本。但是其实高版本对于模拟问题的报错其实精确很多的，可以看看相同的体系相同的跑法放到2018或2019版的gromacs，很可能报错就不一样了，而且可能就知道问题所在了。

作者
Author: cavalier 时间: 2019-8-30 10:44
中间报错终止的模拟，好像都会产生几个pbd文件的，里面是是报错前不久的系统坐标，可以放到VMD里看看，说不定体系已经变形了都不一定

作者
Author: chensy 时间: 2019-8-30 13:39

cavalier 发表于 2019-8-30 10:44
中间报错终止的模拟，好像都会产生几个pbd文件的，里面是是报错前不久的系统坐标，可以放到VMD里看看 ...

真的很感谢我是刚开始做这个现在就是照网上进行练习我打算重做一遍看看是不是之前哪个步骤出错了

作者
Author: cavalier 时间: 2019-8-30 15:03

chensy 发表于 2019-8-30 13:39
真的很感谢我是刚开始做这个现在就是照网上进行练习我打算重做一遍看看是不是之前哪个步骤出错了

其实我也才做了1年，不过刚开始的时候，最常遇见的就是水分子不能settled，总之现在感觉这个报错很可能原因不是他字面上这个意思，既然你只是刚开始，那方便的话最好是能看看你的系统，这样大家应该好找出问题所在，因为我担心你可能自己复查过程都很难查出问题，一般都是很小的细节出错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-30 21:56
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作者
Author: chensy 时间: 2019-8-31 08:35

sobereva 发表于 2019-8-30 21:56

C:\Users\HuiYue\Desktop\图片1.png
谢谢sob老师，我看看坐标有没有什么问题再看看减少步长可不可以

作者
Author: chensy 时间: 2019-8-31 08:36

chensy 发表于 2019-8-31 08:35
谢谢sob老师，我看看坐标有没有什么问题再看看减少步长可不可以

sob老师，因为我又做了一遍还是出现同样的情况我再重新检查一下坐标文件看看行不行

作者
Author: chensy 时间: 2019-8-31 08:39

cavalier 发表于 2019-8-30 15:03
其实我也才做了1年，不过刚开始的时候，最常遇见的就是水分子不能settled，总之现在感觉这个报错很 ...

好的我又重新做了一遍还是出现这样的结果，我再好好看看谢谢了

作者
Author: cavalier 时间: 2019-8-31 10:47
他这里有说把当前和之前的坐标写成了一个pdb文件，你可以到VMD里看一下，是不是正常，还是说体系扭曲了或怎么的。不行的话最好把pdb的图给大家看下。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-31 20:18

chensy 发表于 2019-8-31 08:35
谢谢sob老师，我看看坐标有没有什么问题再看看减少步长可不可以

不要光把注意力集中在初始结构上。如果初始结构有严重问题，通常在MD的早期就已经会暴露出来
仔细看整条模拟的轨迹，如果从一开始直到崩溃为止，轨迹上看不出大毛病，那就更不是初始结构的事。从mdp参数和拓扑文件的合理性上考虑

作者
Author: chensy 时间: 2019-9-3 18:43

sobereva 发表于 2019-8-31 20:18
不要光把注意力集中在初始结构上。如果初始结构有严重问题，通常在MD的早期就已经会暴露出来
仔细看整条 ...

谢谢 sob老师，我减少了步长，发现是可以的

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