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标题: 求助关于三种旋转异构态定义 [打印本页]

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-8-30 16:40
标题: 求助关于三种旋转异构态定义
本帖最后由少年爱吃地三鲜于 2019-8-30 16:54 编辑

最近想求二面角的概率分布问题，想想自己一个人又不是化学专业实在是头疼，只能求助各位老师同学，我目前有几个问题，一是，对于三种旋转异构态的理解，我的理解是主链上的两个C原子和一个C上的-R基团与另一个C上的H原子形成的角度。请问图中i+1,i-1是什么意思？如何理解? 二是，我想用跑好平衡的NVT的最后一帧.gro 放到MS 中求二面角的概率分布，这样是否可行？我求的结果是这样的图，正常应该是下图，我怀疑是MS中定义 0 和+-180 有什么问题，我想请教一下大家，能不能详细说说我该怎么做

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Author: sobereva 时间: 2019-8-30 21:21
标准的二面角定义就是-180到+180。为了考察方便也可以自行拼凑成等价的0~360

我不明白为什么要用M$。直接用VMD把二面角随时间变化提取出来，用origin之类做个频率统计就完了

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-8-30 21:46

sobereva 发表于 2019-8-30 21:21
标准的二面角定义就是-180到+180。为了考察方便也可以自行拼凑成等价的0~360

我不明白为什么要用M$。直 ...

非常感谢老师您的回复！是这样的，老师，因为我不知道该怎么具体使用VMD提取二面角随时间的变化，您有没有什么例子能参考一下呢？或者老师，我拿最后平衡好的最后一帧放MS统计是合理的吗？感谢您!

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Author: sobereva 时间: 2019-8-31 00:45

少年爱吃地三鲜发表于 2019-8-30 21:46
非常感谢老师您的回复！是这样的，老师，因为我不知道该怎么具体使用VMD提取二面角随时间的变化，您有没 ...

mouse - label - dihedrals，然后点击四个原子，再选graphics - labels，选dihedrals，找到标记好的那一项，下面就有选项可以导出

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-8-31 08:03

sobereva 发表于 2019-8-31 00:45
mouse - label - dihedrals，然后点击四个原子，再选graphics - labels，选dihedrals，找到标记好的那一 ...

非常感谢您！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-8-31 09:14

sobereva 发表于 2019-8-31 00:45
mouse - label - dihedrals，然后点击四个原子，再选graphics - labels，选dihedrals，找到标记好的那一 ...

请问老师，我想求整个主链上得二面角概率分布应该怎么做呢？对整条主链看他的二面角分布情况?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-31 20:05

少年爱吃地三鲜发表于 2019-8-31 09:14
请问老师，我想求整个主链上得二面角概率分布应该怎么做呢？对整条主链看他的二面角分布情况?

你有一堆二面角要统计？

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-8-31 20:15
是的老师，很多二面角，只看主链上的C-C-C-C 二面角分布，每条链20个单体，10条链。

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Author: sobereva 时间: 2019-8-31 22:12

少年爱吃地三鲜发表于 2019-8-31 20:15
是的老师，很多二面角，只看主链上的C-C-C-C 二面角分布，每条链20个单体，10条链。

自行写VMD脚本搞

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Author: sobereva 时间: 2019-9-2 03:48
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率（统计范围-180~180度），就创建个索引文件比如dih.ndx，内容为
[dih]
12 11 10 9 11 10 9 6
然后运行
gmx angle -f md.xtc -type dihedral -n dih.ndx
选择dih组，得到的angdist.xvg里就是角度分布了，可以直接用xmgrace绘制

用此做法可以只考察一个二面角，也可以一次性统计N个二面角的总概率分布

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-2 07:57

sobereva 发表于 2019-9-2 03:48
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率（统计范围-180~18 ...

非常感谢您的回复！谢谢！

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-5 08:22

sobereva 发表于 2019-9-2 03:48
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率（统计范围-180~18 ...

非常感谢您老师！我已经做出来了，我想请教您，这个gmx angle 命令得到的图计算原理是什么呢？是时间平均？还是频率统计呢?谢谢您

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Author: sobereva 时间: 2019-9-5 12:20

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-5 08:22
非常感谢您老师！我已经做出来了，我想请教您，这个gmx angle 命令得到的图计算原理是什么呢？是时间 ...

就是把每个时间的二面角位置叠加到一起做个频数统计，和我前面说的自己手动用VMD搞出来再用Origin统计是一码事

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-5 14:05

sobereva 发表于 2019-9-5 12:20
就是把每个时间的二面角位置叠加到一起做个频数统计，和我前面说的自己手动用VMD搞出来再用Origin统计是 ...

原来这样！非常感谢!!!

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