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标题: 求助：如何提取Gromacs轨迹文件中的二面角分布信息 [打印本页]

作者
Author: kettyyu 时间: 2019-9-1 14:53
标题: 求助：如何提取Gromacs轨迹文件中的二面角分布信息
想模拟小有机分子如异丙醇在水溶液中的构象稳定性，获得异丙醇分子两种构象在水溶液中的布居比例。建立了水盒子，1个异丙醇分子和477个水分子，按照分子模拟程序跑起来了，得到了轨迹文件，也得到了每一帧的坐标文件，但是利用angle命令得到的二面角是两种构象的平均二面角，如图1，但看文献中给出的不是这样的，而是两种构象在每个二面角下的几率，如图2.
请教：如何获得文献中（图2）的这种二面角分布几率分布？谢谢

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-2 01:09
看这里我的回复
http://bbs.keinsci.com/thread-14410-1-1.html

作者
Author: kettyyu 时间: 2019-9-2 23:22
谢谢Sob老师

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