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标题: 求助：如何寻找能量最低结构 [打印本页]

作者
Author: a617788816 时间: 2019-9-2 18:53
标题: 求助：如何寻找能量最低结构
我是量子化学初学者，目前在学gaussian09和Gromacs，遇到一个问题就是，不确定高斯优化出来的是否是能量最小结构，因为这与初始构型有一定关系，我从文献中能查到一些已知的构型，但仍有部分需要计算的分子找不到参考的文献，初始构型不知如何摆放，因为这会影响优化出来的结构。想请教一下大家.还有就是想知道这种优化出来的极小构型，和实际上能量最低的构型，分别对后续进行一些能量计算，性质预测，有多大的影响，有什么影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-2 22:06
需要做构型/构象搜索。用免费的molclus轻易解决，仔细看了下文就明白了

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: a617788816 时间: 2019-9-3 11:14

sobereva 发表于 2019-9-2 22:06
需要做构型/构象搜索。用免费的molclus轻易解决，仔细看了下文就明白了

使用molclus程序做团簇构型搜索 ...

好的，谢谢sob老师，还有关于这个程序调用的问题，因为我的gromacs是用虚拟机装在Linux下，gaussian是装在windows下，这个molclus，我应该安装在什么系统下，是不是所有软件都要安装在同一个系统下以方便调用，linux吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-4 01:53

a617788816 发表于 2019-9-3 11:14
好的，谢谢sob老师，还有关于这个程序调用的问题，因为我的gromacs是用虚拟机装在Linux下，gaussian是装 ...

molclus运行过程中要调用第三方程序做各种任务，你的第三方程序是什么系统的，molclus就放在什么系统下。诸如你要让molclus调用Gaussian，若你只有linux版Gaussian，那显然molclus就应当在你的linux虚拟机里用

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-26 00:57
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-28 00:28 编辑

sob老师，你好，关于能量最低构型的寻找，在画初猜分子的时候我一点疑惑。我是离子液体，由阴阳离子组成，这是具有一定的摩尔比例的，我有一些是1比1的，我画一个阴离子，一个阳离子即可，但我有些比例是3：7，这种比例，我用Gaussview应该如何画这个复合物啊？或者我使用gemmer,发射600个的A和1400个B（3比7），然后取团簇结构？这样可行吗？应该取多少呢？1000吗？我应当如何去研究这个3：7的比例。以区分它和1:1的区别啊

其它溶剂的情况就是1000个A和1000个B，取1000个结构。。。

补充问一下，关于使用 RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP算单电时，需要加弥散函数的情况，要不要用ma-，因为我不记得在哪个博文中看到，好像QZVPP已经足够大，不需加弥散，想确认一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-28 06:04

a617788816 发表于 2020-3-26 00:57
sob老师，你好，关于能量最低构型的寻找，在画初猜分子的时候我一点疑惑。我是离子液体，由阴阳离子组成， ...

对于3:7的情况，根本不可能去寻找什么能量最低构型，至多只能说是去找阳离子和阴离子数目恰好是3:7的团簇能量最低构型，诸如30个阳离子、70个阴离子构成的团簇。但是这种情况构型空间太大，基本不可能去找到能量最低构型，而且就算找到了也没什么实际意义。

对于中性体系算弱相互作用，def2-QZVP就已经足够大而不需要加弥散函数了。但对于阴离子体系，QZ档次能描述的半弥散效应仍然不足以充分描述阴离子的电子结构，算能量时仍然需要加弥散函数。

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-28 12:38
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-29 13:27 编辑

sobereva 发表于 2020-3-28 06:04
对于3:7的情况，根本不可能去寻找什么能量最低构型，至多只能说是去找阳离子和阴离子数目恰好是3:7的团簇 ...

好的，谢谢sob老师，我主要是想找到结构后，进行能量分解，探讨结合能的各个成分
假设第一种情况A:B=1:1,我使用一个阳离子。一个阴离子即可
假设第二种情况A:B=1:2,我使用一个阳离子。二个阴离子
假设第三种情况A:B=3:7,我使用三个阳离子。七个阴离子
请问这三种团簇类型是否具备可比性，做的能量分解是否有对比意义？尤其是第三种这种奇怪比例的，不知道前人是不是有过先例？？动力学倒是容易解决，量化上如何讨论其结合能和其成分呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-31 02:56

a617788816 发表于 2020-3-28 12:38
好的，谢谢sob老师，我主要是想找到结构后，进行能量分解，探讨结合能的各个成分
假设第一种情况A:B=1:1 ...

显然结合能大小是3>2>1
如果想和实际问题联系起来，应当做类似于归一化处理使之有可比性，而不由于分子数的差异导致数量级的不同。具体怎么做还得结合实际情况、研究目的

作者
Author: a617788816 时间: 2020-4-1 12:02
本帖最后由 a617788816 于 2020-4-2 11:26 编辑

sobereva 发表于 2020-3-31 02:56
显然结合能大小是3>2>1
如果想和实际问题联系起来，应当做类似于归一化处理使之有可比性，而不由于分子 ...

研究目的想对其进行能量分析，研究成分等不同，与现有实验数据对比看看是否有规律
关于归一化处理，您的意思是统一团簇单体总数是吗？就1：1就是5阴5阳，3：7是3阴7阳吗？？

作者
Author: a617788816 时间: 2020-4-2 11:32
本帖最后由 a617788816 于 2020-4-3 13:39 编辑

为了使之可对比结合能组成。
1.请问应该统一团簇单体总数是吗？就1：1就是5阴5阳，3：7是3阴7阳吗？？
2.请问同种粒子，5阴5阳与，1阴1阳，组成成分比例之间关系是否有质变？大多数文献做的是1阴1阳，简单的结合能不可以直接对比，能否以静电/总结合能的比值与其它文献作对比？
请问上述问题如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 05:18

a617788816 发表于 2020-4-1 12:02
研究目的想对其进行能量分析，研究成分等不同，与现有实验数据对比看看是否有规律
关于归一化处理，您的 ...

可以这么说

如果涉及到单位体积中的作用能，那还得考虑不同比例情况下占的体积

如果你最重要和凝聚相实验对比，其实拿团簇模型没法充分说明问题，得做动力学计算才行。当前当做孤立体系来算，只能是试图近似解释实验，如果解释不好，说明当前的模型考虑得太简单了。

作者
Author: a617788816 时间: 2020-4-4 13:00

sobereva 发表于 2020-4-4 05:18
可以这么说

如果涉及到单位体积中的作用能，那还得考虑不同比例情况下占的体积

确实是凝聚相实验（毕竟是离子液体作为溶剂）
我这部分计算，就是量化也做，MD也做，主要探讨结合能（静电，范德华等）相互印证结果
MD部分，比例好解决，直接做即可，关键量化，这孤立体系，1：1，和3：7的不知如何比较

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