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标题: gromacs做原子原子RDF时选mol_com和不选此语句时，峰高相差一倍 [打印本页]

作者
Author: Little-Extra 时间: 2019-9-3 16:48
标题: gromacs做原子原子RDF时选mol_com和不选此语句时，峰高相差一倍
请问下大家，我在做锂离子跟TFSI阴离子中的O原子之间的RDF时，使用了两种语句，一个没加-seltype mol_com，一个加了-seltype mol_com（感觉原子-原子RDF是不用加的，但是加了应该跟前者没差别吧），出来的图形状一样，但是，峰高要相差一倍，不很明白其中的原因，哪位大神可以帮忙解答一下啊，感谢感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

作者
Author: naoki 时间: 2019-9-4 08:59

sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF，谢谢啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-5 01:23

naoki 发表于 2019-9-4 08:59
想请教一下sob老师用vmd怎么计算分子中苯环质心到另一原子的RDF，谢谢啦

参考
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作者
Author: naoki 时间: 2019-9-5 09:05

sobereva 发表于 2019-9-5 01:23
参考

Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的回复~

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-9-5 10:05

naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的 ...

把苯环分子创建索引文件里，然后按图操作是否可行？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-5 11:43

naoki 发表于 2019-9-5 09:05
Sob老师这个是分子质心的RDF，有没有什么方法可以计算分子中的某个苯环质心和另一原子的RDF呢，谢谢您的 ...

按6L说的做

作者
Author: naoki 时间: 2019-9-5 15:19

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-5 10:05
把苯环分子创建索引文件里，然后按图操作是否可行？

好的，我去试试，谢谢指点~

作者
Author: naoki 时间: 2019-9-5 15:20

sobereva 发表于 2019-9-5 11:43
按6L说的做

谢谢老师指点~

作者
Author: Little-Extra 时间: 2019-9-5 17:11

sobereva 发表于 2019-9-4 01:31
就用没加的结果就完了。加那个是算质心间的rdf才需要

感谢sob老师，已经按照您说的做完了~

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-1-9 23:01
本帖最后由 tjuptz 于 2021-1-9 23:25 编辑

sobereva 发表于 2019-9-5 11:43
按6L说的做

请问老师，如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢？各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建一个组，再用-seltype mol_com就可以了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-10 02:39

tjuptz 发表于 2021-1-9 23:01
请问老师，如果是各个分子或残基中苯环质心rdf该如何选择呢？各种分子或残基中的苯环可以通过原子名创建 ...

有希望，可以试试

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