计算化学公社

标题: 酶在水中对底物的结合及吸附情况的构象搜索相关问题 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-9-5 14:06
标题: 酶在水中对底物的结合及吸附情况的构象搜索相关问题
各位老师好想请教一下

我如果想去研究生物大分子（酶）在水中对底物（只含有C H O N四种元素的有机小分子）的结合及吸附情况（以弱相互作用为主），我在每次进行MD的时候把底物随机插入到水盒子里，模拟20ns后基本达到平衡，进行了5次重复模拟，底物吸附聚集的区域5次都不同我没有办法判断哪一种是能量低，或者出现频率更高的结合模式

对于这种情况我是否可以用Molclus进行构象搜索把小分子随机放在蛋白表面进行复合构象的自由能计算根据玻尔兹曼分布找到几种可能的构象结合模式
如果不可以请教一下老师可以用什么方法去找到一个可靠的（出现频率较高的）酶-底物结合模式进行下一步的分析？

谢谢大家

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-5 15:54
你说的是docking吧。。。

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-9-5 16:13

fhh2626 发表于 2019-9-5 15:54
你说的是docking吧。。。

我之前试过对接去产生初始的模拟结构后来放弃了一方面我不太清楚docking是否可以解释水相下的蛋白与底物的结合情况另一方面我也想去看一下蛋白与底物的结合过程（我可能没说清楚，底物分子不止一个，我按照实验浓度盒子里一共46个小分子 8000左右的水分子），所以我选择这种方法研究蛋白与底物的结合

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-6 00:43
你当前的问题和molclus没什么关系。如果要考察最稳定结合方式，就是应当用传统的对接方法，然后拿出打分最高的一些再进一步做MD，算结合自由能
如果你是想动态研究结合过程，那就一开始把小分子放结合位点附近，等着它跑进去（当然，这个过程可能需要模拟非常长的时间）

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-9-6 01:34

sobereva 发表于 2019-9-6 00:43
你当前的问题和molclus没什么关系。如果要考察最稳定结合方式，就是应当用传统的对接方法，然后拿出打分最 ...

谢谢sob

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-9-6 09:29
你要是知道位点，直接放进去docking就行。

要是不知道位点，您随缘吧，这玩意没法做…

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)