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标题: GROMACS建模晶体表面问题 [打印本页]

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-9-6 21:14
标题: GROMACS建模晶体表面问题
在模拟过程中，想建立一些例如二氧化钛这类晶体表面，大体思路是什么样的？以二氧化钛为例，是首先通过findit二氧化钛金红石的晶型，然后通过materials studio切割一个面，然后切割出来的面就是一个最小单元，然后通过GROMACS的genconf命令来在xyz方向进行扩展。是这样吗？如果是这样的话，还有两个问题，第一，怎么样确定要切哪一个面？第二，切出来的面是否还要做进一步的处理才能利用genconf进行扩展。谢谢大家！

作者
Author: mol 时间: 2019-9-7 09:44
在MS里可以build supercell直接扩展，然后导出pdb

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-7 09:50
一般切表面活性高的面，具体看文献都切哪些。另外可能看看有没有悬垂键，可以看看我总结的帖子

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-9-7 10:31

tjuptz 发表于 2019-9-7 09:50
一般切表面活性高的面，具体看文献都切哪些。另外可能看看有没有悬垂键，可以看看我总结的帖子

请问一下您总结的帖子在哪里？感激不尽！！

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-7 12:36

yyy1996 发表于 2019-9-7 10:31
请问一下您总结的帖子在哪里？感激不尽！！

http://bbs.keinsci.com/thread-13812-1-1.html

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-9-7 15:14

tjuptz 发表于 2019-9-7 12:36
http://bbs.keinsci.com/thread-13812-1-1.html

谢谢你啦！

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-9-7 16:45

mol 发表于 2019-9-7 09:44
在MS里可以build supercell直接扩展，然后导出pdb

谢谢你啦！意思是选择切的面之后，对切割后的面进行supercell扩展。这样的话如果切出来的面的原子数不满足化学式的比例怎么办？

作者
Author: faylovesnow 时间: 2022-12-30 17:22

mol 发表于 2019-9-7 09:44
在MS里可以build supercell直接扩展，然后导出pdb

请问，pdb文件有了，如何获得结构的itp文件呢？

作者
Author: Puying 时间: 2022-12-30 22:55

faylovesnow 发表于 2022-12-30 17:22
请问，pdb文件有了，如何获得结构的itp文件呢？

看你是什么体系和使用什么力场。
全原子分子体系，现有的工具有sobtop，ligpargen，xtb等，可以生成不同的力场的itp文件，比如amber，gaff，oplsaa和gromos54a7等。
如果是Martini的粗粒化分子体系，可以使用polyply生成
如果是晶体体系，需要找文献然后自己根据itp的规则来写非键参数。

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