计算化学公社

标题: 求助：请问我能量最小化时出现这样的错误是怎么回事，可以怎么修改进行呢？ [打印本页]

作者
Author: 西南向北 时间: 2019-9-9 15:19
标题: 求助：请问我能量最小化时出现这样的错误是怎么回事，可以怎么修改进行呢？
本帖最后由西南向北于 2019-9-9 15:54 编辑

求助求助：gromacs新手，我将我的矿物体系grompp 以后，然后进行能量最小化；
使用的.mdp文件如下
; energy minimization
define       = -DFLEXIBLE ;

;
integrator    = steep       ;
emtol          = 500.0       ; (kJ mol^-1^ nm^-1^)
emstep       = 0.01       ; (nm)
nsteps       = 50000       ;
nstenergy    = 5          ;
energygrps    = System       ;

;
nstlist       = 5          ;
ns_type       = grid       ; (simple or grid)
coulombtype    = PME          ;
rlist          = 1.2          ;
rcoulomb       = 1.2          ;
vdwtype       = cut-off    ;
rvdw          = 1.2          ;
constraints    = all-bonds    ;
pbc          = xyz          ;
但是很快就结束了，会出现以下问题：
eading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)

Will use 16 particle-particle and 4 PME only nodes
This is a guess, check the performance at the end of the log file
Using 20 MPI threads

Steepest Descents:
Tolerance (Fmax) =  5.00000e+02
Number of steps =       50000
Segmentation fault (core dumped)ot=       -nan Fmax= 2.80435e+07, atom= 5030
请问该怎么办呢？

作者
Author: 西南向北 时间: 2019-9-9 15:25
我也进行过更改 emstep nsteps 但是之后仍会出现这样的情况

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-10 06:31
绝对不要用all-bonds，本论坛里我说过多遍。去了再试
仔细检查结构和拓扑文件判断是否有不合理性，如果死活看不出来问题，用双精度版gmx做em再试

作者
Author: Reallihua 时间: 2021-3-10 08:35
您好，请问您解决了这个问题了嘛。我也遇到了类似的问题

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