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标题: PSI4计算SAPT出错 [打印本页]

作者
Author: mozixingchen 时间: 2019-9-9 15:57
标题: PSI4计算SAPT出错
本帖最后由 mozixingchen 于 2019-9-10 19:14 编辑

如题，PSI4已经成功安装，并运行算例正常。计算我自己的卤键二聚体体系时SAPT报错，其一：
0000.out:
Estimated memory usage: 3172.3 MB

Natural Orbital Cutoff: 1.000E-06
Disp(T3) Truncation:          Yes
CCD (vv|vv) Truncation:       Yes
MBPT T2 Truncation:          Yes

Traceback (most recent call last):
  File "/home/wsco/psi4conda/bin/psi4", line 269, in <module>
exec(content)
  File "<string>", line 50, in <module>
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 492, in energy
wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3438, in run_sapt
e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 129
The most recent 5 function calls were:

psi::PSIO::read(unsigned long, char const*, char*, unsigned long, psi::psio_address, psi::psio_address*)

Psi4 stopped on: Saturday, 07 September 2019 03:41AM
Psi4 wall time for execution: 0:00:58.00

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!

这个输入文件是已经优化后到收敛的初始结构。

而对于后面要分开的距离，就是初始结构时dimer1 和dimer2要扫描的初始d0+n*step（n > 1整数)的结构，运行时会出现第二个错误：
0001.out:
Iterations did not converge.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/wsco/psi4conda/bin/psi4", line 269, in <module>
exec(content)
  File "<string>", line 50, in <module>
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 492, in energy
wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3371, in run_sapt
monomerB_wfn = scf_helper('RHF', molecule=monomerB, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 1363, in scf_helper
e_scf = scf_wfn.compute_energy()

RuntimeError:
Fatal Error: Iterations did not converge.
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsi4util/process.cc on line: 112
The most recent 5 function calls were:

Psi4 stopped on: Monday, 09 September 2019 03:50AM
Psi4 wall time for execution: 0:00:42.65

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!
*** Resources and help at github.com/psi4/psi4.

我的dimer中包含了碘，所以要用到yanshi ECP，我结构优化和sapt计算都用的DEF2-TZVP.
贴上输入文件：

0000.inp:
memory 4000 MB

molecule dimer {
-1  1
I    -2.775893 0.238966 0.000032
--
  1  1
I    0.137577 -0.464824 -0.000045
C    2.370065 -0.945653 0.000065
H    2.616873 -1.516799 0.892854
H    2.616935 -1.516900 -0.892643
C    3.026679 1.088792 1.216087
H    1.992955 1.422862 1.201711
H    3.710787 1.935267 1.211736
H    3.198734 0.467377 2.092406
C    4.700870 -0.173847 -0.000097
H    5.350758 0.700682 -0.000187
H    4.878334 -0.773188 -0.889816
H    4.878500 -0.773124 0.889633
C    3.026471 1.088819 -1.215988
H    3.710477 1.935374 -1.211667
H    1.992707 1.422765 -1.201492
H    3.198518 0.467464 -2.092352
N    3.277246 0.264288 0.000018
}
dimerdist= 2.997270

set {
basis Def2-TZVP
scf_type DF
freeze_core True
}

energy('sapt2+(3)dmp2')
E_disp = get_variable('SAPT DISP ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_elst = get_variable('SAPT ELST ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_exch = get_variable('SAPT EXCH ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ind = get_variable('SAPT IND ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_tot = get_variable('SAPT TOTAL ENERGY') * psi_hartree2kcalmol

psi4.print_out("\n")
psi4.print_out(" Summary of SAPT result (kcal/mol)\n")
psi4.print_out(" Distance    E_tot    E_elst    E_exch    E_disp    E_ind\n")
psi4.print_out("%s %6.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % ("R=",dimerdist,E_tot,E_elst,E_exch,E_disp,E_ind))

0001.inp:
molecule dimer {
-1  1
I    -2.775893 0.238966 0.000032
--
  1  1
I    0.234781 -0.488305 -0.000048
C    2.467269 -0.969134 0.000062
H    2.714077 -1.540280 0.892851
H    2.714139 -1.540381 -0.892646
C    3.123883 1.065311 1.216084
H    2.090159 1.399381 1.201708
H    3.807991 1.911786 1.211733
H    3.295938 0.443896 2.092403
C    4.798074 -0.197328 -0.000100
H    5.447962 0.677201 -0.000190
H    4.975538 -0.796669 -0.889819
H    4.975704 -0.796605 0.889630
C    3.123675 1.065338 -1.215991
H    3.807681 1.911893 -1.211670
H    2.089911 1.399284 -1.201495
H    3.295722 0.443983 -2.092355
N    3.374450 0.240807 0.000015
}
dimerdist= 3.097270

set {
basis Def2-TZVP
scf_type DF
freeze_core True
}

energy('sapt2+(3)dmp2')
E_disp = get_variable('SAPT DISP ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_elst = get_variable('SAPT ELST ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_exch = get_variable('SAPT EXCH ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ind = get_variable('SAPT IND ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_tot = get_variable('SAPT TOTAL ENERGY') * psi_hartree2kcalmol

psi4.print_out("\n")
psi4.print_out(" Summary of SAPT result (kcal/mol)\n")
psi4.print_out(" Distance    E_tot    E_elst    E_exch    E_disp    E_ind\n")
psi4.print_out("%s %6.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % ("R=",dimerdist,E_tot,E_elst,E_exch,E_disp,E_ind))

请各位老师帮忙看下怎么解决这个问题，多谢，多谢！不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-9 18:44
看输出文件判断是否是SCF不收敛，是的话尝试有可能解决SCF不收敛的关键词

作者
Author: mozixingchen 时间: 2019-9-9 20:19

sobereva 发表于 2019-9-9 18:44
看输出文件判断是否是SCF不收敛，是的话尝试有可能解决SCF不收敛的关键词

谢谢老师回复！sob老师，请问我的第一个问题 RuntimeError: Fatal Error: PSIO Error 出错是什么原因？我的第一个结构是优化过后收敛的。
另外，要是在输入文件.inp中添加SCFS收敛关键词要在哪里添加？例如要加入：SCF=conver=N？怎么编写输入文件？多谢多谢！

作者
Author: mutron 时间: 2019-9-9 22:46
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满，不收敛可以试一试SOSCF（SOSCF true）。然而我算了一下并没有碰到不收敛

请问sober老师这里用def2-TZVP这个基组算sapt2+(3)dmp2可以不？（I负离子没加弥散，而且[Parker:2014:094106]里面测试的全部都带弥散函数）我对比了一下和aug-cc-pVTZ（I aug-cc-pVTZ-pp）的结果：
Distance    E_tot    E_elst    E_exch    E_disp    E_ind
R=  3.003 -82.743 -87.720    59.084 -12.506 -41.601 sapt2+(3)dmp2 aTZ
R=  3.003 -82.345 -88.791    56.696 -10.958 -39.292 sapt2+(3)dmp2 def2-TZVP
R=  3.003 -83.102 -87.984    59.204 -13.052 -41.271 sapt2+          aDZ（I aTZ）
R=  3.003 -79.442 -88.951    60.054    -9.499    -41.046 sapt2+          aDZ
R=  3.003 -67.848 -85.784    56.909    -7.771    -31.201 ssapt0             jaDZ
总能量很吻合，但是分解的各个部分都有差别，只是抵消得不错

PS：题主那篇文献的结果越看越有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-10 06:24

mutron 发表于 2019-9-9 22:46
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满，不收敛可以试一试SOSCF（SOSCF true）。然而我算了一下并没有碰 ...

如果I是离子形式存在的，而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用，那么I应当用带弥散函数的
其它情况def2-TZVP够了

作者
Author: mozixingchen 时间: 2019-9-10 10:48

mutron 发表于 2019-9-9 22:46
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满，不收敛可以试一试SOSCF（SOSCF true）。然而我算了一下并没有碰 ...

谢谢老师回复！您还亲自测试了，还用不同基组做比较，提出了非常关键的基组问题，非常感激！
对于 PSIO Error 问题，我检查了安装时的export PSI_SCRATCH的路径下的文件夹，全部清理掉，重新计算也还是会出现这个问题。或者您说的SCRATCH目录是这个Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc 吗？这个貌似不是一个文件夹也不是文件，找不到。您计算的时候有没有在输入文件里面做出什么修改？直接运行不会报错吗？
我看到另外一个帖子有说是内存问题的，但是我提高内存到6000 MB,8000MB甚至到10Gb都还是会出现PSIO Error 这个同样的问题。写的比较啰嗦，请老师见谅！期待您的回复！多谢！

作者
Author: mutron 时间: 2019-9-10 18:55

mozixingchen 发表于 2019-9-10 10:48
谢谢老师回复！您还亲自测试了，还用不同基组做比较，提出了非常关键的基组问题，非常感激！
对于 PSIO ...

你的scratch目录所在的分区空间够不够？PSI4安装默认是把临时文件放在系统分区的tmp目录下面，你的体系计算时大概需要6G的空间，检查一下是不是系统分区空间不够了。没更改scratch路径前算aTZ就碰到过一样的PSIO Error，单纯就是分区写满了。我直接复制粘贴你的所有输入文件运行的，没改动任何地方

需要注意一下，按照sober老师的回复，你至少应该给碘负离子加上弥散。当然如果你只是想学习重复一下文献结果那没所谓

最好别设置帖子权限，这不是未发表研究，为了以后上论坛碰到同样错误的人能借鉴一下经验

作者
Author: mozixingchen 时间: 2019-9-11 09:15

mutron 发表于 2019-9-10 18:55
你的scratch目录所在的分区空间够不够？PSI4安装默认是把临时文件放在系统分区的tmp目录下面，你的体系计 ...

受益匪浅，我这就去分区，非常感谢老师！我已取消权限。谢谢老师提醒！

作者
Author: mozixingchen 时间: 2019-9-11 09:15

sobereva 发表于 2019-9-10 06:24
如果I是离子形式存在的，而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用，那么I应当用带弥散函数的
其它 ...

谢谢sob老师回复！多谢！多谢！

作者
Author: mutron 时间: 2019-9-19 16:56

sobereva 发表于 2019-9-10 06:24
如果I是离子形式存在的，而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用，那么I应当用带弥散函数的
其它 ...

好像大部分文章都是sapt2+(3)dmp2结合aug-cc-pVTZ基组，体系大一点就直接用DFT-SAPT。稍微试了一下几个体系，总能量误差又挺小（0.5kcal左右）。老师，不知道用def2-TZVP（或者自己配基组）会不会让别人诟病

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-21 00:41

mutron 发表于 2019-9-19 16:56
好像大部分文章都是sapt2+(3)dmp2结合aug-cc-pVTZ基组，体系大一点就直接用DFT-SAPT。稍微试了一下几个体 ...

能加弥散尽量加上弥散，否则可能招人诟病

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