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标题: 做小分子参数遇到的问题，请大神帮忙 [打印本页]

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-9 16:35
标题: 做小分子参数遇到的问题，请大神帮忙
$ antechamber -i vo4-c.out -fi gout -o vo4-c.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c resp

For atom[1]:V1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/opt/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
出现了这样的错误，请问应该怎么解决，ASP 代表什么

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-10 06:27
明明是APS

用.mol2作为输入文件，并且确保里面的形式键级都比较普通（可以在gview里看来确认）。如果能产生成功，之后RESP电荷用Multiwfn算（做法看http://sobereva.com/441、http://sobereva.com/476），之后手动填进去即可

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-9-11 13:25
这种情况好像加上 -dr no ，warning就会不见.

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-12 16:14

sobereva 发表于 2019-9-10 06:27
明明是APS

用.mol2作为输入文件，并且确保里面的形式键级都比较普通（可以在gview里看来确认）。如果能 ...

谢谢

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-12 16:14

hamtaro 发表于 2019-9-11 13:25
这种情况好像加上 -dr no ，warning就会不见.

感谢指导

作者
Author: zkzk 时间: 2019-9-16 08:45

sobereva 发表于 2019-9-10 06:27
明明是APS

用.mol2作为输入文件，并且确保里面的形式键级都比较普通（可以在gview里看来确认）。如果能 ...

sob老师你好，请问钒酸盐离子（VO4 3-）的自旋多重度怎么确定啊，或者是多少

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-17 02:56

zkzk 发表于 2019-9-16 08:45
sob老师你好，请问钒酸盐离子（VO4 3-）的自旋多重度怎么确定啊，或者是多少

1、3、5都算算，谁低用谁

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