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标题: 分析AMBER模拟结果：关于在真空下，单个小分子的动力学模拟轨迹与能量的问题 [打印本页]

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-9-10 14:37
标题: 分析AMBER模拟结果：关于在真空下，单个小分子的动力学模拟轨迹与能量的问题
先贴一下sander输入文件：
能量最小化：
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  maxcyc=10000,
  ncyc=8000,
  ntb=0,
  igb=6,
  cut=12.0,
/

动力学：
Heat
&cntrl
  imin=0,
  ntb=0,
  igb=6,
  ntpr=100,
  ntwx=100,
  ntt=3,
  gamma_ln=1.0,
  tempi=298.15,
  temp0=298.15,
  nstlim = 125000,
  dt=0.001,
  cut=12.0,
/

<1>结构
cpptraj输入文件：
trajin 02_Heat.mdcrd
reference 01_Min.rst
rmsd 1-21@C*,N*,O*,S*,Cl,F,Br,I reference mass out 02_03.rms time 2.0 :1

最后分析动力学模拟轨迹的rmsd，结构参考值为第一步能量最小化的结构（out文件无warning无error），结构变化很大：
#Frame 1-21@C*,N*,O*,S*,Cl,F,Br,I
   2                   0.5195
   4                   0.7701
   6                   1.2296
   8                   1.4360
   10                   1.2673
   12                   1.2589
   14                   1.5583
   16                   1.0306
   18                   0.5884
   20                   0.3878
   22                   0.6571
   24                   0.6544
   26                   1.2297
   28                   1.2091
   30                   1.2976
   32                   0.9407
   34                   0.9935
   36                   0.6751
   38                   1.0102
   40                   0.9628
   42                   0.7344
   44                   0.3729
   46                   0.8077
   48                   1.1088
   50                   1.1220
   52                   1.0757
   54                   1.2066
   56                   0.9840
   58                   0.9447
   60                   1.4254
   62                   1.4480
   64                   0.6520
   66                   0.7079
   68                   0.3468
   70                   0.8480
   72                   1.1249
   74                   1.4120
   76                   1.2779
   78                   1.0142
   80                   0.8253
   82                   0.6927
   84                   0.7797
   86                   0.3961
   88                   0.2652
   90                   0.6029
   92                   0.9654
   94                   0.8857
   96                   0.7756
   98                   0.9552
   100                   1.2761
   102                   1.5508
   104                   1.3193
   106                   1.0616
   108                   1.0190
   110                   0.9306
   112                   0.6755
   114                   0.4233
   116                   0.4457
   118                   0.5644
   120                   0.7780
   122                   1.0075
   124                   1.0685
   126                   1.4463
   128                   1.2200
   130                   0.8379
   132                   1.1245
   134                   0.8876
   136                   1.1826
   138                   1.3485
   140                   1.1399
   142                   1.3506
   144                   1.3675
   146                   1.1374
   148                   0.8966
   150                   0.9028
   152                   0.8035
   154                   1.4688
   156                   1.2008
   158                   1.4912
   160                   1.2328
   162                   1.2152
   164                   1.0747
   166                   0.9806
   168                   0.7438
   170                   1.0049
   172                   1.4706
   174                   0.8494
   176                   0.8110
   178                   0.8011
   180                   0.8717
   182                   1.1036
   184                   1.0811
   186                   1.1951
   188                   0.9814
   190                   1.0591
   192                   0.8755
   194                   0.7783
   196                   0.9824
   198                   1.0323
   200                   0.7372
   202                   1.1299
   204                   0.8616
   206                   1.0644
   208                   1.1778
   210                   1.2745
   212                   0.8921
   214                   0.6494
   216                   0.9577
   218                   1.1575
   220                   1.3834
   222                   1.4059
   224                   0.6882
   226                   0.6528
   228                   0.5222
   230                   0.4274
   232                   0.4452
   234                   0.5399
   236                   0.5245
   238                   0.8859
   240                   1.0108
   242                   1.2843
   244                   1.4541
   246                   1.0691
   248                   0.8380
   250                   0.7597
   252                   1.1824
   254                   1.3703
   256                   1.1429
   258                   0.9039
   260                   1.1199
   262                   1.4774
   264                   1.2653
   266                   0.8619
   268                   0.8550
   270                   0.9825
   272                   0.7605
   274                   0.8120
   276                   1.1046
   278                   1.4853
   280                   1.3007
   282                   1.2968
   284                   1.2732
   286                   1.4066
   288                   1.5954
   290                   0.9863
   292                   0.7657
   294                   0.7087
   296                   0.8796
   298                   0.9744
   300                   0.9507
   302                   0.5335
   304                   0.6509
   306                   0.8267
   308                   0.9201
   310                   1.0306
   312                   1.2178
   314                   0.9890
   316                   0.5190
   318                   0.4752
   320                   1.0562
   322                   1.1305
   324                   1.3000
   326                   1.3021
   328                   1.1313
   330                   1.2220
   332                   1.3173
   334                   1.1398
   336                   1.0729
   338                   1.1818
   340                   0.9122
   342                   0.9938
   344                   1.2035
   346                   1.3059
   348                   0.7646
   350                   0.7491
   352                   1.1721
   354                   1.6855
   356                   1.3512
   358                   0.6088
   360                   0.4819
   362                   0.6257
   364                   0.6593
   366                   0.8781
   368                   1.0059
   370                   1.1068
   372                   0.8959
   374                   0.7712
   376                   0.6394
   378                   0.9463
   380                   0.8015
   382                   0.9111
   384                   1.0122
   386                   0.9419
   388                   0.8390
   390                   1.0744
   392                   1.2504
   394                   1.2641
   396                   0.7597
   398                   0.7191
   400                   0.6813
   402                   0.9101
   404                   0.5021
   406                   0.2517
   408                   0.4664
   410                   1.0592
   412                   1.2440
   414                   1.3991
   416                   1.1924
   418                   1.2220
   420                   0.4478
   422                   0.2935
   424                   0.5209
   426                   0.5655
   428                   0.4837
   430                   0.7343
   432                   0.2590
   434                   0.4023
   436                   0.4139
   438                   0.4096
   440                   0.4862
   442                   0.8181
   444                   1.1068
   446                   1.2277
   448                   0.6727
   450                   0.4918
   452                   0.3102
   454                   0.3968
   456                   0.5211
   458                   0.5212
   460                   0.7153
   462                   0.8925
   464                   0.6202
   466                   0.3888
   468                   0.4010
   470                   0.3689
   472                   0.5042
   474                   1.1763
   476                   1.1461
   478                   1.3217
   480                   1.2120
   482                   1.1456
   484                   1.0248
   486                   0.9111
   488                   0.4828
   490                   0.6236
   492                   0.4440
   494                   0.4962
   496                   0.4047
   498                   0.7208
   500                   0.6336

请问这种情况下，是否说明力场参数不合理呢？

<2>能量
第一步能量最小化的输出：
NSTEP    ENERGY       RMS          GMAX       NAME NUMBER
9097    2.1554E+01    8.4313E-05    2.1791E-04    N4       16
BOND =       0.2773  ANGLE =       9.6626  DIHED    =       0.3267
VDWAALS =    -2.6326  EEL    =    -24.1197  EGB       =       0.0000
1-4 VDW =    -1.2257  1-4 EEL =    39.2653  RESTRAINT  =       0.0000

第二步动力学模拟的输出：
NSTEP = 125000 TIME(PS) =    125.000  TEMP(K) = 301.28  PRESS =    0.0
Etot =       57.4738  EKtot =       18.8590  EPtot    =       38.6148
BOND =       7.6017  ANGLE =       16.0695  DIHED    =       2.4331
1-4 NB =       -1.2577  1-4 EEL =       39.5221  VDWAALS =       -2.9089
EELEC  =    -22.8449  EGB    =       0.0000  RESTRAINT  =       0.0000

总能量是正值，成键能>非键，但1-4EEL也是正值，是否说明电荷不合理呢？

process_mdout.perl程序分析动力学模拟的输出，得到平均能量：EKTOTavg=18.3823 EPTOTavg=38.593  ETOTavg=56.975

高斯优化该分子的时候，最后的能量是-8261.712a.u.,hartree 换算成 kcal/mol之后是-13.16kcal/mol，感觉也差太多...
是否因为能量只是相对值，所以qm和md的结果无法对比？如果是这样的话，怎么从能量的角度判断力场的合理性呢？

备注：整个体系只有一个单独的化合物

抱歉一下子贴了很多，问题有用稍大一点的字体标注出来，谢谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-10 16:59
不能，不能，一般来说判断不了

初学者建议不要想有的没的，先默认力场是合理的，好好分析MD结果，要是MD结果出现明显不合理的现象，再去找问题（一般也不是力场问题）也不迟

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-9-10 18:36

fhh2626 发表于 2019-9-10 16:59
不能，不能，一般来说判断不了

初学者建议不要想有的没的，先默认力场是合理的，好好分析MD结果，要是M ...

感谢答复。因为是自己添加了参数到amber里面进行qm从而想判断添加的参数是否合理，所以才会有这样的问题。另外因为模拟的体系很简单，只有一个21原子的小分子，所以可能在真空中动得比较剧烈？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-9-10 18:40

hamtaro 发表于 2019-9-10 18:36
感谢答复。因为是自己添加了参数到amber里面进行qm从而想判断添加的参数是否合理，所以才会有这样的问题 ...

amber做gaff参数有固定的流程啊，分子在真空中运动看起来就是比较剧烈的

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-9-10 19:38

fhh2626 发表于 2019-9-10 18:40
amber做gaff参数有固定的流程啊，分子在真空中运动看起来就是比较剧烈的

好的，谢谢！

作者
Author: agent99 时间: 2019-9-12 02:50
MM和QM的能量没有任何可比性，而且你的模拟看起来并没有什么大问题

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-9-12 08:50
本帖最后由 hamtaro 于 2019-9-12 08:51 编辑

agent99 发表于 2019-9-12 02:50
MM和QM的能量没有任何可比性，而且你的模拟看起来并没有什么大问题

好的，谢谢~

作者
Author: 大漠孤烟 时间: 2021-9-8 16:04
请问您是怎么给小分子加box的，跑轨迹是报错说没有box

作者
Author: 979661265 时间: 2022-9-14 22:51

大漠孤烟发表于 2021-9-8 16:04
请问您是怎么给小分子加box的，跑轨迹是报错说没有box

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